לצד השבחים שחולקים קברניטי המשק לפרופ'
יעקב פרנקל, הנגיד הבא של בנק ישראל, הצצה בשתי הכהונות הראשונות של פרנקל כנגיד, בשנים 1991-2000, מעלה גם זיכרונות לא כל כך נעימים: סכסוכים עם שרי אוצר, תנודות חדות בריבית והמפולת הידועה לשמצה של 1994.
מי לא זוכר את חגיגת האשראי בשנת 1993. הבנקים פיטמו ישראלים רבים בהלוואות והכספים נווטו לבורסה ("מבצע מרתון", בו התקשרו פקידי בנקים ללקוחות להציע להם הלוואות כדי להשקיע בקרנות נאמנות מנייתיות שנוהלו על ידי הבנקים), מדדי המניות עלו, האופוריה הייתה בעיצומה. מדיניות בנק ישראל באותה תקופה הייתה גורם חשוב למדי בחגיגה. באמצע 1993 הפחית הנגיד דאז פרנקל את הריבית במשק בשיעור חד - מ-12.79% בפברואר 1993 ל-9% בספטמבר אותה שנה. לימים, אחרי המפולת, התברר שמהלך זה סיפק אשראי בהיקפים גדולים לבנקים, בריבית ריאלית שלילית (קצב האינפלציה במחצית השנייה של 1993 היה גבוה מ-11%), מה שגרם להסטת הכספים לבורסה ולניפוח שערי המניות.
בנובמבר 1993 הכיר בנק ישראל, בראשות פרנקל, בטעותו, וחידש את העלאות הריבית (שהגיעה ל-17% ב-1994). הימים היו ימי אינפלציה מואצת, כאמור, בין היתר על רקע עלייה במחירי הסחורות בעולם. ב-1994 החליט פרנקל להילחם מלחמת חורמה באינפלציה והקפיץ את הריבית. באותה שנה, אגב, הסתכמה האינפלציה ב-14.45%. עוד לפני כן, פרנקל הכריז על הבורסה כ"בועה פיננסית" בתחילת 1994, אך זה לא מנע את המפולת.
מפולת 94' נצרבה בתודעת המשקיעים לעד. היא הייתה אכזרית בכל המובנים: המניות קרסו עד 60% (במניות הלא-סחירות) ומחזורי המסחר התרסקו ב-90%. המדדים המובילים נפלו ביותר מ-30%. ישראלים רבים ש"פוטמו" ע"י הבנקים בהלוואות להשקיע בבורסה הפסידו הון עתק, ונרשמו גם מקרי התאבדויות. אגב, העלאת הריבית החדה באותה שנה הביאה במהירות לריבית ריאלית חיובית ולבריחת המשקיעים משוק האג"ח, מה שהביא ברבות הימים למשבר בקופות הגמל ולפרישת רשת ביטחון ע"י הממשלה.
לימים, הגישו משקיעים תביעות נגד הבנקים וגם נגד בנק ישראל על חלקו בניפוח בועת האשראי באותן שנים. תביעת הנזיקין הראשונה הוגשה ביוני 2000 לביהמ"ש המחוזי בת"א, בסך 4.7 מיליון שקל, ע"י בני משפחת רביניאן מכפר-סבא שהפסידו את כספם. בנק ישראל נתבע בטענה כי היה יכול להיווכח בקלות - בביקורת אשראי שערך בכמה בנקים באמצע 1993 - כי מדובר באשראי שהביטחון היחיד מולו הוא שווי ניירות הערך שנרכשו באמצעותו. לכן, כך נטען, הוא לא מילא את חובותיו כלפי לקוחות הבנקים כנדרש בחוק, כאשר לא בלם את מבצעי האשראי.
פרנקל נתבע על שהתנגד להגבלת הבנקים במתן האשראי, למרות שגינה בחריפות את הבנקים בראשית 1993 על שהם מעודדים את המשקיעים הקטנים לשבור תוכניות חיסכון וקופות גמל כדי להשקיע בבורסה. התנגדות זו נמשכה לאורך שנת 1993 חרף בקשות ההתערבות של שר האוצר, אברהם שוחט.
המחלוקת של פרנקל עם שוחט, שר האוצר בממשלת רבין דאז, לא הייתה הפעם היחידה בה התעמת פרנקל עם שר האוצר, שכן גם עם
דן מרידור נקלע פרנקל לעימות בנוגע למדיניות בשוק המט"ח; פרנקל תמך בליברליזציה בשוק המט"ח והרחבת גבולות רצועת הניוד שהונהגה אז, אולם מרידור סירב בתוקף בין השאר משום שבאוצר חששו כי הרחבת הגבול התחתון של הרצועה תביא לייסוף נוסף של השקל, דבר שהיה מחריף את בעיות היצוא וההאטה של המשק.
עימות זה הוביל בסופו של דבר להתפטרותו של מרידור, שכן רה"מ דאז נתניהו תמך בפרנקל באופן גלוי. יתרה מזאת, אותו מקרה מעיד על 2 דברים: הראשון, הנאמנות שרחש נתניהו לפרנקל והעדפתו כנגיד על פני שר האוצר שלו; והשני, האומץ של פרנקל כנגיד להתייצב מול שר בממשלה, להציב תנאים ולהשיגם. בעקבות דרישתו של פרנקל באותה עת, הוחלט להוריד את שיפוע אלכסון רצועת הניוד מ-6% ל-4% ולהוסיף עוד 15% לתחום העליון (הפיחות) של תחום הניוד, כאשר ה"נדוניה" של פרנקל הייתה הורדת הריבית ב-1.5% באופן מיידי, בלי להמתין להחלטת הריבית בסוף החודש