בנובלה "מול היערות" (שנדפסה ב"קשת" ב-1963, 4 שנים לפני מלחמת ששת הימים, ואשר הוצבה בפתח ספר בשם זה ב-1968, השנה שבה ציינה מדינת ישראל 20 שנה לייסודה) ביצע יהושע את גיחתו המפורשת הראשונה בסיפוריו לנושא "הסכסוך". עלילת הנובלה מספרת על סטודנט להיסטוריה שהתמחה בתקופת שלטון הצלבנים בא"י - תקופה שבסופה, במאה ה-12, נכבשה הארץ מידיהם על-ידי צלאח א-דין - שנשכר לשהות בחודשי הקיץ במגדל-תצפית, כדי לצפות משם על היער של קק"ל (חברה שנוסדה בקונגרס הציוני החמישי בשנת 1901) ולהזעיק את הכבאים כאשר תפרוץ בו דליקה. עד מהרה גילה הסטודנט שבמעבה היער מתגוררים שני ניצולים מכפר שנהרס במלחמת 1948 ואשר על חורבותיו ניטע היער: ערבי זקן וכרות-לשון עם בתו. בעקבות הגילוי הזה זנח הסטודנט את השלמת מחקרו על תקופת שלטונם של הצלבנים בארץ הקודש, כפי שתיכנן, והחל לשוטט ביער כדי למצוא בו את שרידי הכפר שעליו העידו שני הניצולים. ואכן מצא "בין העצים מוטלות אבנים מסותתות, צללי בתים, שרידי חורבות. הוא מחפש סימנים של אנשים. כל יום הוא מחריד כמה אבנים ממקומן, למצוא עקבות" (עמ' 38). באחד משיטוטיו גילה הסטודנט שהערבי ובתו אוגרים נפט בקופסאות פח קטנות (עמ' 39), ומרגע הגילוי הזה החל הסטודנט לעודד את שני הניצולים להצית את היער כדי לחשוף את הכפר שלהם. כאשר ההצתה בוצעה כפי שייחל, צפה כיצד "מתוך העשן, מתוך הערפל, עולה לפניו הכפר הקטן, נולד מחדש בשִׂרטוטי-יסוד כבציור מופשט, כדרך כל עבר ששקע" (עמ' 51). ואחר-כך, כאשר העלו את הערבי כרות-הלשון על אחת ממכוניות השוטרים, היה הסטודנט היהודי האיש היחיד שהבחין "והנה יש במבטו (של הערבי) הנאה והרגשת גבורה" (עמ' 54). בנובלה האלגורית הזו, המספרת על היער של קק"ל שניטע על חורבות כפר של הערבים שנחרב במלחמת תש"ח, ביטא יהושע את הכרתו הפוליטית באחריותה של הציונות ל"נכּבּא", המונח שהצמידו הפלשתינים לאסונם במלחמת 1948, אסון שהמיטו על עצמם כאשר החליטו לצאת למלחמה נגד מדינת ישראל ביום שהוכרזה עצמאותה. מהכרה מוקדמת זו של יהושע באחריותה של הציונות ל"נכּבּא" החל מסעו הרעיוני הנֶגָטיבי כלפיה, שבו טען שהציונות השלימה את תפקידה כבר בסיום מלחמת העצמאות, בהקמת המדינה, ומאז צריך להפריד את המדינה ממטרותיה החזוניות כדי שתוכל לנהל את חייה ככל מדינה נורמאלית בעולם על-פי יכולותיה המציאותיות בהווה (המדיניות, הכלכליות, החברתיות והצבאיות). וכך ניסח יהושע בספרו "בזכות הנורמליות" (1984) את הסתייגותו מהמשך השימוש במונח "ציונות" לקביעת דרכה של המדינה שנים אחרי שנוסדה: "עד הקמתה של מדינת ישראל הייתה הגדרתו של הציוני כדלקמן: ציוני הוא אדם (מי שרוצה להתעקש יכול לומר כאן - יהודי) שרצה להקים מדינה יהודית בארץ-ישראל. - - - לאחר שהוקמה המדינה אפשר לומר שהציונות השלימה את משימתה - - - שהרי מדינה כבר קמה ואין עוד צורך להקים עוד מדינה. ההגדרה לאחר 1948 היא אפוא זאת: ציוני הוא אדם המכיר בעיקרון, שמדינת ישראל אינה שייכת רק לאזרחיה אלא גם לעם היהודי כולו. - - - התואר ציוני אינו אפוא עיטור כבוד המוצמד לחזהו של היהודי, אלא ביטוי לקבלת עמדה המגדירה את היחסים בין (מדינת) ישראל והעם היהודי. - - - לפי ההגדרה שהצענו גם ערבי ישראלי (שאין לו זיקה כלשהי לפזורה של העם היהודי בעולם) יכול להגדיר את עצמו כציוני (על-פי ההגדרה הבאה): ישראלי הוא אדם המחזיק בתעודת זהות ישראלית" (מתוך עמ' 140-105).

