"החקירה מאוד תסכלה אותנו. הכל היה מאוד איטי ומסובך בגלל שזה רגיש". כך אומר (13.3.24) רב-פקד בדימוס דני יופה, שהיה חבר צוות החקירה בתיקים 1000 ו-2000, בעדותו במשפט נתניהו. לפני כן ציין, כי היועץ המשפטי לממשלה דאז, אביחי מנדלבליט, לא אישר לחקור במקביל את בנימין נתניהו ושרה נתניהו "וזה עצבן אותי". סניגורו של נתניהו, עמית חדד, טען שבשל תסכול זה "זימנתם אנשים לחקירה בתיק המעונות כדי לשאול אותם על ענייני סיגרים ושמפניות" בלא קבלת אישורו של מנדלבליט. יופה השיב: "כשהיה תיק המעונות לא היה תיק 1000. אני לא מכיר דבר כזה". חדד טען מספר פעמים שהחוקרים עסקו בענייני נתניהו בלא אישורו של מנדלבליט, כפי שמחייב חוק יסוד הממשלה; יופה השיב, שהוא לא עסק בענייני האישורים. יופה אישר, כי בכירי החוקרים היו מעורבים בחקירה: ניצב מני יצחקי, שהיה אז ראש אגף החקירות והמודיעין; ניצב רוני ריטמן, שהיה אז מפקד להב 433; ותת-ניצב כורש ברנור, אשר מפקד יאח"ה וכיום מפקד המכללה לשוטרים. ריטמן "היה בכמה ישיבות סטטוס. הוא היה מעורב בתיק הזה כמו בתיקים אחרים, שאל מה שראש להב שואל את ראש יאח"ה והחוקרים שלו". הוא הוסיף, כי מעולם לא שמע את ריטמן מייחס לנתניהו את פתיחת החקירה נגדו בטענה להטרדה מינית של קצינה (חקירה שאילצה אותו לאחר מכן לפרוש מהמשטרה). לדברי יופה, בצוות החקירה היו ויכוחים בשאלה האם לחקור את ארנון מילצ'ן באזהרה או לא. הוא זכר שריטמן התייחס לזה, אך לא את עמדתו. "הדעה של רוני לא כל כך הסתדרה עם מה שהצוות חשב. הרבה פעמים יש אדם שאתה מתלבט אם לחקור באזהרה או כעד. יש הרבה פעמים מחלוקות סביב זה", הוסיף. המפכ"ל דאז, רב-ניצב רוני אלשיך, "בא פעם אחת לישיבה שהיינו בתל אביב". חדד ציטט דיווח של אמנון אברמוביץ, לפיו אלשיך קורא את העדויות ומנחה את המשטרה כיצד לתשאל. יופה הגיב: "מבחינתי לא הייתה לו שום נגיעה בתיק. לא דיבר איתנו, לא הנחה אותנו, לא אמר לי איך לתשאל. אין לי ידיעה שהוא קרא את העדויות; מהיכרות שלי עם הדמות, מאוד יכול להיות". הוא הבהיר, כי לא היה נוהל בו העדויות בתיקי נתניהו עברו לאלשיך אלא רק ליצחקי. בהתייחסו להדלפות מן החקירות, אמר יופה: "ב-20 שנה במשטרה הייתי עד להדלפות מהמשטרה, מהפרקליטות, מסניגורים. ידעתי שיש הדלפות מהתיק הזה והיה שיח על זה. לחקור הדלפות - זו ברכה לבטלה, כי זה בזבוז זמן ואין דרך להגיע למדליף". עוד אמר כי כאשר נודע לו על הקשר הרומנטי בין רב-פקד אבי רוטנברג לבין ג'ודי שלום-ניר-מוזס (אחותו של נוני מוזס), "זה טופל מיד" ורוטנברג דיווח על הקשר למפקדם, סגן-ניצב (וכיום ניצב-משנה) מומי משולם, מיד לאחר שיחתם.