המשטרה הפעילה לכאורה את הטלפון הנייד של עליזה בר-יוסף כמכשיר ריגול מרחוק לאחר ששתלה בו את תוכנת הרוגלה פגסוס - טוענת ההגנה בתיק הצוללות. זאת, בנפרד מן השימוש ברוגלה לשם האזנה לתקשורת בין מחשבים. ההגנה מבקשת (6.2.23) מבית המשפט המחוזי בתל אביב להורות למדינה לחשוף את כל הבקשות, הפרוטוקולים וההחלטות ששימשו אותה לבצע "חדירה מקרופונית סמויה" בפרשת הצוללות. עליזה בר-יוסף היא רעייתו של אבריאל בר-יוסף, מי שהיה המשנה לראש המטה לביטחון לאומי ולשעבר ראש מספן ים בחיל-הים, ואחד הנאשמים העיקריים בפרשה. הבקשה הוגשה בידי סניגוריהם של מיקי גנור, מי שהיה נציג טיסנקרופ בארץ והנאשם העיקרי בתיק, ודוד שרן, לשעבר ראש הסגל בלשכתו של בנימין נתניהו. היא באה לאחר שהשופטת טלי חיימוביץ דחתה את רוב בקשות ההגנה בנוגע לשימוש בפגסוס בתיק וקבעה, כי התרשמה שלא היה שימוש בלתי חוקי בה בתיק הצוללות. כעת אומרת ההגנה, כי הבקשות הקודמות והחלטתה של חיימוביץ נגעו לשימוש בפגסוס להאזנה לתקשורת בין מחשבים ולא לשימוש בה כמיקרופון סמוי. ביוני 2017 ביקשה וקיבלה המשטרה צו האזנת סתר לעליזה בר-יוסף וציינה, כי דרך ההאזנה המבוקשת היא "מיקרופונית סמויה". ההגנה מציינת, כי בר-יוסף לא הייתה חשודה בדבר, בבקשה צוין במפורש שייתכן שהיא תוזמן לעדות פתוחה (דהיינו שלא כחשודה) והנימוק לבקשה היה האפשרות שבעלה השתמש בתיבות דוא"ל שלה, בידיעתה או שלא בידיעתה. פעולה דומה נעשתה מול שרן, נאמר בבקשה; הצו ניתן בביתו של נשיא בית המשפט המחוזי מרכז דאז, אברהם טל, וזאת בניגוד להנחיות נשיאת בית המשפט העליון, נטען. לדברי ההגנה, מתברר שהמשטרה "מפעילה רוגלות התקפיות אשר מאפשרות לה בין היתר לבצע חדירה מיקרופונית סמויה ולהפוך את הטלפון של המותקף למכשיר ריגול שאותו הוא נושא לכל מקום, על כל המשמעויות הנלוות לכך". פעולה זו אינה נחשבת להאזנה לתקשורת בין מחשבים, המידע בנוגע אליה טרם התבקש והמדינה מסרבת לגלותם להגנה, ומכאן הבקשה למסור אותם כעת. הבקשה הוגשה באמצעות עוה"ד עמית ניר, רווית צמח, ז'ק חן, אורנה פינטו-גפסון וינון סרטל.