בפברואר 2009 פרסמה קהילת המודיעין האמריקנית את החלק הגלוי של הערכת המודיעין לגבי האיומים המופנים כלפי ארצות-הברית.
1 דוח המודיעין, החתום על-ידי אדמירל דניס בלייר, המנהל החדש של המודיעין הלאומי, כולל פרק בסוגיית הגרעין האירני. הערכת המודיעין החדשה אינה שונה במהותה מדוח המודיעין בסוגיה האירנית (ה-NIE) מדצמבר 2007, שעורר בשעתו ביקורת נרחבת בישראל ובארצות-הברית על שהוא מקל בסוגיית הגרעין האירני, אך הדגשיה של ההערכה החדשה שונים בחלקם מאלה של קודמתה.
הערכת המודיעין החדשה דומה להערכת דצמבר 2007 בכמה ממרכיביה:
1. ההערכה החדשה חוזרת על הממצא הקודם, כי ב-2003 הקפיאה אירן את תוכנית הגרעין הצבאית, שכללה ניסיונות להפיכת חומר בקיע לנשק, המרת אורניום בחשאי ופעילויות נוספות הקשורות בהעשרת אורניום. ההערכה החדשה קובעת שהקפאה זו נמשכה לפחות עד אמצע 2007, ואין מידע שהתוכנית חודשה. למודיעין האמריקני אין מספיק מידע שעל בסיסו אפשר לקבוע בביטחון אם אירן מוכנה להמשיך להקפיא את התוכנית הצבאית.
2. גם ההערכה החדשה מותירה מידה של ספק אם אירן החליטה סופית לייצר נשק גרעיני. כך, היא קובעת שקהילת המודיעין האמריקנית אינה יודעת אם אירן מתכוונת לייצר נשק גרעיני, ומציינת פעמיים שאירן תוכל לפתח נשק גרעיני, "אם תחליט על כך".
3. בדומה לדוח 2007, גם ההערכה החדשה מציינת שאירן שומרת על האופציה לפתח נשק גרעיני, ושיש ברשותה השתית טכנולוגית שתאפשר לה לייצר נשק גרעיני.
4. לוח הזמנים להשגת נשק גרעיני על-ידי אירן לא השתנה: להערכת המודיעין האמריקני, אירן תוכל לייצר אורניום מועשר באיכות גבוהה, בכמות שתספיק לייצור נשק גרעיני, בין 2010 ל-2015 (ולהערכת יחידת המחקר של מחלקת המדינה האמריקנית, לא לפני 2013).
עם זאת, ההערכה החדשה מחמירה יותר מקודמתה לגבי הסיכון שאירן אכן תגיע לנשק גרעיני, בשני היבטים:
1. ההערכה החדשה מדגישה במיוחד את העובדה שאירן מתקדמת במידה משמעותית לפחות בשניים מהמרכיבים, שיש להם משמעות לנשק גרעיני: בהעשרת אורניום, שתאפשר ייצור חומר בקיע לייצור נשק גרעיני, ובייצור ושיפור טילים בליסטיים, המסוגלים לשאת ראש גרעיני, כאמצעי שיגור. בעוד שדוח 2007 העמיד במוקדו את הקפאת התוכנית הצבאית, ההערכה החדשה מעמידה במוקד את ההתקדמות בשני המרכיבים הללו.
2. הדוח החדש מעריך, שאירן הצליחה כנראה לייבא כמות מסוימת של חומר בקיע, אך לא כזו שתספיק לייצור נשק גרעיני. הדוח אינו שולל את האפשרות שאירן השיגה מבחוץ, או שתשיג מבחוץ, נשק גרעיני, או חומר בקיע בכמות שתספיק לנשק גרעיני. עם זאת, להערכת המודיעין האמריקני, לאירן אין כיום נשק גרעיני, ועד כה לא השיגה חומר בקיע במידה שתספיק לנשק גרעיני. מבחינה זו, ההערכה אינה תומכת בדבריו של ראש המטות המשולבים, אדמירל מייק מולן, שטען בסוף פברואר שלאירן יש מספיק חומר בקיע לייצור פצצה. ערכת המודיעין החדשה מתייחסת גם לאפשרות לעצור את אירן בטרם תגיע לנשק גרעיני. לדעתה, רק החלטה פוליטית של ההנהגה האירנית לוותר על המטרה של השגת נשק גרעיני תעצור את חתירתה לנשק זה. אלא ששכנוע ההנהגה האירנית לוותר על מטרה זו יהיה קשה, עקב הזיקה שאירן רואה בין השגת נשק גרעיני לביטחונה הלאומי, ולאור המאמצים שאירן השקיעה עד כה בכיוון להשגת נשק זה. הדוח מוסיף שיש סיכוי שצרוף של איומים ולחצים, עם פתיחת הזדמנויות בפני אירן לקדם את ביטחונה הלאומי בדרכים אחרות, עשוי להניע אותה לעצור את חתירתה לנשק גרעיני - אך קשה לקבוע מהו צרוף זה.
