צה"ל הודיע (יום ו', 7.7.23) כי מפקד פיקוד הדרום, אלוף
אליעזר טולדנו, נקט צעדים פיקודיים בעקבות שלושה אירועים במבצע "שומר חומות", בהם הותקפו מטרות תוך חריגה מהכללים. זאת אחרי שהאירועים נבדקו ונחקרו במסגרת תהליך בדיקה ותחקור שעסק בטענות ובדיווחים ביחס לאירועים חריגים במהלך המבצע. במסגרת התחקור לא נמצא קשר בין החריגה מן הכללים לבין מותם של פלשתינים בלתי מעורבים.
במקרה אחד, קצין בדרגת אלוף-משנה ננזף פיקודית על אישור שנתן לתקיפת מטרות בירי פגזים, תוך חריגה מטווחי הבטיחות. בנוסף, ייערך בעניינו של קצין נוסף בדרגת אלוף-משנה במילואים, הליך פיקודי ביחס לאותו מקרה, זאת בגין כך שלא התריע על החריגה מטווחי הבטיחות בפני מפקדיו.
במקרה אחר, הועמד לדין משמעתי קצין בדרגת אלוף-משנה, בעבירה של התרשלות בגין הפללת מטרה בחריגה מהכללים. הקצין, שבמהלך האירוע היה בדרגת סא"ל, נידון להתראה. בעניינו של קצין במילואים בדרגת רב-סרן נערך הליך של נזיפה פיקודית, בשל חוסר שליטה מספקת בתא התקיפה, כפי שהתגלה במסגרת התחקיר.
במקרה השלישי ננזפה קצינה בדרגת סגן, בשל שגיאה מקצועית בהליך ההפללה. מפקד פיקוד הדרום קבע עוד, כי סמכותה של הקצינה להפליל מטרות תישלל עד למעבר הסמכה מחודשת.
הממצאים מהתחקיר הועברו לבחינת הפרקליטות הצבאית, במטרה לבחון האם הפעילות עמדה בכללים המחייבים. לאחר בחינת הממצאים, סברה הפרקליטה הצבאית הראשית כי החשד המתעורר בכל אחד מהם אינו חוצה את הרף הפלילי, וניתן להסתפק בצעדים פיקודיים שינקוט טולדנו.
מצה"ל נמסר כי "צה"ל עושה ככל שביכולתו על-מנת למנוע פגיעה באזרחים בלתי מעורבים בעת תקיפת מטרות צבאיות. צה"ל בודק את פעולותיו ותוצאותיהן באופן יסודי".