המכון הביולוגי טען שביכולתו לפתח חיסונים וטיפולים נגד הקורונה, למרות שיכולותיו ואמצעיו לא התאמו למשימה. הפרויקט היה רצוף כשלים מדעיים וניהוליים, ובסופו של דבר נסגר בכישלון מוחלט לאחר שהושקעו בו 230 מיליון שקל. כך חושף (14.3.23) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן. ב-2.2.20 קיים ראש הממשלה, בנימין נתניהו, דיון ראשון במשבר הקורונה בפורם רחב. באותו יום, לאחר שהתייעץ עם בעלי תפקידים במכון, כתב מנהלו דאז, פרופ' שמואל שפירא, לנתניהו שביכולתו של המכון לפתח ולייצר חיסון ונוגדנים טיפוליים נגד הנגיף. לאור זאת הנחה נתניהו את המכון "לקדם תהליכי מו"פ מיידיים ומהירים על-מנת לפתח חיסון וטיפול בנוגדנים לונגיף הקורונה, מתוך הבנה שעלינו לדאוג לעצמנו ולהוביל תהליך מסוג זה בעולם". בעקבות הנחייתו של נתניהו, החל המכון בתהליכי פיתוח חיסון ונוגדנים נגד הנגיף, שכללו בין היתר הכשרת קו ייצור לחיסון, ניסויים פרה-קליניים בבעלי חיים וניסויים קליניים בבני אדם. ביולי 2022 נסגר הפרויקט, בלי שפיתוחם וייצורם של החיסונים והנוגדנים הושלם ובלי שהם אושרו לשימוש בבני אדם - או במילים אחרות: בכישלון מוחלט. אנגלמן מציין, כי בדצמבר 2020 הוערכה עלות השלמת הפיתוח ב-1.4 מיליארד שקל. הביקורת העלתה, כי מכתבו של שפירא לא כלל התייחסות למרכיבי יסוד מרכזיים הנדרשים בהליך פיתוח וייצור של חיסונים - ביצוע ניסויים קליניים והכשרת קו הייצור - ולפיכך לוח הזמנים שהוצג בו עד לתחילת ייצור חיסונים לא הביא לידי ביטוי תהליכים חיוניים אלו. נוסף על כך, לא נכללה בו התייחסות (ולו כללית) להיבטי תקציב. הצעתו של שפירא לא עלתה בקנה אחד עם היכולות המוגבלות של המכון בתחום הייצור כפי שהיו לפני פרוץ הקורונה. בנסיבות שבהן זומן שפירא לדיון בראשות נתניהו, המכתב וההצעה שנכללה בו גובשו ללא מעורבות מטה עוזר שר הביטחון, הממונה על המכון, ובלי שהתקיימו עבודת מטה ותהליך בקרה. המל"ל, האחראי לעבודת המטה הבין-ארגונית, אפשר להעלות לדיון את נושא החיסון ולהציג את ההצעה לנתניהו, אף שהיה מודע לכך שמטה עוזר השר לא ידע מראש על המכתב ולפיכך לא היה יכול לקיים בקרה בנושא. מראשית פברואר 2020 ועם התקדמות הפרויקט חלו עידכונים ותוספות ללוח הזמנים ולתקציב הצפוי שלו: לוח הזמנים הצפוי התארך מ-11 חודשים ל-36 חודשים, והתוספות התקציביות הוצגו בחלקים ולא כתמונת מצב מלאה (עלייה מ-63 מיליון שקל ל-1.4 מיליארד שקל). כך נמנע שיקוף מלא של לוח הזמנים הצפוי וההשקעה הנדרשת לפרויקט. הפרויקט התקיים בלי שנכתבו לגביו מסמכי היסוד הנדרשים, ובהם מסמך המרכז את הצורך בתכשיר הרפואי ואפיונו, וללא ניתוח האפשרויות באמצעים הקיימים בעולם והאומדנים לגבי עלויות הפיתוח, הרכש וההצטיידות. הפרויקט התנהל בלי שליוותה אותו ועדת פיתוח. צוות ליווי ותמיכה לפרויקט שאותו הנחה להקים עוזר שר הביטחון התכנס פעם אחת בלבד ב-22.6.20, לא זכה לשיתוף פעולה מהמכון ולא התכנס שוב. הפרויקט התנהל בלא מיפוי הסיכונים לגביו ובלי שנקבעו בו התנאים לאישור אבני הדרך כתנאי להתקדמות בשלביו.