משמעויות הערכת המודיעין האמריקני החדשה לא זכתה עד כה לתשומת לב מיוחדת, כפי שזכתה לה הערכת המודיעין מדצמבר 2007. עם זאת יש להערכה החדשה משמעות חשובה, משום שזו הערכת המודיעין הראשונה המונחת על שולחנו של הנשיא אובמה בכלל, ובסוגיית הגרעין האירני בפרט. היא צפויה להנחות אותו בתקופה הקרובה במדיניותו כלפי אירן, ובכלל זה בניסיונו לפתח הידברות משמעותית עמה.
המסר העולה מהערכה זו אינו חד-משמעי. מצד אחד, היא מצביעה על התקדמותה המשמעותית של אירן לכיוון נשק גרעיני לפחות בשניים מתוך שלושת המרכיבים התורמים לפיתוח נשק זה, אם לא בשלושתם. המסקנה לגבי המרכיב השלישי - הפיכת החומר הבקיע לנשק - נותרה פתוחה. ההערכה אף מעלה אפשרות שאירן תבצע קפיצת דרך בהשגת הנשק הגרעיני, אם תצליח להשיג מבחוץ חומר בקיע בכמות מספקת לפצצה, או שתשיג אף את הפצצה עצמה. ואולם מהצד האחר, ההערכה אינה משדרת תחושת דחיפות, וחשוב מכך - היא מטילה ספק אם אירן בכלל החליטה סופית לייצר נשק גרעיני, גם אם היא שומרת על האופציה לפתחו, ויש לה היכולת הטכנולוגית לממש אותה.
גם מסקנתה של קהילת המודיעין האמריקנית לגבי האפשרות לעצור את אירן בטרם תגיע לנשק גרעיני אינה חד-משמעית. היא סבורה שיש סיכוי לעצור את אירן על-ידי צרוף של לחצים ופיתויים. העובדה שאירן הקפיאה את תוכנית הגרעין הצבאית שלה ב-2003 היא הוכחה לכך שהדבר אפשרי. ואולם הקהילה סבורה שהדבר יהיה קשה, משום שאירן רואה בתוכנית הגרעין פרויקט לאומי חיוני, וגם לא ברור איזה סוג של לחצים ופיתויים יוכלו לשכנע את אירן לוותר על השגת נשק גרעיני.
בעיקרו של דבר, קהילת המודיעין האמריקנית נשארה דבקה בבסיס הערכתה מדצמבר 2007 - תוך שינויי הדגשים וניסוח. צריך לומר כי בהערכה השנתית הקודמת של קהילת המודיעין האמריקנית מפברואר 2008 - שנכתבה חודשיים לאחר הערכת דצמבר 2007, ובצל הביקורת שנמתחה על אותה הערכה - הושמטו הפקפוקים בכוונותיה של אירן לפתח נשק גרעיני.
2 בהערכה החדשה מפברואר 2009 חזרו והופיעו פקפוקים אלה.
בהעדר מידע, קשה להעריך כיצד יתייחס ממשל אובמה להערכת המודיעין המחודשת. מזכיר ההגנה האמריקני, רוברט גייטס, אמר באמצע מרץ 2009, כי לאור כישלון המודיעין בסוגיית הנשק להשמדה המונית בעירק, כל נשיא אמריקני יהיה "זהיר מאד מאד" בנכונותו להסתמך על המודיעין.
3 בינתיים, לאחר פרסום ההערכה, הגדיר אובמה את אירן כאיום יוצא דופן על ביטחונה של ארצות-הברית והאריך את הסנקציות האמריקניות המוטלות על אירן. ואולם, אם תתפתח הידברות ממשית בין הממשל האמריקני לאירן, עשויה הערכת המודיעין ליצור תחושה אצל הממשל כי הזמן עדיין אינו דוחק, ובשלב זה אין צורך להגביל בזמן את משך ההידברות, אם יסתמן סיכוי שזו תשא פירות.