ביומה הראשון של המלחמה ב-5 ביוני 1967 סמוך לשעה 8 בערב נורו מכיוון ירדן על תל אביב וסביבתה כ-12 פגזים ייתכן שאף יותר. חלק מהם נפלו בשטחים פתוחים במרחב תל אביב. אחד מפגזים אלה נפל סמוך ל"כיכר מסריק" ברחוב רייך מס' 5 (ואחורי הבית ברחוב פרישמן 82). שלוש דירות באותו בניין נפגעו א חת הדיירות בבניין, גב' אקרמן ובתה בת ה-15 שהו בכניסה לחדר מדרגות בביתן בעת שהפגז נפל וטוב שכך, שכן החזית האחורית של סלון ביתן נפגעה וחור גדול נוצר בקיר. חפצים רבים בדירה נופצו מהדף פגיעת הפגז. יצוין כי בתקופת מלחמת ששת הימים רבים מבתיה של תל אביב ושל ערים אחרות שנבנו לפני 1956 לא היו מצוידים במקלטים ובעת אזעקת ירידה למקלטים שהו תושבים רבים בבתיהם או בחדר מדרגות או רצו לשוחות מגן שנחפרו בחצרות ובשטחים פתוחים. ראש ועדת החירום של עיריית תל אביב-יפו האלוף אהרון (ארווין) דורון סקר בישיבת מנהלת החרום של העירייה את מיקום נפילות ופגיעות הפגזים בתל אביב ובסביבתה. לדבריו מלבד הפגיעה ברחוב רייך 5 נפל פגז סמוך לשכונת צהלה וכן בשיכון גלילות מול המשתלה שבדרך תל אביב-הרצליה שם נהרגו סוס, כלב וכ-200 עופות (כנראה באחת החצרות). פגז נוסף פגע בבניין בשיכון "נווה-משכן" באזור תל ברוך. בבניין נפגעו שתי דירות וכמה פגזים נחתו סמוך לתחנת הכח ברידינג. ההפגזה על תל אביב, נמשכה זמן קצר, כחצי שעה עד שעה, גרמה לנזק ברכוש אך למרבה המזל, לא היו נפגעים בנפש. שוטרים אספו את רסיסי ושרידי הפגזים ועל-פי הערכת גורמי ביטחון המדובר בפגזים שנורו מתותח או תותחי הלונג-טום תוצרת ארצות הברית בקוטר 155 או 175 מ"מ שהציבו הירדנים ב"חורבת צופין", גבעה הממוקמת בסמוך לכניסה המזרחית של קלקיליה ומשקיפה על יישובי השרון. תותח הלונג-טום הירדני שהפגיז את תל אביב נלקח שלל, הוצב בשדרות רוטשילד, ואחר כך נמסר למוזאון בתי האוסף לתולדות צה"ל.

אחת מהערים שנפגעו יותר מישובים אחרים מירי כוחות אויב במלחמת ששת הימים הייתה בירת ישראל ירושלים. החל מהשעה 11:30 לפני הצהריים ב5 ביוני 1967 ביומה הראשון של מלחמת ששת הימים הופגזה העיר על-ידי הירדנים במשך שעות ארוכות. הירדנים ירו פגזים ויריות על רוב חלקי העיר אולם נפגעו במיוחד שכונות מוסררה, נחלת שמעון, טלביה, מאה שערים, בית ישראל ורחביה. כאלף בתים נפגעו מפגזים ובהם מספר מוסדות ציבור: בתי החולים שערי צדק והדסה, בניין הכנסת (חדר האוכל של הכנסת). בבית החולים שערי צדק חדר פגז דרך הקיר ליד חדר ילדים ולא התפוצץ. אנשי הג"א הוציאו את הפגז. כן פגע פגז במוזאון ישראל. גם באוניברסיטה העברית בגבעת רם נפלו כמה פגזים, מול בית ראש הממשלה ברחוב מימון נפלו כמה רסיסים, וכן פגע פגז במלון ציון ברחוב לונץ. גם ברחוב שטראוס פגעו כמה פגזים. ההפגזות על העיר נמשכו במשך יומיים עם הפוגות. עד ליומה השיני של מלחמת ששת הימים בשעות הצהרים נמנו כ-15 ישראלים הרוגים בבירה. שניים מהם ילדים ועשרות רבות של פצועים שנזקקו לטיפול רפואי. מספר ההרוגים הגדול יחסית מוסבר בכך שלא מעט תושבים לפחות ביום הראשון למלחמה הסתובבו ברחובות העיר. חלקם לא הוזהרו מבעוד מועד והופתעו מפריצת המלחמה בבוקר ה-5 ביוני שהייתה כידוע יזומה על-ידי צה"ל. ברחוב יפו פינת רחוב לונץ ביקש פקח מנער שהסתובב ברחוב להיכנס למקלט, הנער סירב, הפקח הפציר בו ולפתע התפוצץ פגז והנער נהרג. ראש העיר טדי קולק סייר בימי ההפגזות ברחבי העיר וביקר במקלטים.

