רשות המיסים דורשת מהאוניברסיטה העברית מס שבח בסך 50 מיליון שקל תמורת שטחים בהר הצופים וגבעת רם אותם החזירה לרשות מקרקעי ישראל, והמוערכים לצורך מס בשווי של 440 מיליון שקל. האוניברסיטה מבקשת (22.5.24) מבית המשפט המחוזי בירושלים לבטל דרישה זו. בשנת 2021 החזירה האוניברסיטה לרמ"י שטחים בשני הקמפוסים שלה, אותם חכרה מן הרשות. היה זה חלק מהסכם ההבראה בין האוניברסיטה לבין המדינה, שנחתם שלוש שנים לפני כן, במסגרתו התחייבה האוניברסיטה לממש נכסים ב-400 מיליון שקל. היא מציינת, כי בלא ההסכם עם רמ"י - היא לא הייתה יכולה לעמוד בהסכם ההבראה והדבר עלול היה להוביל לפירוקה. המתחמים בהם מדובר היו: מעונות ברונפמן (26 דונם בהר הצופים), מגרש הספורט, מעונות מאירסדורף ומגרש חניה (83 דונם בהר הצופים), חלקת הארזים (מגרש חניה בן שבעה דונמים בהר הצופים), מגרש הכורכר (מגרש חניה בן 14 דונם בגבעת רם) ותחנת דלק ומגרש חניה (ארבעה דונמים בגבעת רם). שטחים אלו הוחזקו לרמ"י כדי שהיא תוכל לשווק אותם, ונקבע שהאוניברסיטה תקבל 400 מיליון שקל על חשבון חלקה במכירת הקרקע (בפריסה עד 2027) ועוד 50 מיליון שקל לבניית מעונות חילופיים. האוניברסיטה אומרת כי ביקשה מרשות המיסים פטור מלא ממס שבח על עסקה זו, בנימוק שהם שימשו אותה במישרין לקיום מטרותיה הציבוריות. היא גם הגישה חוות דעת של השמאים ברי ויוני צ'רניאבסקי, על-פי 90% משווי העסקה הם מעונות הסטודנטים. אולם, רשות המיסים דחתה את עמדתה של האוניברסיטה וקבעה, כי היא זכאית לפטור של 50% בלבד, בנימוק שהיא לא השתמשה במישרין בנכסים אלו ושיש לחלק את התמורה ביניהם. לטענת האוניברסיטה, מעונות הסטודנטים היו שימוש במישרין שלה לצורך מטרותיה הציבוריות, כפי שנקבע בפסיקה במקרים דומים. גם שימוש לחניה וספורט הוא שימוש במישרין, שכן הם חלק מפעילותה האקדמית. עוד היא טוענת, כי עמדת רשות המיסים מהווה אכיפה בררנית ושינוי רטרואקטיבי של מדיניותה, וזאת ביחס להתנהלותה ארוכת השנים מול מוסדות השכלה גבוהה ומוסדות חינוך אחרים. הערעור הוגש באמצעות עוה"ד מאיר מזרחי, טלי יהושע וחיה זילברברג, וטרם הוגשה תגובת רשות המיסים.