ועדת החמישה ב-2008 קבע בית המשפט העליון הסדר ביניים לניהול אתר קבר הרשב"י בידי ועדה ובה חמישה חברים: ארבעה נציגים של ההקדשות השונים ונציג מדינה, שישמש יו"ר הוועדה. נקבע, כי הוועדה תהיה מוסמכת להחליט בכל עניין הנוגע לניהולו של האתר, לרבות בנייה ושיפוץ, קופות צדקה, ניהול כספי התרומות והשימוש בהם. ועדת החקירה מצאה, כי על-אף פעולות שנקטה, ועדת החמישה לא מילאה את ייעודה בניהול אתר קבר הרשב"י ופעולותיה במקום היו רחוקות מלהיות מספקות.
הוועדה מציינת כי ועדת החמישה היא תולדה של פשרה, וככזו היא בעלת מאפיינים אשר מקשים עליה למלא את ייעודה. היא אינה הבעלים בקרקע אלא גוף שנועד לניהול האתר, היא אינה יכולה לנהוג בקרקע כפי שהיו נוהגים בו בעלים, ובמקום זאת היא מוגבלת לסמכויות הניהול שניתנו לה. למעט היו"ר, חברי הוועדה מייצגים את ההקדשות הטוענים לבעלות בקרקע. לכן את כל אחד מהם מנחה מערכת שיקולים, תפיסות ואינטרסים אחרת. השילוב בין ניגוד האינטרסים המובנה בין נציגי ההקדשות השונים להרכב האנושי המסוים של ועדת החמישה, הקשה מאוד להגיע להסכמות לטובת האתר והמבקרים.
הקמת ועדת החמישה לא לוותה בהסדרת מעמדה המשפטי. לכן מדובר בפועל בחמישה גורמים נפרדים הנדרשים לנהל יחד, בלי שהם מאוגדים באישיות משפטית כלשהי. בשל מצב משפטי זה לא קיבלה ועדת החמישה תקציב מהמדינה, והיא נדרשה לשיתוף פעולה עם
המרכז לפיתוח המקומות הקדושים, אך בפועל נותרה חסרת סמכות ניהולית-תקציבית. נוסף על כך, לא היו בידי הוועדה מנגנונים יעילים להכרעה במחלוקות - ואלה היו רבות. מצב דברים זה הוביל לכך שלחברי ועדת החמישה ניתן כוח לסכל בפועל החלטות לנקוט פעולות מסוימות, לעיתים פעולות הכרחיות לטובת ניהול האתר, בלא שהיו לוועדה כלים יעילים להתמודד עם מצב זה. בסיכומם של דברים קובעת הוועדה, כי ההסדר הזמני לא צלח וממליצה שוועדת החמישה תחדל לפעול.
המרכז הארצי לפיתוח המקומות הקדושים המרכז הארצי לפיתוח המקומות הקדושים לא פעל כמצופה ממנו למימוש אחריותו לאחזקת אתר קבר הרשב"י ולפיתוחו. אומנם לאורך השנים טיפל המרכז בענייני תשתית ופיתוח מסוימים, אך מה שבוצע הוא בבחינת "טיפה בים" ביחס לפעולות שנדרשו בתחום זה. המרכז לא פעל לפיתוח מספק של האתר כפי שהיה מוטל עליו, לרבות טיפול בפינוי מפגעי בטיחות שהלכו והתרבו במקום, פיתוח יציאות מילוט ופתחי כניסה ויציאה מהמתחם והרחבתם, והסרת מדרגות וטריבונות לא תקינות.
המרכז לא פעל בשיתוף פעולה עם גופי אכיפה רלוונטיים למגר את הבנייה הבלתי-חוקית והמסוכנת שרוותה במקום. יתרה מזו: המרכז עצמו השתתף בבנייה בלתי חוקית, ובכלל זה מעבר גשר דב שבו התרחש האסון, ובכך תרם להתרחבות התופעה בפועל. בנוסף, המרכז לא מינה ממונה ביטחון כנדרש ממנו בחוק, זאת למרות שבשנת 2016 הוא נוסף לרשימת הגופים החייבים במינוי ממונה ביטחון.
