מוסד ציבורי, הוא מוסד הפועל להגשמת מטרות ציבוריות כפי שנקבעו בסעיף 9 (2) לפקודת מס ההכנסה (להלן: "הפקודה") וביניהן מטרות שעניינן דת, תרבות, חינוך, מדע, בריאות, סעד או ספורט ואשר כל נכסיו והכנסותיו של המוסד משמשים להשגת המטרה הציבורית.
בבואנו לבחון אם מוסד הוא מוסד ציבורי, חשוב לזכור, כי פעילות המוסד בתחום המטרות שבסעיף 9 (2) לפקודה כשלעצמן, אינן מעניקות באופן אוטומטי מעמד של מוסד ציבורי, זאת כיוון שקיימים גופים רבים ומגוונים אשר פעילותם נכללת לכאורה בתחום המטרות של סעיף 9 (2), אך פעילותם נושאת אופי עסקי וכמובן שמוסדות כאלה לא יהיו פטורים ממס.
סעיף 61 (א) לחוק מיסוי מקרקעין (שבח ורכישה), התשכ"ג- 1963 (להלן: "חוק מיסוי מקרקעין") קובע, כי מכירת זכות במקרקעין למוסדות ציבור תהא פטורה ממס. אולם, אין די בכך, שהרי המקרקעין חייב לשמש את המוסד הציבורי במישרין. עניין זה הובהר היטב על-ידי המלומד פרופ' הדרי אשר קבע בספרו "מס שבח מקרקעין", כרך שני, כי "על-מנת לזכות בפטור, חייבים המקרקעין לשמש את המוסד הציבורי במישרין לקידום מטרותיו הציבוריות. שימוש לא ייחשב שימוש במישרין אם המקרקעין אינם משמשים את המוסד, אלא המוסד נהנה רק מפירותיהם."
סעיף 61 (ב) לחוק מיסוי מקרקעין קובע, כי מכירת זכות מקרקעין בידי מוסד ציבורי תהא פטורה ממס, בכפוף לתקופת החזקה מינימאלית במקרקעין ותקופת השימוש בה במישרין על-ידי המוסד הציבורי כדלקמן;
- תקופת החזקה של שנה לפחות ו-80% שימוש- המכירה תהא פטורה ממס.
- תקופת החזקה של שנה עד ארבע שנים ופחות מ-80% שימוש- יינתן פטור יחסי מהמס, שהוא כיחס שבין תקופת השימוש לבין תקופת החזקת בזכות במקרקעין.
- תקופת החזקה של מעל לארבע שנים ופחות מ-80% שימוש- יינתן פטור של מחצית המס, ואם המקרקעין שימושו במישרין את המוסד – יינתן בנוסף לפטור האמור גם פטור יחסי על המחצית השנייה של המס שהוא כיחס שבין תקופת השימוש לבין תקופת החזקת המקרקעין.
סעיף 61 (ד) לחוק מיסוי מקרקעין קובע מיהם "מוסדות ציבור" הזכאים לפטור ואלו הם; מוסדות לדת, לתרבות, לחינוך, למדע, לבריאות, לסעד או לספורט או למטרה ציבורית אחרת ושאינם מיועדים להפקת רווחים, שנקבעו לעניין זה על-ידי שר האוצר באישור ועדת הכספים של הכנסת.
בהוראות הביצוע של רשות המיסים (במ"ה 2/01, מיסים טו/2 ג-) ניתנו קווים מנחים, אשר על פיהם ייקבע אם עסקינן במוסד ציבורי, אם לאו. חלק מהתנאים לשם קבלת הכרה כמוסד ציבורי הם כדלקמן; העלאת רווחת הציבור בכללותו ללא יצירת אפליה, המטרה הציבורית תושג ללא יצירת קשר או התניה בין שיעור ההשתתפות במימון הוצאות המוסד לבין הציבור הנהנה משרותיו, מפעילי המוסד וקרוביהם לא יפיקו כל הנאה כלכלית אישית להוציא שכר סביר שהוא פונקציה בגין תרומתם הישירה, המוסד אינו פועל למטרות רווח, פעילות המוסד מכוונת ומשרתת את טובת הציבור, הגוף מרכז פעילות בתחום מסוים ולא נועד לטפל במקרה ספציפי, תהליכי קבלת החלטות במוסד נעשים ע"פ אמות מידה ציבוריות לשם קידום המטרה הציבורית, פעילות המוסד ממומנת (בין היתר) מתרומות בכסף וכיו"ב.
למען הסר ספק יובהר, כי התנאים המפורטים לעיל, מהווים קווים מנחים לסיווגו של המוסד כמוסד ציבורי, כאשר ההחלטה תתקבל בד"כ כתוצאה מהצטברות מספר תנאים ולא מקיומו של תנאי זה או אחר.
לא אחת נשמעה ביקורת על אופן הפעלת סעיפי הפטור המוענקים למוסדות ציבור. באופן עקרוני הן בסעיף 46 לפקודה, המעניק פטור למוסד שהוכר לעניין תרומות והן בסעיף 61 לחוק מיסוי מקרקעין, קיימת עקיפה על חוק התקציב, וזאת משום שבד"כ המוסדות הללו ניזונים מכספי הציבור. היינו, ברגע שהכספים הללו מתוקצבים אזי קיימת בקרה של הכנסת על אופן העברת הכספים. ברם כשהמחוקק באמצעות שר האוצר (שהוא חלק מהרשות המבצעת) מאפשר להעניק אישור לקבלת פטור ממס שבח (לפי סעיף 61 לחוק מיסוי מקרקעין) ו/או לקבלת תרומות (לפי סעיף 46 לפקודה), וקבלת החלטה לפיה המדינה תשתתף באלו, המחליט הוא רשות מבצעת שאינה מבקרת, ולפיכך המימון הלא מתוכנן יוצר בעיה.