אחרי מלחמת יום-כיפור (1973) עבר יהושע מכתיבת עלילות בתבניות הקצרות של הסיפורת (הסיפור הקצר, הסיפור הקצר-ארוך והנובלה) לכתיבת עלילות בתבנית הרומן. ובראשון מביניהם, "המאהב", שזר יהושע שני סיפורי אהבה מנוגדים בתוצאותיהם בנושא "הסכסוך". סיפור האהבה הראשון הוא זה שהתרחש בין אסיה ואדם בני דור תש"ח, והסיפור האהבה השני מתרחש בין דאפי ונעים בשלהי שנות ה-70, כעבור חצי יובל שנים משנת ייסוד המדינה. שתי האהבות מתפתחות בצילה של הסבתא ודוצ'ה, ששנת לידתה ב-1881 מסמנת את תחילת העלייה הראשונה לא"י, זו שייסדה בפינות שונות של הארץ את המושבות הראשונות, אותן מושבות שהאיצו את המעבר של תנועת התחייה הלאומית מתנועת חיבת ציון מצומצמת בשאיפותיה לתנועה ציונית בעלת חזון רחב-אופקים: לייסד מדינה לעם היהודי בארץ-ישראל, מולדתו ההיסטורית, ובכך לחתום את תקופת פיזורו הממושכת בארצותיהם של עמים שונים ברחבי העולם. דמותה של ודוצ'ה מעניקה לעלילת הרומן הזה את משמעותו כרומן המקשר את "הסכסוך" למטרה הראשית של הציונות, במיוחד אחרי שהמדינה נוסדה, לכנס בהדרגה את העם היהודי כולו בציון. הניגוד האידיאולוגי בין אסיה, שעיסוקה בחינוך רומזת על מוצאה האירופי-מערבי ועל השכלתה הרחבה, לבין אדם, גבר מזרחי בעל ראייה לאומית ארצית ומוגבלת, אינו מהווה מכשול לידידות שמתפתחת בין צעירי הדור הבא. קשר האהבה בין דאפי ובין נעים (נער ערבי שמועסק במוסך של אביה ומגיע אל ביתם בשליחותו) אינם מושפעים מכל משקעי העבר (מלחמת תש"ח ותוצאותיה) שהשפיעו על גיבורי סיפור האהבה הקודם, ולכן ההיכרות ביניהם מתפתחת בטבעיות, אך מעוררת מחלוקת בין בני הדור הקודם. בעוד שההתקרבות של הצעירים זה לזה מתקבלת כטבעית אצל אסיה, במושגי השקפתה הכנענית-מרחבית כפי שמעיד שמה, היא מעוררת התנגדות אצל אדם המחזיק בהשקפה לאומית שמרנית. ואכן, אדם מחליט להפריד בין האוהבים הצעירים, וכדי להבטיח את הפרידה בין השניים הוא מסיע את נעים עד פתח הכפר של משפחתו בגליל. באנלוגיה הזו בין שתי פרשיות האהבה המנוגדות הללו ביטא יהושע ברומן האלגורי הזה את השקפתו ומשאלת-ליבו, שהחזרתו של נעים לכפר שלו בגליל כדי להפרידו מדאפי הוא רק שלב זמני בדרך לפתרון השלם והבלתי-נמנע ל"סכסוך" במזרח-התיכון בעתיד: <

לכן שלל יהושע בשיח הפנים-ישראלי את "הזהות היהודית", הדתית והלאומית, שאותה הועיד כהכרחית רק ליהודים בגלות כדי להתלכד כקהילת מיעוט בתוך רוב אנטישמי בדרגות עוינות שונות, וטיפח במקומה את "הזהות הישראלית" כזהות חילונית משותפת לכל אזרחיה של המדינה, היהודים ושאינם יהודים, שהיא הגדרת זהות "כנענית" ברוחה, שעליה חזר ברבים ממאמריו: "אילו התבקשתי לתת כותרת של משפט אחד לתעודת הזהות של דור המדינה כפי שאני תופס אותה, כך הייתי מנסח: משמעות הישראליות כיהודיות שלמה. - - - לא רק שלא ראינו סתירה בינה לבין היהודיות - - - אלא ראינו אותה גם כמי שהטמיעה את היהודיות בתוכה - - - הישראליות כזהות היא היהודיות השלמה" (מתוך אסופת מאמריו "אחיזת מולדת", עמ' 173-172).

