כ' בטבת תשכ"ד, 5 בינואר 1964. ההתרגשות בארץ ובעולם הגיעה לשיאים חדשים. לראשונה בתולדות מדינת ישראל הצעירה, שהייתה אז רק בת 16, הגיע למדינת היהודים החדשה ראש הדת הגדולה ביותר בעולם – האפיפיור פאולוס השישי, קתולי אנטישמי, שהתנגד כל ימיו להכרת הוותיקן במדינה היהודים.
האפיפיור סירב להגיע דרך מעבר מנדלבאום בירושלים החצויה, כדי להימנע מלהכיר בירושלים כבירת ישראל, והעדיף לחצות את קו שביתת הנשק עם ירדן (ששלטה אז ככובשת בירושלים המזרחית, בית לחם ושאר המקומות הקדושים לנצרות) דווקא במעבר מגידו (שיש לו משמעות מיוחדת בתיאולוגיה הנוצרית, בסוגיית אחרית הימים). בקו הגבול לא היה אז דבר זולת שדה קוצים, אך ממשלת ישראל טרחה והוציאה מיליונים כדי להכשיר את השטח לקבלת הפנים הממלכתית, שאליה הוזמנה כל צמרת המדינה – נשיא המדינה, ראש הממשלה, הרב הראשי ועוד.
האפיפיור, שהיה תלמידו של קודמו פיוס ה-16 שכיהן בימי מלחמת העולם השניה ולא נקף אצבע להצלת היהודים, למרות מעמדו והשפעתו, התקשה לעכל, מבחינה תיאולוגית, את עצם קיומה של מדינת ישראל. מדינת היהודים החדשה הסבה לנוצרים כאב ראש תיאולוגי נורא, משום שעל-פי התפיסה הנוצרית ירשה הנצרות את מקומה של היהדות שנועדה להיות מושפלת עד עולם, אך בניגוד לתפיסה כוזבת זו, התהפך לטובה גורלם של היהודים, והם אף 'העזו' להקים מדינה יהודית עצמאית וגאה. עצם קיומה של המדינה היהודית נתפס כרעידת אדמה תיאולוגית בעולם הכפירה הנוצרי.
האורח נתן ביטוי למבוכתו, בסירובו להכיר במדינת ישראל. כבר בהגעתו הוא נמנע, למרות קבלת הפנים המפוארת, מללחוץ ידיהם של מקבלי פניו רמי המעלה. ה'פופ' התעקש שלא להוציא מפיו את המלים 'מדינת ישראל' (שלא הכיר בה) ולא את המלה 'ישראל' (מפני שע"פ תפיסתו הנוצרים הם-הם, עפ"ל, עַם ישראל האמיתי), והעדיף להגדיר את הביקור כמסע צליינות לא מדיני לארץ הקדושה, לפלשתינה. כה גדולה הייתה מבוכתו של הוותיקן, שהוא נמנע מלתאם את ביקור ה'פופ' עם הממשלה ולמעשה כפה את הביקור עליה.
אבל באותם רגעים של חציית קו שביתת הנשק עם ירדן, ע"י המנהיג הנוצרי הבכיר, לא הירשתה לעצמה מדינת ישראל שלא להעניק לאורח את מלוא תשומת הלב. ראש הממשלה לוי אשכול ונשיא המדינה זלמן שז"ר הטריחו עצמם במסוק צבאי מירושלים למעבר הגבול עם ירדן, ששכן אז בלב הארץ, לקבל את פני האורח שלמרותו סרים מאות מיליונים בעולם. "זהו מאורע שאין לו אח ורע בתולדות העמים", התפייט הנשיא. שהיית האפיפיור בארץ, שנמשכה 11 שעות, זכתה לסיקור בינלאומי נרחב באמצעי התקשורת בעולם כולו, ובעיקר בעולם הנוצרי-קתולי.
שני אישים ישראלים גנבו את ההצגה בקבלת הפנים המרכזית: האחד שהיה שם והשני שלא הגיע. מי שהגיע היה הנשיא שז"ר, שטרח להבליט את אמונתו הדתית מול האישיות הבכירה בעולם הנוצרי וציטט בפני האפיפיור את הפסוק המרטיט: "כי כל העמים יילכו איש בשם אלוהיו, ואנחנו נלך בשם ה' א-לוהינו לעולם ועד" (מיכה ד' ה') – ובכך קנה לו שם עולם בחזית הגאווה היהודית; והשני היה הרב הראשי דאז הרב יצחק נסים, שאמור היה לקבל את פני האורח במעמד של 'ראש הדת היהודית', אך החליט שלא להגיע כלל לאירוע, כדי לא לתת יד למצג-שווא של הכפפת היהדות, חלילה, לדת הקתולית.
הרב נסים הסביר זאת בכך, שעל-פי כללי הטקס, מחוייב האפיפיור להחזיר ביקור גומלין לרב הראשי בלשכתו בירושלים, אם הרב יגיע למגידו להקביל פניו. אך הואיל והאפיפיור צימצם ביקורו ל-11 שעות בלבד, כדי שלא יצטרך ללון בישראל ובוודאי לא לבקר בלשכת הרב הראשי, כי אז – סבר הרב – אסור שהוא עצמו יגיע מבלי שיתקיים ביקור גומלין של האפיפיור בלשכת הרב בירושלים, מה שיצור את הרושם הכוזב, שמעמדם של הדת היהודית וראשה נחותים לעומת ה'פופ' ועל כן אינם ראויים לביקור נימוסין מצידו. הרב נסים, אדם צנוע ועניו, לא היה מוכן למחול על כבודם של תורת ישראל ודת ישראל, וזכה ששמו ייחרט בשל כך בחרט זהב בכותל המזרח של הגאווה היהודית.
כשהודיע הרב נסים מעל סירובו להקביל פני האפיפיור במגידו, רתחה הצמרת המדינית והתקשורתית.
גולדה מאיר איימה לפטרו לאחר ביקור האפיפיור. עורך 'דבר' חיים שורר כתב נגדו מאמר רצוף גידופים. כולם הזהירו שהתנהגות הרב הראשי תחולל פוגרומים בקהילות ישראל בעולם.
אבל לאחר שהתברר כי הרב הראשי אכן חזה מראש את הביזיון, שבא לידי ביטוי בין היתר גם בסירובו ללחוץ את ידי המכובדים הישראלים, התהפך היחס כלפיו. כולם קשרו כתרים לראשו. שרים וחברי כנסת דיברו על הגאווה היהודית שהפגין. חיזקו את ידיו. רבנים מכל קצווי הקשת ברכו "על עמידתו האיתנה והאמיצה". אירגוני סטודנטים ואחרים שלחו ללשכתו ברכות חמות על עוז רוחו.
עיתון 'הארץ' הודה במאמר ראשי שכשם שביקורו של האפיפיור בארץ היה מאורע היסטורי לנוצרים, כך עצם העובדה שהרב הראשי לא קיבל את פניו היה בו משום מעשה היסטורי, ומתן תוקף לעצמאות ישראל.
הרב נסים קבע אז מקומו בפנתיאון של גדולי האומה. התקשורת העולמית כתבה שזו הפעם הראשונה שהיהדות הוכיחה שהיא אינה עוד אחות נחותה לנצרות כי אם שווה בין שוות. היה זה מהלך מחוכם של קידוש השם, ברמה בינלאומית. חותמו האישי על החיים היהודיים ועל עולם הרבנות בישראל.