הוועדה מצאה, כי גם ביחס להילולת ל"ג בעומר לא ביצע המרכז את תפקידו כראוי, והיא דוחה את ניסיון המרכז להקטין את אחריותו להילולת ל"ג בעומר או ליתרה. המרכז פעל בקשר לניהול הילולת ל"ג בעומר ונסיונו להתנער מאחריות להילולה, תוך היצמדות דווקנית לביטוי "גוף מתאם" המופיע בהחלטת הממשלה ומתן פרשנות מצמצמת לו, מבטא תפיסה שאין לקבל
בנוגע לגוף בעל אחריות ציבורית.
אף שהמרכז היה גורם פעיל ומרכזי בהיערכות להילולה, הוא לא מימש את אחריותו הכוללת לניהולה. המרכז דחה את דרישת המשטרה, אשר חזרה מדי שנה, למנות מנהל או מפיק לאירוע. על-אף שיתוף פעולה מצידו בביצוע דרישות המשטרה אשר הוצבו לו, חלק מדרישות המשטרה במשך השנים לשיפורי בטיחות באתר לקראת ההילולה לא מולאו, ובפרט הדרישה להרחבת מתחם תולדות אהרון, ובכלל זה הרחבת ושדרוג הכניסה והיציאה ממעבר גשר דב. דרישה נוספת שלא מולאה היא למינוי מהנדס בטיחות מלווה אשר יבצע בקרה כוללת על אישורי כל המתחמים באתר.
המרכז נערך להילולה תוך התעלמות מתוכנית הבטיחות שהזמין. הגבלת הקהל הקבועה בה הייתה כ"אות מתה" בהיערכותו. בעלי תפקידים במרכז היו מודעים לפער הדרמטי בין הגבלות הבטיחות למציאות בשטח ולכך שהאירוע נערך בצפיפות מסוכנת. למרות הפער הקיצוני בין ההגבלה על כמות הקהל בתוכנית הבטיחות לכמות האנשים שהגיעה להילולה שנה אחר שנה, אנשי המרכז לא עשו דבר בעניין. המרכז לא השכיל לממש את תפקידו בתור גורם מתכלל ולא התריע על הסכנות הגלומות בפער מהותי זה שנמשך שנים. הוא השלים עם הצפיפות החריגה והמסוכנת שהתקיימה בהילולה מדי שנה, אשר הובילה בסופו של דבר לאסון.
במהלך עבודת הוועדה נגלו לה ממצאים קשים בנוגע למרכז, שהוא עמותה ממשלתית, בהיבטים של ניהול תקין וממשל תאגידי. הרושם המתקבל הוא שהמרכז התנהל במשך שנים באופן בעייתי וללא עמידה בכללי מינהל תקין, בעוד ליקויים רבים נפלו בפעילותו ולכאורה לא טופלו כיאות. נוכח זאת, ממליצה הוועדה לממשלה לבחון את המשך קיומו של המרכז בתור עמותה ממשלתית.
המועצה האיזורית מרום הגליל הוועדה מצאה חוסר תפקוד של המועצה האזורית מרום הגליל ושל הוועדה המקומית לתכנון ובנייה באתר קבר הרשב"י. הוועדה המקומית הסירה ידיה מטיפול בבנייה הבלתי-חוקית הנרחבת באתר, והמועצה האזורית לא טיפלה בבנייה המסוכנת. בתחום רישוי עסקים הייתה פעילות המועצה האזורית רצופה ליקויים ושיקפה התנהלות שאינה אלא למראית עין. בבסיס כל הממצאים האלה עמדה התפיסה העקרונית של המועצה האזורית והעומד בראשה כי אתר קבר הרשב"י הוא "אקס טריטוריה" שהמועצה האזורית אינה פועלת בה. למועצה ולוועדה המקומית הייתה תרומה מכרעת להיעדר המשילות באתר קבר הרשב"י. הן הותירו את המקום בבחינת "איש הישר בעיניו יעשה".
