כל הסיעות שבכנסת ה-20 סיימו את מערכת הבחירות בגרעונות. הגרעון הגבוה ביותר הוא של יש עתיד (16 מיליון שקל) ואחריה
ש"ס (11 מיליון שקל), הליכוד (10 מיליון שקל) ו
ישראל ביתנו (8.8 מיליון שקל). כך מוסר
מבקר המדינה,
יוסף שפירא, בדוח על מימון הבחירות (יום ג', 18.10.16). שפירא מצביע על ליקויים חמורים בהתנהלות הכספית של
הבית היהודי ושל הרשימה הערבית המשותפת.
שפירא קובע, כי שש סיעות ניהלו את חשבונותיהן שלא לפי הנחיותיו: הבית היהודי,
המחנה הציוני, הרשימה המשותפת, ש"ס, יחד ועלה ירוק. הבית היהודי ועלה ירוק לא כללו במערכת החשבונות שלהן את מלוא הכנסותיהן והוצאותיהן, ולפיכך היא לא שיקפה את כל פעולותיהן הכספיות.
הבית היהודי, הרשימה המשותפת, יחד ועלה ירוק לא שמרו את מלוא האסמכתאות הנוגעות להתקשרויות עם נותני שירותים, כנסים, שכירת מטות בחירות, העסקת פעילים, דלק והוצאות אחרות, וחלק מהאסמכתאות שהציגו היו חלקיות בלבד. בשל חקירת פרשת
בל"ד, מצביע שפירא על חשד כבד לכך שהרשימה המשותפת חתמה על חוזים פיקטיביים לשכירת מטות בכירים, ועל הוצאות מופרזות ביותר על תלושי דלק. שפירא קנס את הרשימה ב-1.23 מיליון שקל - הקנס הגבוה ביותר שהטיל.
הבית היהודי, המחנה הציוני וש"ס כללו בחשבונותיהן הוצאות בלתי תקינות, בגין תשלום קנסות בסכומים ניכרים (250,000-70,000 שקל) על תליית מודעות תעמולה בניגוד להוראות חוקי העזר של רשויות מקומיות שונות, ובכך השתמשו בכספי המימון הציבורי בניגוד למטרה שלשמה נועדו.
הליכוד, הבית היהודי, ישראל ביתנו ויחד (
אלי ישי) לא עמדו במגבלות הקבועות בחוק בעניין קבלת תרומות. ארבע הסיעות השתמשו בהוצאות ששילמו אחרים לארגון עצרת המחנה הלאומי, שלושה ימים לפני הבחירות, ובכך קיבלו תרומות אסורות. הליכוד והבית היהודי נקנסו ב-850,000 כל אחד.
הבית היהודי השתמשה בתוצרים (פרסומים, סרטונים, מסרים ואלמנטים פרסומיים) של תעמולת בחירות בלי שנשאה בעלויות הכרוכות בהכנתם. תוצרים אלה מומנו מכספי התרומות שקיבל יו"ר המפלגה, השר
נפתלי בנט, במסגרת התמודדותו בבחירות המקדימות לראשות המפלגה, לרבות תרומות מחו"ל, כך שבדרך זו נהנתה הסיעה בצורה עקיפה מתרומות שאינן עומדות בגבולות החוק. נוסף על כך, נציגי הבית היהודי השתתפו בכנס אשר מומן בחלקו בידי עמותה, ובכך קיבלו תרומה פסולה.
ערבויותיה של סיעת יחד ששימשו להבטחת פירעון הלוואות שנטלה, חולטו בידי הבנקים המלווים, לאחר שהתברר שאין ביכולתה של הסיעה לפרוע את ההלוואות שנטלה, מכיוון שלא זכתה במנדטים. מאחר שסכומי הערבויות עלו על תקרת התרומה שרשאית סיעה לקבל מתורם יחיד, הרי שגם הכנסותיה של זו לא עמדו בהוראות החוק. רק ארבע סיעות קיבלו בסופו של יום דוח חיובי: מרצ,
יהדות התורה, יש עתיד וכולנו.
לדברי שפירא, הסיעות נוהגות בתקציבן משל היה המלצה גרידא, וגורמי הבקרה המקצועיים בהן מתקשים לעמוד בלחצים של גורמים במטות המפלגות להוצאת הוצאות החורגות ממה שתוכנן ואושר מראש. הגרעונות יכוסו, מלמד נסיון העבר, מכספי המימון הממלכתי השוטף, המועברים לסיעות על-מנת שיקיימו קשר עם הציבור בין בחירות לבחירות. התנהלות זו פוגעת בעקרון השוויון, במיוחד לעומת רשימות שאינן מיוצגות בכנסת, שכן לרשותן של הסיעות עומדים משאבים כספיים רבים נוספים שמקורם במימון הממלכתי השוטף, וזאת בנוסף לסכומים המיועדים למימון הוצאות הבחירות.