היכן היה אלוקים בשואה? זו השאלה האמונית הקשה ביותר הנובעת מן השואה, והיא הועלתה כבר בזמן אמת. הרב יונתן זקס, שהיה הרב הראשי לבריטניה ומהוגי הדעות היהודיים החשובים ביותר בדורנו, אומר שתשובה עלתה בדעתו דווקא כאשר ביקר לראשונה באושוויץ. היא באה מן המילים "לא תרצח", "וגר לא תלחץ", "קול דמי אחיך צועקים אלי מן האדמה".
הרב זקס אומר: "לפתע הבנתי שכאשר אלוקים מדבר ובני אדם מסרבים להאזין, אפילו הוא חסר אונים. הוא ידע שקין עומד להרוג את הבל, אך לא עצר בעדו. הוא ידע שפרעה עומד להרוג את ילדי העברים, אך לא עצר זאת. אלוקים נותן לנו את החופש ולעולם אינו נוטל אותו בחזרה. אבל הוא אומר לנו כיצד להשתמש בחופש זה. וכאשר בני אדם מסרבים להקשיב, אפילו אלוקים הוא נטול כוח".
הרב זקס הולך עוד יותר רחוק: "אני מרגיש שלאחר השואה אני חייב להאמין באלוקים, מן הסיבה הפשוטה שאיני יכול להאמין באנושות. השואה לא התחוללה במדינת עולם שלישי נידחת, אלא בלב אירופה. היא התחוללה בגרמניה של גֶתֶה ושילר וקאנט והֶגֶל ובאך ובטהובן. היא התחוללה במדינה שראתה את עצמה כמתורבתת ביותר בעולם, במאה שנחשבה למתקדמת ביותר בעולם. היא התחוללה באירופה הנאורה והמשוחררת".
גרמניה לא הייתה לבד, מדגיש הרב זקס. "אילו הייתם שואלים בשנת 1900 מהם מרכזי האנטישמיות העולמיים, היו יכולות להיות רק שתי תשובות: פריז של פרשת דרייפוס, ווינה של ראש העיר הידוע לשמצה, קרל לוּאֶגֶר. פריז ווינה היו שתי הערים הקוסמו-פוליטיות המתוחכמות ביותר בעולם, ולמרות זאת הן הובילו באנטישמיות.
"השואה לא הייתה יציר ההמונים. למעלה ממחצית מבעלי תואר דוקטור בגרמניה היו חברים במפלגה הנאצית. הפילוסוף הדגול ביותר בגרמניה, מרטין הֵיידֶגֶר, היה חבר נלהב במפלגה הנאצית. המוח המשפטי המוביל בגרמניה, קרל שמיט, היה התיאורטיקן המשפטי של המשטר הנאצי. למעלה ממחצית המשתתפים בוועידת ואנזה היו בעלי תואר דוקטור".
מכאן באה מסקנתו של הרב זקס: "אני לא מכיר איש שיכול לתת אמון באנושות אחרי הטלטלה והזעזוע הללו, ולכן אני מרגיש שעלינו להאמין בישות אחת אשר הרימה את האנושות לעבר המלאכים והרחק מן השדים. זהו אלוקים. מבחינתי, אמונה באלוקים אחרי השואה היא קשה - אך הכרחית.
"אנו מאמינים שאלוקים ברא בצלמו כל בן אנוש. לכן, כל באי עולם נמנים לפניו, יש להם חשיבות, הם מקודשים. כל בן אנוש הוא ייחודי. לכן, שום בן אנוש אינו זכאי להיות מוחלף באחר. לאלוקים אכפת מאיתנו כבודדים, לא כמכלול, מעמד או קבוצה. זה מה שגורם לכך שכל כך קשה לחשוב על השואה. חז"ל אמרו שכל אדם הוא עולם ומלואו, והעם היהודי איבד 6 מיליון עולמות. האנושות כולה איבדה במאה העשרים למעלה מ-100 מיליון עולמות כתוצאה מאכזריות נגד בני האדם. כל אחד מאיתנו נחשב".