במסקנה זו התנתק יהושע לחלוטין מן ההצעה של מייסדי תנועת "העברים הצעירים", "הכנענים" מהדור הראשון, מיונתן רטוש ועד אהרון אמיר, שחלמו בחזונם על מימוש פתרון מרחבי: הקמת יֵשוּת מדינית חדשה, חילונית ועל-לאומית, במרחב השֵׁמי ("הסהר הפורה") שבין נהר פרת לבין הים התיכון, מרחב שבו קיימות לצד פלשתינה-א"י המנדטורית גם המדינות ירדן, לבנון, סוריה ועירק.

תחנה נוספת בקידום השקפתו זו לסיום "הסכסוך", כפי שהשתמעה מעלילת "המאהב", כלל יהושע ברומן "מר מאני", שבו המחיש באמצעות השושלת של בני משפחת מאני את שלבי ההתפתחות של הסכסוך בעת החדשה. כל מאני השתלב בעלילת הרומן הזה באחת מחמש השיחות התקופתיות שמהן בנוי הרומן: מר מאני הראשון משתלב בשיחה משנת 1848 - מועד תחילת ההיקלטות של התסיסה הלאומית החילונית ("אביב העמים" באירופה) בקרב היהודים. מר מאני השני משתלב בשיחה משנת 1899 - השנה שבה עושה הציונות המדינית של הרצל את צעדיה הראשונים. מר מאני השלישי משתלב בשיחה משנת 1918 - השנה שבה התפרסמה "הצהרת בלפור" שכללה הכרה בזכותם של היהודים לייסד לעצמם בית לאומי בארץ-ישראל. מר מאני הרביעי משתלב בשיחה משנת 1944 - בשלהי מלחמת העולם השנייה והשואה. מר מאני החמישי משתלב בשיחה משנת 1982 - השנה שבה הייתה מדינת ישראל תקועה במלחמת לבנון. על-ידי צירוף המידע על מעורבותה של שושלת המאנים בתחנות התקופתיות הללו - תחנות שבמהלכן התפתחה הציונית מחזון לעתיד לאומי עבור העם היהודי לתנועה המגשימה את החזון הזה בא"י - השלים יהושע את העלילה הרעיונית ברומן הזה, שהיא עלילת צמיחתו של "הסכסוך" שעתיד להתעצם בחומרתו במזרח-התיכון בין שני העמים משנת ייסודה של מדינת ישראל ואילך. מפורש מכל המאנים בהצגת דרכה של הציונות הוא יוסף מאני, המגדיר את עצמו "אדם מדיני", אשר פונה אל ערביי הכפרים בא"י, אחרי הצהרת בלפור (1918) ואחרי כיבוש א"י על-ידי הבריטים, ואומר להם: "מי אתם? תתעוררו בטרם יהיה מאוחר והעולם נהפך. קחו מהר זהות! ומוציא מכיסו את הצהרת הלורד בלפור, שתירגם לערבית, וקורא להם, אבל לא מפרֵש, וממשיך, זאת האדמה שלכם, חצי לכם וחצי לנו, ומצביע אל עבר ירושלים, שרואים אותה אובדת בערפל על ההר, ואומר, שם האנגלים ופה הטורקים, אבל כולם ילכו, ואנחנו לבדנו, תתעוררו אל תישנו. - - - קחו זהות, בכל העולם לוקחים העמים זהות, אחר-כך יהיה מאוחר, אחר-כך יהיה אסון, הנה אנחנו (היהודים) באים - - - כמו ארבה, הוא אומר, עכשיו חונה במדבר ופתאום הוא מתנפל" (עמ' 187-186). מר מאני זה - המתאר את היהודים כנחיל ארבה שעתיד לפלוש לכפרים של הערבים, תושביה המקומיים של הארץ, כדי לנשל אותם מאדמתם ומאיץ בשומעי תורתו המדינית לקחת זהות כדי שיוכלו לדרוש הכרה בלאומיותם ובזכותם לחלוק עם הציונים את הארץ: "חצי לכם וחצי לנו" - משקף בדבריו אלה את הסתייגותו של יהושע מהציונות המערבית על כך שכבר בשלב מוקדם בפעילותה התעלמה משאיפתם הלאומית של הפלשתינים ובכך הפכה עימות, שבתחילתו היה ניתן למצוא לו פתרון בהסכמה עם העולם הערבי, ל"סכסוך" ארוך-שנים שכמעט בלתי-ניתן לסיימו בדרכי-שלום. ואכן, כמעט