אמירה נודעת קובעת, כי ההיסטוריה נכתבת בידי המנצחים; בתולדות השואה לעיתים נכתבה ההיסטוריה בידי השורדים. בתיאור קורות מרד גטו ורשה תפס ותופס הארגון היהודי הלוחם (אי"ל) את המקום המרכזי, במידה רבה משום שחלק ממפקדיו ולוחמיו יצאו חיים מן התופת. לעומת זאת, האיגוד הצבאי היהודי (אצ"י) כמעט ונשכח, ולו מן הסיבה שכמעט כל אנשיו נהרגו במרד ואחריו. לכך נוספו סיבות פוליטיות, המשכן של אלו אשר זרעו חשדנות ניכרת בין שני הארגונים - הראשון של חברי תנועות הנוער מן השמאל, השני של אנשי בית"ר והתנועה הרביזיוניסטית מן הימין.
"בשל אובדנם אין בידנו מקורות אמינים לתיאור ולו חלקי של פעולותיהם", אומרת פרופ' חוי דרייפוס, חוקרת מובילה של השואה בפולין, על אנשי אצ"י. ואכן, אנחנו יודעים מעט מאוד על מפקדי הארגון ובהם פָּאוֶול פרנקל, בו עוסקות השורות הבאות. אפילו תאריך לידתו המדויק (ורשה, 1920) אינו ידוע. יש עדויות על פעילותו בבית"ר בגיל צעיר ואף על הגעתו לדרגה של ראש קבוצה. על מעשיו עד שלהי 1942 אין עדויות של ממש; סוּפַּר שהחל להקים את אצ"י בחורף 1940/41, אך אין לכך תימוכין.
ככל הנראה רק בסוף 1942 - לאחר הגירוש הגדול, בו נשלחו למותם בטרבלינקה 300,000 מבין 350,000 תושבי הגטו - החלו פרנקל וחבריו, ובמיוחד ליאון רודל, לרכז סביבם צעירים יוצאי בית"ר או כאלו שהיו קרובים אליה ברוחם, ותוך זמן קצר החלו בפעילות ראשונית. הם פגעו במשתפי פעולה עם הגרמנים או במי שנתפסו כאלה בשל תפקידיהם במוסדות הגטו, ניסו להשיג נשק וגבו - לעיתים בכוח - כסף למימון פעולותיהם.
פרנקל ועמיתיו - מסבירה דרייפוס - לא ראו את עצמם כמובילים מחתרת תנועתית (כמו אי"ל), אלא כזרוע צבאית של כל הציבור היהודי. הם לא ייחסו משמעות להבדלים אידיאולוגיים, וסברו שאת ההתנגדות לגרמנים צריכים להוביל האנשים המתאימים ביותר מבחינה צבאית. הללו היו הם עצמם: לפרנקל ולרודל היה ניסיון צבאי מסוים, לעומת היעדרו המוחלט אצל מרדכי אנילביץ וחבריו. אי"ל מצידו שמר לכל אורך הדרך על מאפיינים אידיאולוגיים וראה את אנשי הימין כ"פשיסטים יהודיים". הדו-שיח בין המחתרות נידון מראש לכישלון, בשל ההבדלים הבסיסיים ביניהן.
עם זאת, כאשר פרץ המרד ב-19 באפריל 1943 היה תיאום בין הארגונים, ופרנקל התייצב בראש אנשיו בעמדה המרכזית של אצ"י - שורה של בניינים בכיכר מוּרָנוֹבְסְקָה שבצפון-מזרח הגטו, שחלק ממנה היה מחוץ לגבולות הגטו. בעוד שיטת הקרב של אי"ל הייתה לפזר את לוחמיו בין עמדות רבות, לירות מהן על הגרמנים ולדלג לעמדות הבאות, אצ"י החליט לנהל קרב סטטי בכיכר זו ולרכז בה את רוב אנשיו. בשיאו של הקרב הניפו הלוחמים על הבניין העיקרי - מורנובסקה 9-7 - את דגלי פולין והכחול-לבן הציוני. מפקד הכוחות הגרמניים, יורגן שְטְרוּפּ, התמלא זעם ותסכול וריכז מאמץ ניכר בזירה זו.
לאחר שלושה ימים הבין פרנקל שאין טעם בהמשך ההתנגדות, והורה לעשרות הלוחמים שנותרו בחיים לעבור לצד ה"ארי" של הכיכר דרך המנהרה שהכינו מראש. בעוד אנילביץ וחבריו התכוננו למות בגטו, פרנקל ואנשיו תכננו לצאת ממנו כדי להמשיך את המלחמה ביערות, ולכך נועדה המנהרה במקור. כעת הם השתמשו בה כדי לעבור למקלטם בבית מספר 6 של הכיכר, מחוץ לגבולות הגטו, ושם המתינו שאנשי המחתרת הפולנית "ארמיה קְרָאיוֹבָה" יוציאו אותם ליערות. ב-27 באפריל נודע לגרמנים, בעקבות הלשנה, על ריכוז זה של לוחמים והם חיסלו את רובם בקרב שנמשך ביומיים.
שרידי אנשי אצ"י בראשותו של פרנקל הצליחו להגיע ליערות שסביב ורשה, ובמהלך הלחימה שם הצליחו פרנקל וכמה מאנשיו לחמוק מהגרמנים ולחזור לוורשה. הם הסתתרו בבונקר ברחוב גז'יבובסקה 11 שבצד ה"ארי" והמתינו להזדמנות לחזור למלחמה ביערות. ככל הנראה הם נהרגו כאשר הגרמנים חשפו גם מחבוא זה, לאחר קרב קשה בו הצליחו להרוג שלושה מן התוקפים. חלק מן העדויות מתארכות את הקרב ל-11 במאי, ואחרות - ל-19 ביוני.