ברקע הצעות חוק חדשות המבקשות לצרף נציגים ממשרדים שונים למוסדות התכנון, מבקש המשרד להגנת הסביבה להגדיל את מספר הנציגים שלו לצורך מה שהוא מכנה "איזון ייצוג". הצעות החוק כוללות הוספת נציג ממשרד הנגב והגליל, משרד החקלאות ומשרד המשימות הלאומיות וההתיישבות למוסדות התכנון.
בעוד שבמשרד להגנת הסביבה מברכים על חזרתם של נציגי משרד החקלאות למוסדות התכנון, שהוצאו באופן אוטומטי עם הוספת נציגי משרד נגב, גליל וחוסן לאומי, הם טוענים לחוסר איזון בהרכב מוסדות התכנון בין גורמים ממשלתיים ללא-ממשלתיים, וכן בין גורמים מוטי פיתוח לבין גורמים שאינם. הדבר עלול לדבריהם להחליש את הייצוג הסביבתי במוסדות התכנון.
כמו-כן, המשרד מודאג מתיקוני חקיקה המבקשים להפריט את הייעוץ הסביבתי במוסדות התכנון. מסחינתו, המשמעות היא ביטול תפקידו של המשרד להגנת הסביבה כיועץ הסביבתי של מוסדות התכנון ומינוי יועצים סביבתיים פרטיים שאינם עובדי מדינה.
כדי לשמור על האיזון הקיים, המשרד מציע חברים נוספים למוסדות התכנון המייצגים גופים לא ממשלתיים ולא מוטי פיתוח. המשרד מציע כי נציג משרד המשימות הלאומיות וההתיישבות יוכל לשמש כתחליף לנציג אחר במוסדות התכנון. כמו-כן, המשרד מבקש לצרף נציג נוסף שאינו גוף ממשלתי, נציג קרן קימת לישראל או נציג מארגונים חברתיים.
המשרד להגנת הסביבה מציע לצרף להרכב הוות"ל נציג מרשות הטבע והגנים כדי לשמור על איזון בין גורמים ממשלתיים לחוץ-ממשלתיים ובין גופים מוטי פיתוח לגופים מוטי שימור.
במשרד מודאגים גם מהוועדה לשימור קרקעות חקלאיות ושטחים פתוחים, שמציעה להוסיף שני חברים המייצגים את שר הנגב והגליל. במשרד סבורים כי הצעת חוק זו פוגעת באיזונים בשמירה על השטחים הפתוחים, בתדמית הארץ ובהמשכיות השטחים הפתוחים. הם מבקשים לצרף שני נציגים: האחד מהמשרד להגנת הסביבה או ארגון הגג של גופי איכות הסביבה והשני מרשות הטבע והגנים.
השרה להגנת הסביבה,
עידית סילמן, הדגישה את החשיבות בשמירה על הרכב מוסדות התכנון לייצוג הולם את האינטרס הציבורי-סביבתי. על כל תוספת של נציג ממשלה ממשרדים מוטי פיתוח, יש צורך באיזון עם נציג ציבור שאינו מוטה פיתוח, מגופים ממשלתיים ומכאלה שאינם ממשלתיים.