חלק ניכר בחקירתו של הנגבי עסק בשאלת ההפרדה המבנית וההפרדה התאגידית בקבוצת בזק. ההפרדה המבנית פירושה שהחברות השונות בקבוצה (בזק עצמה העוסקת בתשתיות,
בזק בינלאומי העוסקת באינטרנט ובשיחות בינלאומיות, פלאפון ו-yes) אינן רשאיות להציע ללקוחות חבילות משותפות. ההפרדה התאגידית משמעותה שכל פעילות מבוצעת בידי חברת-בת נפרדת. ביטול ההפרדה התאגידית נחשב לשלב ראשון לקראת ביטול ההפרדה המבנית, ביטול שהיה יעד מרכזי מבחינתה של בזק. פילבר תמך בביטול ההפרדה המבנית, אך מאוחר יותר הסתפק בביטול ההפרדה התאגידית בשל ההתנגדות העזה מצד מתחרותיה של בזק ובשל מחלוקות בתוך משרד התקשורת.
הנגבי התייחס גם ללחץ הכבד שהפעיל
חיים סבן, בעל השליטה בפרטנר, נגד ביטול ההפרדה המבנית בבזק. סבן אמר להנגבי ("מדם ליבו", כלשונו), כי הוא מתכוון להילחם בכל כוחו, כולל בבג"ץ ובתקשורת, ולדרוש את פירוק בזק. הנגבי הציע לפילבר להקפיא את המהלך עד לאחר הבחירות לנשיאות ארה"ב בנובמבר 2016, שכן סבן היה מקורב מאוד ל
הילרי קלינטון ו"יכול להיות שהוא הולך להיות האיש הכי חשוב בקשר בין ישראל לבין הנשיאה הנבחרת".
הנגבי ציטט דברים שאמר לו יו"ר פרטנר מטעם סבן, אדם צ'זנוף: "הוא כל הזמן כעס על מומו ועל המדיניות והוא היה אומר לי: 'מומו זה עובד אצל בזק, מושחת'. סתם דברים שהיו מוגזמים, אני הרגשתי שהם מוגזמים. 'עוד נוכיח שהוא מקבל מהם כסף' וכל מיני דברים כאלה. אני לא ראיתי את זה כדבר לגיטימי רגיל, וגם נזפתי בו אפילו, הכרחתי אותו פעם להתנצל, כי הוא אמר את זה למומו בפרצוף באחת הישיבות, אבל הוא האיש הכי קרוב לסבן".
חוקרת הרשות, פולינה גובזמן-קריב, שאלה את הנגבי על המגעים שניהל פילבר עם בכירי בזק בנוגע להפרדה המבנית. הנגבי השיב, כי ברמה העקרונית נכון לנהל דו-שיח עם הגופים המפוקחים, אך יש לעשות זאת בצורה מסודרת ובידיעת כל גורמי המקצוע, ולא בסתר כפי שפעל פילבר (לאור מה שהציגה לו גובזמן-קריב). "אני לא חושב שהייתי שולח להם טיוטות ההחלטה שלי ושיתקנו אותה ושהייתי שומר את זה בסוד, אם זה כאילו חלופה", הוסיף. "אם יש דיאלוג, הוא כשלעצמו לא פגום. כשזה נעשה בדרך מניפולטיבית, אז זה מעיד על כך שהדיאלוג הזה פחות לגיטימי".
הנגבי נשאל על כך שפילבר העביר לבזק את טיוטת הודעת המשרד על קידום (בשלב הראשון) של ההפרדה התאגידית, קיבל את הערות החברה והטמיע אותן בהודעה. הוא השיב, כי הדבר מדהים ומכעיס אותו, "כי זה דרך עקומה". לדבריו, הוא לא ידע שפילבר מחק מן ההודעה את המילים "כפוף לשימוע" אותן דרשה היועצת המשפטית דאז של המשרד, דנה נויפלד. לדבריו, פילבר קיבל "על זה את הגיבוי שלי, אבל הגיבוי ניתן למשהו שכנראה בסוף הוא שונה ממה שחשבת שהוא".
הנגבי סירב לומר האם הוא מרגיש מרומה. "זה מכתב שאמור היה להיות תולדה של כל ההנחיות והעצות שנתתי למומו כידיד וכשותף בניהול המשרד ומה שמסתבר הוא שזה לא כך, וזה כשלעצמו לא התהליך שהייתי מצפה. זה לא פשוט. זה סיוט", הגיב. בהמשך אמר כי זו התנהגות שלא היה מצפה לה לא רק ממנכ"ל של משרד ממשלתי, אלא "הציפייה שלי זה שדברים כאלה לא היו קורים".
עוד עלה בחקירה מסמך מדיניות הטלפוניה, שלדברי גובזמן-קריב – גם אותו העביר פילבר בחשאי לראשי בזק וקיבל את הערותיהם. הנגבי נמנע מלהביע דעה על מהלך זה, אם כי ציין שפילבר היה צריך לומר לעמיתיו במשרד התקשורת שמדובר בהערות של בזק ולא להציגן כעמדתו המקצועית. הקפאת הטיפול בטלפוניה היה הישג של בזק ולא של המשרד, הוסיף, כי "כל הישג של המשרד הוא הישג אך ורק אם הוא משרת את הציבור".