הוועדה המקומית לא מימשה את סמכויותיה על-פי החוק לפעול נגד בנייה בלתי חוקית באתר. הוועדה מציינת, כי אינה מתעלמת מן הקשיים הרבים שניצבו בפני הוועדה המקומית לתכנון ובנייה כגון העדר כוח אדם, יכולות מקצועיות לא מספיקות וחוסר יכולת לעמוד בלחצים פוליטיים; כמו גם מהעדר תוכנית לבניין עיר מעודכנת לאתר, או מנסיונות שנעשו עד סוף 2016 לקבל סיוע לפעילות הוועדה המקומית בתחום. למרות זאת היא קובעת, כי הוועדה המקומית ויתרה למעשה על מימוש סמכויותיה, וכי מצב הבנייה הבלתי-חוקית באתר ערב האסון מדבר בעד עצמו, ומעיד יותר מכול על אי-מימוש אחריותם של הגופים המקומיים בתחום זה.
ממצאים חמורים נוספים בעניין תפקוד המועצה עניינם בליקויים בתחום רישוי העסקים המצוי בסמכותה. בשנים שקדמו לאסון, ניתנו לאירועי ההדלקה בהילולה רשיונות עסק שנחתמו בדיעבד, לאחר ההילולה. אומנם בשנת האסון לא נחתמו הרישיונות, אך גם בשנה זו - אפשרה המועצה לאירועים להתקיים ללא רישיון, לא התריעה ולא נקטה שום פעולה בעניין.
הליכי הרישוי שהתקיימו במועצה לקראת ההילולה היו הליכים למראית עין בלבד. המועצה פתחה תיקי רישוי בכל שנה, קיבלה עבור זאת אגרה, ועד שנת האסון גם חתמה על תיקי הרישוי. אלא שמאחורי ההליך הטכני במועצה לא עמדה מהות. הליך הרישוי התנהל למעשה כולו בין המשטרה למבקשי הרישוי, מבלי שלחתימת המועצה על הרישיון בסופו של התהליך הייתה משמעות מעשית.
הוועדה ממליצה, כי משרד הפנים יערוך בחינה מקיפה בנוגע לתפקוד המועצה יגביר את הפיקוח עליהן, ויעשה כל שנדרש כדי לוודא שהן יתפקדו תפקוד מלא ותקין בכל שטחן, במידת הצורך בסיוע גורמים מדינתיים. הוועדה ממליצה, כי סמכויות התכנון והבנייה במתחם יועברו לוועדה המחוזית לתכנון ובנייה במחוז הצפון ולרשות לאכיפה במקרקעין. עוד ממליצה הוועדה כי תיבחן האפשרות להוציא את כל הסמכויות הקשורות במתחם מירון, לרבות תחום רישוי עסקים, מידי המועצה האזורית. היא גם ממליצה שהיועצת המשפטית לממשלה, גלי מיארה, תבחן את האפשרות לפתוח בחקירה פלילית בנוגע להוצאת רשיונות העסק להילולה.
הרשות לאכיפה במקרקעין הוועדה קובעת, כי הרשות לאכיפה במקרקעין נמנעה מלהפעיל את סמכותה לאכיפת דיני התכנון והבנייה באתר קבר הרשב"י, במקביל לסמכות מערכת האכיפה המקומית. בהתחשב בנתונים שהיו ידועים לרשות מן הפניות אליה ומן הממצאים של
מבקר המדינה, ובהם היקף הבנייה הבלתי-חוקית באתר והסכנה שהיא יצרה להמוני המבקרים במקום, הרי שהרשות לא עמדה בחובתה הציבורית. בכך שלא פעלה בעניין, היא הותירה ללא מענה את הבנייה הבלתי-חוקית באתר ואת הסכנות שנוצרו ממנה.
ההנמקה שניתנה בעבר להחלטה זאת, שפעילות נגד הבנייה הבלתי-חוקית תצריך חקירות מורכבות וקשות של נושאי משרה ובעלי תפקידים המעורבים באתר, אינה יכולה לעמוד. אדרבה: היא מצביעה על הצורך בפעילות הרשות בעניין. הרי מורכבות הטיפול היא שהביאה להעדר אכיפה מצד הגורמים המקומיים ולצורך במעורבות גורם ארצי. לא העדר סמכויות מנע מהוועדה המקומית לפעול באתר, כי אם יתר הנסיבות, והן אלה שדרשו מענה מצד הרשות.