המכון ללימודי השומרונות בחולון יכול לזקוף לזכותו הישג מרשים: עדויות בכתב בכרוניקות היסטוריות של השומרונים ובכתבי-יד של סידורי-תפילה, שנאספו ונבדקו על-ידי אנשי המכון, העלו גילוי מפתיע, לפיו הכוהנים השומרונים בהווה הם בני אהרון - צאצאים ישירים של אהרון בן עמרם הכהן הגדול, אחיו של משה רבנו.
חשיבותו של הגילוי בכך שהוא עומד בניגוד מוחלט למסורת הרווחת בעל-פה בקרב משפחת הכוהנים השומרונים זה כמאתיים שנה. מסורת זו קושרת את כוהני העדה עם עזיאל בן קהתי בן לוי, דודו של אהרון הכהן, ולפיכך הם נקראו "בני עזיאל".
המקורות השומרוניים - המסורות שבעל-פה והעדויות שבכתב - מבחינים הבחנה ברורה בהתייחסות אל חלקי שבט לוי. החלק הראשון והחשוב ביותר הם הכוהנים בני אהרון, שעימו נמנים הנבחרים של השבט, לעומת החלק השני, הכולל את כל הכוהנים שאינם נמנים עם בני משפחה זו. גם בקרב בני אהרון מבחינים המקורות בין שני ענפים: "בני פנחס" ו"בני איתמר".
"בני פנחס" נחשבים במקורות כעילית משפחות הכהונה. מתוכם עלה הכהן הגדול, שקיבל את הכהונה הגדולה מאביו, בתוקף הברית שהובטחה לפנחס בן אלעזר הכהן על-ידי האל. מקורות השומרוניים מונים 112 דורות של כוהנים גדולים, בני פנחס, שכיהנו בתחילה בראש עם ישראל כולו ולאחר מכן בראש השומרונים, בני יוסף ולוי, עד שנת 1624 לספירה. לצידם של בני פנחס, אם כי במעמד נמוך יותר, כיהנו בני איתמר. בתקופות קדומות נשאו שתי המשפחות בעול השירות בעבודת הקודש וניהול ענייני הפולחן, בתחילה בתוך עם ישראל, ולאחר הפילוג בין היהודים לשומרונים גם בקרב השומרונים.
שלב ראשון בפילוג בעם ישראל רואים השומרונים בפילוג בקרב בני אהרון, שאירע בשנת 260 לכניסת בני ישראל לארץ כנען, עם יהושע בן-נון.
השלכותיו של הגילוי המפתיע על דמותה של משפחת הכהונה השומרונית הן מכריעות. גילוי זה משייכה לחלק החשוב יותר של שבט לוי - לבני אהרון; אומנם לא לבני פנחס, אלא לבני איתמר, אך במעמד ובייחוס, הם זוכים בבת אחת לדרגה גבוהה יותר מאשר נחשבו עד היום. מעתה הם רשאים, בזכות ולא בחסד, לשאת בכל תפקידי הכהונה שניתנו לבני אהרון בתורה.
מכל מקום, ברור כי הגילוי הזה יחייב את המכון ללימודי השומרונות בחולון לעשות הערכה מחודשת של בית הכהונה השומרוני הנוכחי.