לצורך הפעלת המערכת, שבה מדובר בהפעלה של קו אחד בלבד (S1) מבין שלושה, מפתח תקוה לבת ים, נדרשת גם העמדת 3 משמרות של מנהל משמרת נהגים וכן תוספת של עובדי בקרה, אתתים, מפעילי עמדות מערכות סקאדה, מפעילי בקרת תנועה בדיפו, מנהלי תפעול, תחנות ומשמרות, מנהלי שליטה, מערך ביטחון פנימי וחיצוני וסדרנים, מערך תחזוקה, כוננים, פועלי ניקיון, מוקדנים טלפוניים וכו'. ההערכה היא כי חלק מן העובדים לא יהיו מעוניינים לעבוד בשבת, וכלל לא בטוח שבקשת נת"ע לקבל היתרים מיוחדים להעסקת עובדים בימי המנוחה תיענה בחיוב, לנוכח דיני העבודה.
עוד נמצא כי הפעלת הרכבת בשבת תעלה משמעותית את צריכת החשמל בתחנות וברכבות, תגרום לשחיקה מוגברת של המערכות ב-10 עד 12 אחוזים, תגביל אפשרות לביצוע עבודות תחזוקה בשבת, ותביא לעלייה של כ-10% בנסועה, והנגזרת היא הגעה לטיפולים הגדולים (חצי מיליון ומיליון ק"מ) בין חצי שנה לשנה מוקדם יותר, אך לא יהיה צורך ברכש של רכבות חדשות. גם שירותי הניקיון יגדלו בכ-15%.
הדוח מגלה כי בתחנת קריית אריה הביקוש צפוי להיות נמוך עד זניח, הן מכיוון שרכבת ישראל לא פועלת והן כי לא מדובר ביום עבודה. תחנת אם המושבות נמצאת בשטח המוניציפלי של בני ברק, והיא משרתת ממזרח את אזור התעשיה של קריית אריה, שבשבת אין בו פעילות, ומשרת ממערב את העיר בני ברק - שהתחנות בה יהיו סגורות. "כנגזר מכך", נכתב בדוח, "אין הצדק, וגם לא יהיה זה רגיש, למתן שירות לזרוע הצפונית של הקו האדום".
כזכור, בקשתה של מיכאלי הועברה ליו"ר חברת נת"ע, עו"ד
מיה ליקוורניק, במסגרתה נתבקשה החברה לבצע ניתוח השלכות תפעוליות ותקציביות על-מנת לאפשר את הפעלת הקו האדום של הרכבת הקלה בשבתות באופן קבוע. מיכאלי פחות השתכנעה מן ההשלכות התפעוליות, ואמרה כי "
משרד התחבורה נכנס להליכי תכנון מואצים לקידום התחבורה הציבורית בשבת. זה מהלך שיקדם שוויון הזדמנויות ויוציא את מדינת ישראל מהפקק".