בית כנסת אחד בלבד פועל באתונה - "בית שלום", וגם הוא רק בשבתות ובחגים. כמה מאות מטרים ממנו שוכנת האנדרטה לזכר השואה ביוון, נוגעת ללב בפשטותה, בפינה מוצלת שאיש כמעט אינו מכיר. בקצה השני של העיר, לא הרחק מגבעת האקרופוליס, פועל המוזאון היהודי של אתונה, המתעד את תולדות היהודים במדינה במשך 2,000 שנה. בסלוניקי, "ירושלים של הבלקן", המצב דומה: בית כנסת בודד הפועל באופן חלקי, שתי אנדרטאות שואה, מוזאון אחד. אך גורלן של שתי הקהילות בשואה היה שונה, כתמונת ראי של הגיאו-פוליטיקה השונה במדינה כולה.
איטליה פלשה ליוון באוקטובר 1940, אך כמו בכל מקום במלחמת העולם השנייה - גם כאן ביצועיה הצבאיים היו דלים וצבאה התקשה עד מאוד לממש את החלומות האימפריאליסטיים של בניטו מוסולוני. אדולף היטלר נחלץ לעזרה ומול הצבא הגרמני האדיר לא היה ליוונים האמיצים כל שמץ של סיכוי. גרמניה כבשה את יוון במאי 1941 וחילקה אותה לשלוש: איטליה שלטה בדרום, כולל באתונה; בולגריה, בעלת ברית נאמנה של גרמניה, קיבלה בתור פרס את תֶרַקְיָה ומקדוניה שבצפון; גרמניה עצמה שלטה במרכז המדינה ובעיר סלוניקי, ולאחר הפלתו של מוסוליני בספטמבר 1943 - כבשה גם את האזור האיטלקי.
בעת הכיבוש חיו ביוון 77,000 יהודים, מתוכם נרצחו 67,000-60,000. הרצח התנהל במספר שלבים: הגירוש מתְרַקְיָה ומקדוניה במרס 1943, בו גורשו 20,000 יהודים שכמעט כולם נרצחו; גירוש 56,000 יהודים מסלוניקי במרס-מאי 1943, מתוכם שרדו רק 2,000; והגירושים מיתר שטחי יוון במרס-אפריל 1943 ובקיץ 1944 (האחרונים - מהשטחים האיטלקיים אותם כבשו הגרמנים). ביוני-יולי 1944 גורשו גם 3,500 מיהודי קורפו ורודוס לאושוויץ, שם סבלו במיוחד בשל קשיי השפה והאקלים. ורק בודדים ניצלו. בסך-הכל נשלחו לאושוויץ 55,000 מיהודי יוון: 42,000 נרצחו מיד, 13,000 נשלחו ל"ניסויים רפואיים", לעבודה בזונדרקומנדו (שם מילאו תפקיד חשוב במרד בבּירקֶנַאוּ באוקטובר 1944) לעבודות כפייה ולתזמורת המחנה; רק 2,000 מהמגורשים שרדו.
באתונה חיו 3,500-3,000 יהודים ערב הכיבוש, וגורלם היה שונה משמעותית מזה של אחיהם ביתר חלקי המדינה ובמיוחד בסלוניקי. האיטלקים לא היו שותפים לגזענות הקנאית ולאנטישמיות הרצחנית של הגרמנים, ואפילו באיטליה עצמה לא נרדפו היהודים. כאשר הייתה אתונה תחת שלטון איטלקי, לא ננקטו צעדים כלשהם נגדם, מפקדי האזור התייחסו אליהם באדיבות ומנעו צעדים של הגסטפו נגדם.
אולם, לאחר כיבוש העיר בידי הגרמנים, כאשר חיו בה 10,000-8,000 יהודים (כולל פליטים), החלו הללו ליישם גם בה את הפתרון הסופי - אלא שהצלחתם הייתה חלקית בלבד, בשל האומץ שגילו הן מנהיגים יהודיים והן אישים יווניים. כ 800 מיהודי העיר נרצחו באושוויץ; אלפים ניצלו בסיועם של הכנסייה ושל תושבים מקומיים, בין היתר בעזרת מסמכים מזויפים ובמחבוא במוסדות נוצריים ובבתי יוונים.
