חוקרי פרשת הצוללות חקרו את נתן מיליקובסקי המנוח על בן-דודו, ראש הממשלה
בנימין נתניהו, וזאת למרות שככל הידוע - היועץ המשפטי דאז,
אביחי מנדלבליט, מעולם לא נתן אישור לעסוק בעניינו של נתניהו בהקשר זה. כך עולה מהתמליל והתמצות של חקירתו של מיליקובסקי, אשר הגיעו לידי News1.
מיליקובסקי עסק בייצור פלדה באמצעות חברה שרכש אביו לפני עשרות שנים ב-6 מיליון דולר. לפני כשני עשורים היו לנתניהו מניות מועטות בה - אותן מכר בחזרה למיליקובסקי ברווח של מיליוני דולרים. בשנת 2010 מכר מיליקובסקי את החברה ב-350 מיליון דולר לחברת גרף-טף, יצרנית האלקטרודות הגדולה בעולם (בהן פלדה היא חומר גלם מרכזי), והתמנה לדירקטור בה. קונצרן טיסנקרופ - יצרן הצוללות וכלי שיט נוספים שרכש חיל-הים - רכש ב-2015 את גרף-טק.
מיליקובסקי העניק בזמנו לנתניהו 300,000 דולר למימון הגנתו המשפטית, אך בג"ץ הורה לו אשתקד להחזיר את הכסף לאחר שמצא, שהכסף ניתן בזיקה לתפקידו כראש הממשלה ולא בשל קרבת המשפחה. מיליקובסקי הלך לעולמו לפני שנתיים ונתניהו הודיע שהחזיר את הכסף לעזבונו.
מיליקובסקי נחקר (כעד ולא כחשוד) בתיק 3000 באפריל 2017 בידי שלושה מחוקרי להב 433 בראשותו של יואב תלם, אז ראש זרוע החשיפה ביחידה למאבק בפשיעה הכלכלית (יאל"כ) וכיום תת-ניצב וסגן ראש אגף החקירות והמודיעין. ככל שניתן ללמוד מן התמליל, החקירה (באנגלית) התנהלה באווירה נעימה והחוקרים אפשרו למיליקובסקי להאריך בדברים על זכרונות ואירועים שלא היו קשורים לחקירה.
עם זאת, מן התמליל והתמצית ברור, כי המטרה העיקרית של החוקרים הייתה לבדוק קשר אפשרי בין נתניהו לבין עסקיו של מיליקובסקי עם טיסנקרופ ובין נתניהו לבין עסקת הצוללות. הם בדקו האם קיים קשר ישיר, או קשר עקיף דרך בן-דודו ופרקליטו
דוד שמרון, שהיה קשור גם לעסקיו של
מיקי גנור - נציג טיסנקרופ בארץ, עד מדינה שחזר וכעת הנאשם העיקרי בתיק.
מאחר שנתניהו היה ראש הממשלה גם בעת חקירה זו, נדרש - על-פי חוק יסוד הממשלה - אישורו של היועץ המשפטי דאז, אביחי מנדלבליט, לחקירה בעניינו. אישור שכזה לא הוצג, ומנדלבליט ופרקליט המדינה דאז,
שי ניצן, אף הבהירו שנתניהו לא היה חשוד בתיק. זאת, למרות שמספרו מלמד שהוא היה ב"סדרת האלפים" בהם נתניהו הוא כעת הנאשם המרכזי.