משרד רה"מ התקשר עם המתאמים בלי שתכנן את הנדרש מהם ואת התפוקות המצופות מעבודתם, לרבות תכנון גמיש בהתחשב בגורמים העשויים להשפיע על פעולותיהם. בידי משרד רה"מ לא היה מידע מלא המאפשר לבחון באיזו מידה השיגה ההתקשרות את יעדיה. בתנאים אלה אישרה ועדת היועצים של משרד רה"מ ארבע פעמים את הארכת ההתקשרות עם המתאמים. גם כאשר עלה הצורך לקבוע תוכנית עבודה ומדדים, החליטה הוועדה באוקטובר 2020, כי מאפייני ההתקשרות אינם מאפשרים זאת; ההחלטה התקבלה ללא בחינה של האפשרות לקבוע תוכנית ומדדים. לעומת זאת, בשנת 2022, בימי ממשלת בנט-לפיד, גובשה תוכנית עבודה.
ועדת שמגר הצביעה על הצורך בעיגון רשמי של מתכונת הקשר של המתאם עם משפחות השבויים והנעדרים. משרד רה"מ פעל במשך השנים בלי שקבע את המתכונת לניהול הקשר עם המשפחות, והסתפק בקביעה לפיה המתאם יוזמן לכל מפגש של ראשי גופי הביטחון עם המשפחות. משפחתו של
הדר גולדין התלוננה בפני משרד המבקר, כי הפגישות עם המתאמים היו "ריקות מתוכן" וטענה שהללו לא הציגו מידע משמעותי הנוגע לפעולות להשבת גופתו של החייל.
ועדת שמגר ציינה, כי זיכרון ארגוני אמור להיות אבן יסוד מקצועית בעבודת צוותים הפועלים בנושא השבויים והנעדרים, ואולם בפועל הזיכרון הארגוני בנושא הוא מוגבל. הוועדה עמדה על הצורך בקיומו של מנגנון סדור לצבירת ידע, אשר יאפשר לימוד שוטף של לקחי העבר והסקת מסקנות לעתיד. לדברי הוועדה, ידע שנצבר בעת שגרה עשוי לשמש את הגורמים העוסקים בנושא בעת אירוע הנוגע לשבויים ולנעדרים. בפועל, מדגיש אנגלמן, קיים פער ניכר בין עמדת ועדת שמגר לבין המצב בפועל. המידע הרב המצוי במשרד רה"מ, לרבות בידי המתאם, לא גובש לכדי ידע סדור שנצבר עם השנים. הוא מציין, כי גיבוש הידע חשוב במיוחד כאשר המתאם הוא עובד חיצוני שההתקשרות עימו מוגבלת בזמן.
בשלוש מחמש תקופות ההתקשרות עם המתאמים החלה תקופת ההתקשרות לפני שהתקבלו כל האישורים הנדרשים של ועדות היועצים והפטור, ובארבע פעמים היא החלה לפני החתימה על ההסכם עם המתאם. מספר שעות העבודה השנתי של המתאם בארבע תקופות ההתקשרות הראשונות היה 2,200-1,900. בין דצמבר 2017 למאי 2022 שילם משרד רה"מ 2.74 מיליון שקל, דהיינו בממוצע 50,000 שקל לחודש, בדומה לשכרו של מנכ"ל משרד ממשלתי. היקף עבודתם של המתאמים כמעט זהה לזה של עובדי מדינה במשרה מלאה, למרות שהנחיות נציבות שירות המדינה קובעות שאין להתקשר בהיקף שכזה עם יועץ חיצוני.
אנגלמן מסיים: "מומלץ שמשרד רה"מ יפעל לקביעת מתכונת הטיפול בנושא השבויים והנעדרים; יקבע את תחומי אחריותו ואת סמכויותיו של מתאם השבויים והנעדרים; וכן יקבע תוכנית עבודה למתאם, הכוללת משימות, מדדים ולוח זמנים לביצוע המשימות, ויעקוב אחר יישומה. עוד מומלץ שמשרד רה"מ יפעל לקביעת מתכונת הקשר של מתאם השבויים והנעדרים עם משפחות השבויים והנעדרים, ובכלל זה את התדירות המינימלית של הפגישות עימן, וכן יקבע מי מוסמך להחליט איזה מידע יוצג למשפחות".