בכל כרכי הסיפורת שלו הציע יהושע כחלופה לציונות המערבית של יהודי מדינות אירופה את דרכה המתונה יותר של הציונות המזרחית של יהודי מדינות ערב וצפון-אפריקה כדרך אלטרנטיבית שטרם נוסתה לסיום "הסכסוך", דרך אשר המליצה להתחשב ברצונותיהם של הערבים, היושבים בא"י מאז כבש אותה צלאח א-דין בתחילת המאה השתיים-עשרה מידי הצלבנים, וליישב את המחלוקות בין העמים באמצעות פשרה ביניהם. יתר על כן: לרמז המוקדם ברומן "המאהב" על הסיכוי לממש בעתיד את אהבת הצעירים, דאפי ונעים, הוסיף יהושע אחר-כך רמז מפורש יותר לפתרון הזה ברומן "מולכו", שבו סיפר על מאמציו של מולכו להשתחרר מהשפעת אשתו, המגלמת בעלילת הספר את הציונות המערבית, כדי להמתין להתבגרותה ולהבשלתה הנשית של הנערה מהישוב זְרוּעה בצפון הארץ - נערה המגלמת בתכונותיה המנהיגויות את הציונות המזרחית שתירש את מקומה ההֶגמוֹני של הציונות המערבית. משום כך שילב יהושע בשני הרומאנים האלה סבתות בגיל מופלג - את ודוצ'ה ברומן "המאהב" ואת אֵם אשתו של מולכו ברומן "מולכו" - כדי להמחיש באמצעותן את שקיעת השפעתה של הציונות המערבית על שאיפותיו הלאומיות של העם היהודי.

ברומן "אש ידידותית" ביטא יהושע לראשונה את יאושו מפתרון שתי המדינות לשני העמים שעליו עדיין המליץ בכרכי הסיפורת המוקדמים שלו. את נטישת הפתרון הזה המחיש באמצעות שני גיבורים שכל אחד מהם כבר הפסיק להאמין שניתן לסיים את "הסכסוך" בעזרת הסכמה של שני העמים לפתרון שתי המדינות. מול יִרְמי, האב ששכל את בנו באירוע בשטחים וברח מישראל אל מדינה באפריקה כדי להתנתק מן "הדייסה היהודית" (שהוא "התבשיל" שהקדיחה הציונות במזרח-התיכון), הציב את אמירתה של הסטודנטית מטול-כרם שלמדה היסטוריה מפי מרצים פוסט-ציוניים במכללת רופין בשרון: "למה אתם היהודים יכולים לחדור לכל מקום זר ולהתיישב לאחרים בתוך הנשמה? למה לכם קל לנדוד ממקום למקום בלי להתקשר בחבֵרות עם שום עם, אפילו אם אתם יושבים בתוכו אלף שנה? - - - לקחתם אדמות, לקחתם מים, ואתם שולטים בכל תנועה שלנו, אז לפחות תנו אפשרות גם להצטרף אליכם. - - - אבל אתם - - - אתם סגורים בתוך עצמכם, לא מתמזגים ולא נותנים להתמזג איתכם. אז מה נשאר לנו? רק לשנוא אתכם ולהתפלל לרגע שתזוזו מפה, כי זאת אף-פעם לא תהיה בשבילכם מולדת אם לא תדעו להתמזג עם כל מה שיש בה" (עמ' 322-321). באופן זה ביטא יהושע ברומן הזה את תמיכתו בפתרון "הכנעני" באמצעות שתי הצעות המשלימות זו את זו: הצעת ירמי להתנתק מן החזון הלאומי של הציונות על ייסוד מדינת יהודים ריבונית בארץ-ישראל שתקלוט אליה בהדרגה את היהודים מכל הגלויות (ובכך תגשים את "שלילת הגלות" באופן מלא), והצעת הסטודנטית מטול-כָּרֶם לחסל את המדינה כמדינת יהודים ריבונית על-ידי התמזגות עם הפלשתינים (במסגרת הגירסה המתונה של "השלום הפלשתיני"). כאמור, יהושע פרשׂ את חסותו על הפתרונות המנוגדים של גיבוריו אלה באמצעות טיפוח הזהות הישראלית כזהות אזרחית נֶאוּטְרָלִית ועל-לאומית שתבסס את מדינת ישראל (בגבולות שביתת הנשק, שהיו בתוקף משנת 1948 ועד 1967) כמדינה חילונית של כל-אזרחיה.