חמדי נקבר על-ידי שכניו הערבים שחלקו לו כבוד אחרון ועטפו אותו בטלית. הם קברו במדרון של הר ולא בבית קברות מוסלמי.
הוא נפטר מבלי שהשאיר אחריו צאצאים. הותיר אחריו אלמנה ואח, שיושב עליו שבעה באשדוד. קרוביו בישראל ספדו לו ואמרו כי "עבד את קונו באמת ובתמים, השכים והעריב לבתי כנסיות ואהב את התורה ולומדיה".
יש הטוענים שנותרו בתימן עוד ארבעה יהודים - חממה, אחותה ובנה, ולוי מרחבי, אשר יושב בכלא.