ביום שני 5 ביוני יומה הראשון של מלחמת ששת הימים, קרוב לשעה 12 בצהריים הפציצו שלושה מטוסי האנטר ירדנים את מפעל התרופות אביק דרומית לנתניה. הם הנמיכו טוס מעל המפעל והפעילו רקטות. המטוסים פגעו בשני בנייני המפעל ובאחד מהם נגרמה שריפה. 4 עובדים נפצעו באורח קל מרסיסים. המטוסים פגעו גם בדירת מגורים בשיכון קריית נורדאו. בדירה פרצה שריפה והחלו להישרף רהיטים. למרבה המזל המשפחה הייתה באותה עת במקלט. המשפחה הועברה לבית מלון עד לשיקום הבית שנשרף. כעבור זמן קצר הפציצו מטוסים ירדנים ועירקים את מפעל הערגול למתכות "אלבר" באזור התעשיה בכפר סבא. 4 מעובדיו נהרגו ועוד 15 נפצעו. ואלה שמות ההרוגים: דוד יחיא, ניסים ואנונו, נחום ויטוריו ואלפרד רגנסבורגר. מפעל אלבר בכפר סבא הוקם על-ידי קונצרן הצרפתי אלבר ועסק בעירגול מתכות אל-ברזליות (אלומניום וכיוצא באלה). הוא נחנך ב-16 במאי 1959 במעמד ראש מועצת כפר סבא המיתולוגי מרדכי סורקיס ובשיאו העסיק כמה מאות עובדים. באותו היום הירדנים הפגיזו בתותחיהם את תושבי שכונות יוספטל ושיכון קפלן כפר סבא הקרובות ביותר לגבול הירדני. כן הופגזו המשקים רמת הכובש, אייל וניר אליהו. בניר אליהו נפגעה קשה הרפת.

ב-6 ביוני 1967, יומה השני של מלחמת ששת הימים, מטוס טופולב 16 עירקי שנשא בבטנו שש פצצות במשקל 500 ק"ג כל אחת חדר לתחום ישראל. מערכות המכ"ם הישראליות קלטו את המטוס אבל הוא הצליח לחצות את הגבול באזור טול כרם ללא הפרעה והמשיך את טיסתו מערבה לכוון מישור החוף. בשל טעות בניווט הגיע המפציץ לעיר נתניה והטיל שלוש פצצות ברח' הרצל ורזיאל במרכז העיר. עקב שגיאה של אנשי הקרקע העירקיים הפצצות לא חומשו טרם המראת המטוסים ולכן לא התפוצצו. אך עצם חבטת נפילתן גרמה לנזק רב למספר מבנים ולהרס של בניין בנק הפועלים החדש בפינת הרחובות הרצל-אחד העם. בהפצצה נהרגה ויולט דיין שעמדה במרפסת ביתה ברחוב אחד העם בנתניה. הפצצה הכבדה הגם שלא התפוצצה נפלה בעוצמה על המרפסת והרגה את ויולט דיין. ויולט הייתה בת 37 במותה. הותירה בעל ושלושה בנים. כמו-כן נפצעו כתוצאה מנפילת הפצצה בנתניה חמישה איש. המטוס העירקי הטיל גם שתי פצצות שלא התפוצצו על מושב צור משה. בשלב זה, משזוהה המפציץ מעל שמי נתניה, נשלחו ליירוטו זוג מיראז'ים שהיו בפטרול. המטוס כנראה נפגע מאש כוחותינו ובהתרסקותו צנח אל הקרקע והתרסק על שטח מחנה עמוס שליד העיר עפולה. בהתרסקות המטוס נהרגו 14 חיילי מילואים שישנו באותו הזמן באוהלים בשטח הבסיס. עשרות חיילים נפצעו ונזק נגרם למבנים. בימיה הראשונים של מלחמת ששת הימים הפגיזו הירדנים את תושבי גוש התענך והגלבוע. כתוצאה מההפגזות נשרפו שדות ובינהם שדה חיטה של מושב רם און. כמה מבנים בישובי האזור נפגעו, לרוב באורח קל.

ביום 6 ביוני 1967, יומה השני של מלחמת ששת-הימים, סמוך לשעה 6 בבוקר החלו הסורים להפגיז את יישובי הצפון ובהם ראש פינה, יסוד המעלה, הקיבוצים גדות, שמיר ועוד. מטר של מאות פגזים נחתו על הישובים הישראלים, פגעו במבנים וגרמו לשריפת שדות, אחד הישובים שנפגע קשה ביותר היה ראש פינה. על-פי הערכה, נורו על המושבה הגלילית באותו יום כ-1,000 פגזים. שני מטוסי מיג סוריים תקפו ב5.6.67 בשעה 12:30 את טבריה והאזור וירו שלוש רקטות. אחת מהם התפוצצה באזור בלתי מיושב וגרמה לדלקה. המטוסים הסוריים תקפו גם את אזורי עילבון וצלמון מטוסי מיראז' ישראלים הוזנקו לעבר מטוסי המיג הסוריים והתפתח קרב עימות בין המטוסים הישראלים לסורים. בשעת הקרב נפגע מרסיס השוטר ארנולד רוזנצווייג בן 50 נשוי ואב לשלוש. באותו יום תקף מטוס סורי את משק עין המפרץ הטיל פצצת נפל"ם, פגע במתבן ובמחסן תבואה שעלו באש.

בימיה הראשונים של מלחמת ששת הימים ירו המצרים מאזור רצועת עזה ורפיח פגזי מרגמות לעבר יישובי הימשובים רצועת עזה שבסמיכות לגבול המצרי ובהם נחל עוז. פגז מרגמה בקוטר 120 מ"מ פגע ברפת הקיבוץ. 10 פרות נהרגו ו-25 נפצעו קשה. חברי הקיבוץ נאלצו לשחוט הפרות הפצועות כדי לקצרי ייסוריהן.