המדינה אומנם מחזירה למילואימניקים את השכר שהפסידו בזמן השירות, אך בבסיס ההחזר הזה נמצא עיוות שמביא לאובדן הכנסה. ההחזר ליום מילואים מחושב לפי השכר ברוטו של שכיר או ההכנסה של עצמאי בשלושת החודשים שקדמו למילואים, חלקי 90 יום. ואולם השכר מבוסס על 22 ימי עבודה בחודש, כך שבחישוב הוגן צריכים לחלק את ההכנסה בשלושת החודשים האחרונים ב-66 בלבד. הדבר היה מעלה את ערכו הכספי של יום מילואים בשליש, ומשקף באופן מדויק הרבה יותר את ההפסד הכספי של העובד.
הנפגעים העיקריים מהחישוב הזה הם אלה שמשתכרים לפי שעות או משמרות. השכר שמקבלים עובדים אלה בעבור החודש שהיו במילואים נמוך בדרך כלל מזה שהיו מקבלים בעבור חודש עבודה רגיל. עובדים בשכר גלובלי מקבלים בדרך כלל את אותה המשכורת בעבור חודש שבו היו במילואים, אף שבחודש זה הם עבדו בעבור הצבא גם בשישי ובשבת. אם בחודש שבו היו במילואים חלים גם חגים - ההפסד שלהם גדול אף יותר.
בנוסף, מי ששכרו עלה בשלושת החודשים שקדמו לשירות המילואים יקבל בעבור השירות שכר נמוך יותר, המבוסס בחלקו על משכורתו הקודמת.
הפגיעה בעצמאים חמורה יותר. בנוסף לחישוב ההחזר המעוות, עליהם להתמודד גם עם אובדן הכנסות, נטישת לקוחות קיימים והפסד לקוחות חדשים. במקביל, ההוצאות הקבועות שלהם, כמו תשלום שכר לעובדים, אינן משתנות.
"בפלוגה שלי יש בחור שהוא בעל מאפייה קטנה והעובד היחיד בה", מספר דוד מורגנשטיין, 29, קצין מילואים מירושלים. "מבחינתו הליכה למילואים משמעה סגירת המאפייה. מילואימניקים אחרים אצלנו הם טכנאי מזגנים. אם המילואים נופלים על חודשי הקיץ, הם מפסידים אחוז ניכר מההכנסה השנתית. האנשים האלה מגיעים למילואים, עושים את המשמרת שלהם, טסים חזרה לעבוד וחוזרים לעוד משמרת, בלי הפסקה".
לדברי אורן, 31, סמ"פ בפלוגת חי"ר, "חייל שהוא עצמאי ואין לו שותף פשוט לא יכול להתמודד עם המילואים. מי ישמור לו על העסק? ואולם הצבא לא ממש מכיר בבעיה הזו כעילה לוויתור או הקלות במילואים, ולכן אנחנו מסדרים את זה בתוך הפלוגה. אנחנו מאוד משתדלים להתגמש עם העצמאים".
אוכלוסיה נוספת שסובלת מהיציאה למילואים היא הסטודנטים. רובם אינם עובדים או עובדים בחצי משרה, ולכן מקבלים החזר של 119.5 ליום - שכר המינימום במשק חלקי 30 יום. בהנחה שיום עבודה נמשך 8.5 שעות, החזר זה משקף שכר של 14 שקל לשעה - פחות משכר המינימום לבני נוער שעובדים בקיץ.
לכך צריך להוסיף הפסדים כלכליים אחרים. סטודנטים היוצאים למילואים בחופשת הקיץ מתקשים עם שובם למצוא עבודה לזמן הקצר יחסית שנשאר עד תחילת הלימודים. סטודנטים היוצאים למילואים בזמן הלימודים מפסידים לעתים חומר ומבחנים ונאלצים לעשות קורסים בשנית. הדבר עלול להביא להארכת הלימודים בסמסטר נוסף, שעליו משלמים הסטודנטים מכיסם.
"בחומת מגן האריכו לנו את התעסוקה המבצעית בשבוע", מספר מורגנשטיין. "אחד החיילים, סטודנט למשפטים, הפסיד בגלל זה סמסטר. הוא היה צריך לשלם על עוד סמסטר שבמהלכו גם לא יכול היה לעבוד הרבה, והכי גרוע - כניסתו לשוק העבודה נדחתה בשנה שלמה".
גם המעסיקים מפסידים כסף מימי המילואים. "הביטוח הלאומי מחזיר למעסיק רק את גובה שכר הברוטו של המילואימניק", מסביר עלה מיקנובסקי, יועץ ארגוני הפעיל בארגון המילואימניקים
פורום החפ"שים. "עם זאת, אין החזר על הטבות כמו הפרשות לפנסיה, קרן השתלמות או רכב צמוד, שמגיעות עד ל-30% נוספים מהשכר - והמעסיק חייב להמשיך לשלם אותן כאילו העובד עבד. למעשה מי שמעסיק כיום מילואימניק צריך להיות ציוני אמיתי, כי יציאת העובד גם פוגעת בעבודה וגם גורמת להפסד כספי". בנוסף, הביטוח הלאומי משלם למעסיק רק אחרי שהחייל מסיים את המילואים והתביעה שמגיש המעסיק מאושרת. "למעשה, המעסיק נותן כך הלוואה ללא ריבית למדינה", אומר מיקנובסקי.