במשרד ראש הממשלה יושב אגף המפקח הכללי לענייני ביקורת המדינה. תפקידו הוא להשלים את עבודתו של משרד מבקר המדינה. ייעודו העיקרי של האגף הוא לשפר את תפקודו, יעילותו ואיכותו של השירות הציבורי בעקבות תיקון ליקויים שהועלו על-ידי מבקר המדינה. אגף זה אמור לוודא את יישום המלצות הביקורת והחלטותיהן של ועדת השרים לביקורת המדינה וכן את ועדת הכנסת לענייני ביקורת המדינה (שבכנסות האחרונות לא פעלה). אגף מפכ"ל הביקורת נוהג לפרסם דוחות מעקב אחרי תיקון הליקויים שעליהם הצביע המבקר ולציין בין היתר מה בוצע, מה בוצע חלקית ומה כלל לא בוצע. בדיקת News1 מגלה כי הדוח האחרון שאותו פרסם האגף היה דוח לשנת 2019. דוח זה פורסם ב-23.6.20, מעט אחרי בהתחילה תקופת הקורונה, אך מאז ועד היום לא פורסמו דוחות מעקב. כל משרדי הממשלה והגופים המבוקרים האחרים אמורים לדווח לאגף על תיקון הליקויים שהועלו על-ידי ביקורת המדינה, ועל ביצוע החלטות הממשלה והכנסת בנושאי ביקורת המדינה.