אורי כרמל טען עוד, כי בעידן הפיקוד של אלשיך על המשטרה נעשה ניסיון חסר תקדים להרחבת סמכות התחקיר הפנימי במשטרה, על חשבון האינטרסים החקירתיים של מח"ש. "המסמך הגיע לידיעת מח"ש לראשונה לאחר שהועבר מלשכת ראש מח"ש למשנה הפלילי. כפועל יוצא, עלה צורך לקבל הערות מח"ש ולהחזיר למשטרה לשיעורי בית. מדובר התנהלות בין ארגונית לקויה שלא נהגה בעבר, במקום לפעול לכתחילה בתיאום", כתב והוסיף כי באותה עת היה חוסר ממשק עבודה מוחלט בין היועץ המשפטי של המשטרה להנהלת מח"ש.
עו"ד כרמל טען עוד כי המשטרה מטיחה ללא הרף האשמות שווא כלפי מח"ש בדבר הדלפת חומרי חקירה וטען שכל פרסום שבו מעורבים גורמים רבים - כולל נאשמים וסניגוריהם וכולל מידע שזורם מהמשטרה עצמה - מיוחס כהדלפה מהמחלקה לחקירות שוטרים. יתרה מזאת, הוסיף כי יש במשטרה "התייחסות לכל דברור מקצועי לגיטימי של כתב אישום או חקירה של מח"ש כאל פעילות עוינת", כלשונו.
תלונות סרק נגד אנשי מח"ש, בגיבוי הפיקוד הבכיר במשטרה
לדבריו, במשטרה נעשו ניסיונות להטלת מורא על אנשי מח"ש ובהם פרסום הנחייה במייל לכלל השוטרים על דרך הגשת תלונות על אנשי מח"ש באופן בלתי מתואם בין המערכות ויצירת אווירה לעומתית במשטרה המעודדת תלונות נגד אנשי מח"ש. "מדובר על דרך הכלל בתלונות סרק, חסרות בסיס של ממש, הזוכות לרוח גבית של הפיקוד הבכיר ביותר", כתב. עוד הוסיף כי קצינים מושאלים במח"ש מוטרדים ביחס לעתידם המקצועי וביחס לקידומם מחשש להתנהלות נקמנית של המשטרה.
"מדובר בהצטברות מדאיגה המחייבת בעיני התייחסות אופרטיבית שלך ושל פרקליט המדינה. כמדומני שיש להביא את הדברים גם לידיעת היועץ המשפטי לממשלה", כתב אז עו"ד כרמל.
חלק מן הטענות שעולות ממכתבו של אורי כרמל פורסמו בעבר מפיו של סגנו, חבר הכנסת דהיום
משה סעדה. אלשיך עצמו אף התראיין והגיב עליהן באומרו כי לא ניתן למצוא ציטוט אחד שלו בהקשר של הטלת מורא על מח"ש. "איפה הטלתי מורא על מח"ש? אין אפילו ציטוט אחד שלי שאמרתי בציבור. אני הכנסתי למשטרה מבחנים תעסוקתיים כמו שנעשים בשב"כ, זה ייצר נורמות במשטרה ולמח"ש פחות תיקים. פתאום אין הטרדות מיניות של בכירים, זה הוציא אותם מדעתם", אמר בראיון ל
ישראל היום.
אלשיך הכחיש, כאמור לעיל. כרמל, לעומתו, תיעד בזמן אמת את טענותיו נגד המשטרה בכלל ואלשיך בפרט.