חקירת פרשת הצוללות נועדה להפליל את ראש הממשלה, בנימין נתניהו, ולמרות זאת התנהלה בלא אישורו של היועץ המשפטי לממשלה. לצורך השגת מטרה זו, הופעלו לחצים פסולים על מיקי גנור והחוקרים גרמו לו לחתום על הסכם עד מדינה המבוסס על מצגים כוזבים. כך טוענים (4.8.23) סניגוריו של גנור, עוה"ד עמית ניר ורווית צמח, בטיעוניהם במשפט הזוטא בפרשה. גנור היה הנציג בישראל של קונצרן טיסנקרופ הגרמני, יצרן הצוללות וספינות נוספות שרכש חיל-הים. לטענת המדינה, גנור שיחד בכירים בצה"ל ובדרג האזרחי כדי להבטיח את זכייתו של הקונצרן במכרזי חיל-הים. גנור חתם על הסכם עד מדינה, אך חזר בו. כיוון שכך, ביקשה התביעה להגיש את הודאותיו במשטרה לבית המשפט המחוזי בתל אביב. ההגנה כופרת בקבילות ההודאות ולפיכך מקיימת השופטת טלי חיימוביץ משפט זוטא בנושא זה. לטענת ההגנה, "חקירת תיק 3000, ובכלל זה הפיתויים, הלחצים, האיומים, המצגים הכוזבים לקראת כריתת הסכם עם המדינה וכן חתימתו בפועל לאחר מכן, נוהלה דה-פקטו כדי להפליל ראש ממשלה ללא אישור היועץ המשפטי לממשלה". לדבריה, להב 433 ניהלה את החקירה בפרשה - שמספרה הוא חלק מסדרת "תיקי האלפים" נגד נתניהו - בין נובמבר 2016 לבין מעצרו של גנור ביולי 2017 בלא לקבל את אישורו של היועץ דאז, אביחי מנדלבליט, כפי שקובע חוק יסוד הממשלה. ההגנה מייחסת הפרה זו בין היתר לניצב מוטי לוי, כיום מפקד להב ואז ראש היחידה למאבק בפשיעה הכלכלית (יאל"כ); לתת-ניצב יואב תלם, כיום סגן ראש אגף החקירות והמודיעין, ואז ראש זרוע חקירות ביאל"כ; ולפרקליטים המלווים מטעם פרקליטות מיסוי וכלכלה. לטענתה, החוקרים דרשו מגנור "לסבך ולהפליל את נתניהו, בין במישרין ובין בעקיפין באמצעות סביבתו הקרובה", כגון בן-דודו ופרקליטו דוד שמרון (שהתיק נגדו נסגר) וראש לשכתו דאז דוד שרן (העומד לדין בפרשה), בקשר לרכש הצוללות וכלי השיט וכן בנוגע להסכמתה של ישראל למכירת צוללות למצרים בידי טיסנקרופ. לדברי ההגנה, החוקרים הציגו לגנור את הפללתו של נתניהו דרך שמרון כ"דמי כניסה" ו"קלף מיקוח" להסדר עד מדינה, אשר יחלץ אותו ואת בני משפחתו מעבירות מס בהיקף עתק. לקראת חתימת ההסכם ביולי 2017, אכן מסר גנור לדרישת החוקרים את הפרטים, כולל "ראיית זהב", שנועדו לבניית הנרטיב המסבך את נתניהו בפרשה. בלא פרטים אלו לא היה נחתם הסכם עד המדינה, שהיה טעון גם הוא את אישורו של מנדלבליט. כיוון שכך, טוענת ההגנה, ההסכם הוא בלתי חוקי וכך גם ההודאות שנמסרו בעקבותיו, ולכן אין לקבל אותן כראיה. עוד טוענת ההגנה, כי חוקרי המשטרה ורשות המיסים מסרו לגנור פרטים כוזבים בנוגע לעבירות המס שניתן לייחס לו, ולכן ההסכם הושג במרמה. מדובר בהסכם בלתי חוקי המנוגד לתקנת הציבור, שכן הוא מבוסס על היצג כוזב מובהק, ולכן הוא בטל וממילא בטלות גם ההודאות שבאו אחריו - טוענים ניר וצמח. הפרקליטות לא צירפה להסכם את טיוטת כתב האישום נגד גנור והעלימה אותה ממנו במשך שנתיים, שכן ידעה שחשיפתה תלמד את גנור שאין בסיס לחשדות שהטיחו בו החוקרים. כל אלו - ממשיכים ניר וצמח - מתווספים לאמצעים הפסולים שהופעלו נגד גנור בחקירתו: "דברי פיתוי, הבטחות, מניעת שינה, חקירות בשעות הלילה הקטנות ואיומים מפורשים ומשתמעים על שיארע לילדיו ולבני משפחתו האחרים... תוך ניצול לא חוקי של תנאי המעצר ושל מצבו הפיזי, הרפואי והנפשי" של גנור, שאף אמר ללוי שהוא מבקש לסיים את חייו. כל הנסיבות הובילו את גנור "למסור לחוקריו עדות כוזבת המכילה סיפורי בדים קלוטים מן האוויר שלא היו להם שורש ולא אחיזה במציאות, לטפול שקר על עצמו ועל אחרים", מסיימת ההגנה.