בתום הליך עומק שנמשך כ-7 שנים מצד ועדות התכנון, מועצה אזורית חורף כרמל וחברי מעגן מיכאל, אישרה הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה אישרה תוכנית מתאר חדשה למעגן מיכאל לשנת 2040. התוכנית נותנת פתרון לתוספת מגורים ושטחי תעסוקה, מתייחסת לסוגיית הצפיפות ומספר היחידות לדונם ומדייקת יעודים נוספים, כגון מבני משק ותיירות. בהליך הייתה מעורבות גדולה של המועצה האזורית חוף הכרמל והעומד בראשה, אסיף איזק, וכן שיתוף פעולה של יועצים רבים מתחומים שונים ומשרדי ממשלה. התוכנית נחשבת כפורצת דרך במרחב הכפרי ובהתחדשות הכפרית, לאור היקפה והפתרונות היצירתיים והיחודיים שהציע הקיבוץ. היא התקבלה אחרי שנים רבות בהן נאלץ הקיבוץ למצוא פתרונות מגורים מורכבים בנסיבות הגאוגרפיות הקשוחות בהן הוא שוכן: כלוא בין ים, כביש 2 ושמורת טבע נחל תנינים. הקושי להתרחב פגע באיכות חייהן של משפחות צעירות, מאחר שהקיבוץ מיצה את מספר יחידות הדיור שלו. כך קרה, שבשנים האחרונות נבנו שכונות חדשות בקיבוץ בציפוף של 5 יח"ד לדונם, אף שהתקן איפשר צפיפות נמוכה יותר. בנוסף, ניתן לראות כבר היום מבנים של שלוש קומות בקיבוץ. ההתנהלות הזאת מתכתבת עם הגידול הגבוה בהתיישבות העובדת ומהמעבר מהעיר אל הכפר והקיבוץ בגלל הקורונה, בגלל החינוך ובגלל נסיבות נוספות. בצד הרצון של מעגן מיכאל לשמור על מאפייני החיים המוכרים בקיבוץ שיתופי מסורתי, בקיבוץ הבינו את הצורך להתחשב גם בצרכים הלאומיים. במעגן מיכאל רואים בגדילה של אוכלוסיית המדינה לא רק עניינן של הערים הגדולות, אך בצד זאת גם את הצורך לשמר ערכי טבע, נוף וצפרות. בנסיבות אלה מעגן מיכאל נתן שטחים לישובים שכנים ולתשתיות לאומיות בהיקף של 1,000 דונם, ואף פעל להנגיש את חוף הים לפתחו עבור כלל ציבור הרוחצים המבקש להגיע אליו. כאמור, תוכנית הוועדה המחוזית להפקיד תוכנית מיתאר חדשה לקיבוץ תולדה של תהליך מכונן, מעמיק ורציני שעשו מוסדות התכנון והמועצה האזורית חוף הכרמל בראשותו של אסיף איזק ביחד עם חברי הקיבוץ. ההתפתחות של מעגן מיכאל היא חלק מהתפתחות אזורית כוללת. במסגרת זאת הקיבוץ ימשיך לקחת בחשבון בתוכניותיו את מכלול הצרכים הלאומיים לצד ייצור פתרונות ומענים גם לצפרות, גם שמורות טבע חדשות וגם הריבוי הטבעי וההגירה החיובית לקיבוץ. בקיבוץ מעגן מיכאל אומרים: "אנו גאים במוכנות של חברי הקיבוץ למצוא פתרונות יצירתיים ולא מוכרים בהווי הקיבוצי דוגמת פינוי בינוי, תוך שמירה על מאפייני הצביון הקהילתי והחברתי המושתתים על ערכי הקיבוץ. החלטת הוועדה תאפשר קליטת חברים חדשים וכמובן תיתן פתרונות למשפחות צעירות שגרות כאמור בקיבוץ - חלקן בצפיפות קשה. בנוסף אנו תקווה שנוכל להחזיר תוכניות לאומיות בהן הקיבוץ היה מעורב במשך שנים רבות ונסגרו, דוגמת תוכנית תל"מ - אימוץ צעירים במצבי סיכון. "אנו עדיין לומדים את החלטת הוועדה, ואת השלכותיה באשר למוסדות חינוך, חברה וקהילה אשר רלוונטיות אליה ומצריכות את ההתאמות הנדרשות. חברי הקיבוץ ממשיכים לגבש ולהציע פתרונות פורצי דרך למציאות הדיור בקיבוץ, עם האיזונים הדרושים והמתבקשים".