ב-26 במרס 2020 הפסיקה רכבת ישראל את כלל תנועת רכבות הנוסעים כתוצאה מהתפרצות מגיפת הקורונה. כשלושה חודשים אחר כך, ב-21 ביוני 2020, תנועת רכבות הנוסעים בשעות היום אך לא בסופי-שבוע. במהלך חודש ספטמבר, ברקע העלייה בתחלואה בארץ, הוחלט על חידוש הגבלות התנועה ועל נקיטת צעדים לצמצום הפעילות העסקית במשק, ועל כן הוחלט גם על צמצום משמעותי מחדש בהיקף פעילות התחבורה. רק ב-11 באוקטובר 2020 שבה פעילות התחבורה הציבורית לפעילות כמעט מלאה, תוך הגבלות על מספר הנוסעים המותר. רק כעבור חודשים ארוכים חזרה הרכבת לפעילות סדירה, לאחר שב-23 באפריל 2022 הוסרה גם חובת עטיית המסכות. מחקר שערכה יחידת המחקר ברשות הארצית לתחבורה ציבורית מצא, כי מספר הנסיעות המבוצעות ברכבת אומנם חזר לרמה של לפני הקורונה, אך החזרה לנסיעה ברכבות הייתה איטית יותר אף מהחזרה לנסיעה באוטובוסים.