לנוכח המשך התפרצות הנגיף, משרד הבריאות הוציא (יום ד', 18.3.20) צו המחייב את השבתת מוסדות החינוך החרדיים. בצו שהועבר ע"י יועמ"ש משרד הבריאות לשר הבריאות
יעקב ליצמן, נאסרה כל פעילות במוסדות החינוך החרדיים.
הצו כולל גני ילדים לבנים ולבנות, תלמודי תורה, מוסדות רשת בית יעקב, סמינרים לבנות, ישיבות גדולות ישיבות קטנות וכוללי אברכים. בצו נכתב כי הוא חל על כל המוסדות, ללא תלות בגודל המוסד או במספר התלמידים, ועליהם להפסיק את פעילותם לאלתר.
בחברה החרדית קיימת פחות מודעות לגודל הסכנה מהנגיף, לנוכח העדר חשיפה לתקשורת. מוקדם היום סגרה המשטרה ללא התנגדות את ישיבת חידושי הרי"ם בתל אביב לאחר שהתקהלו בה מעל 200 לומדים. מישיבת חידושי הרי"ם נמסר: "הישיבה פיזרה את התלמידים הבוקר, על-פי הוראת וועדת החינוך של גור, למרות שהיה בידנו אישור להמשך לימודים. אתמול נערכה ביקורת של המשטרה בישיבה, אשר בסיומה קיבלה הישיבה אישור להמשיך את הלימודים, זאת לאחר שנמצא כי התלמידים שומרים בקפדנות על כללי משרד הבריאות".
מפר הצו מסתכן במאסר ובקנס. ראש הממשלה נתניהו צפוי לפנות ישירות למגזרי המיעוטים-ערבים וחרדים שיפעלו לפי ההנחיות של משרד הבריאות.