האם השר ליצמן הפר את התקנות שיצאו מהמשרד שהוא עומד בראשו? על-פי דיווח של ענבר טויזר בחדשות 12, ליצמן השתתף בתפילה בשבת האחרונה בביתו של חסיד גור - כך לפי עדות של מארח התפילה. מלבד זאת, עשרות מתפללים נצפו בימים האחרונים, כולל הבוקר (יום ה', 2.4.20), בבית כנסת "בית ישראל" בירושלים הסמוך לביתו של שר הבריאות. כמה מהמתפללים מעידים: "ליצמן היה בבית הכנסת ביום שני האחרון והשתתף בתפילה בבית פרטי בשבת". לפי העדויות, התפילות התקיימו ימים לאחר שמשרד הבריאות אסר על תפילות במקומות סגורים ובבתי כנסת.
מלשכת שר הבריאות נמסר כי "מדובר בהכפשות שווא שאין להן בסיס עובדתי. מתוך אחריות לאומית הקפיד שר הבריאות ליצמן על כל הנחיות משרד הבריאות, ביטל את כל לוחות הזמנים ושיגרת יומו לאורך כל התקופה וסירב לפגוש אנשים שלא לצורך פעילות משרד הבריאות במצב החרום.
"יש לדחות את הניסיונות לערב לחצים פוליטיים בזמן חירום לאומי ועולמי, במטרה להשפיע על המו”מ הפוליטי שמתנהל במקביל. יודגש, כל הוראות משרד הבריאות נשמרו על-ידי השר, בתפילות, בפעילות השוטפת בחמ”ל הארצי ובלשכתו".
בשבת האחרונה התקיימה תפילה בביתו של חסיד גור שבה נטען כי ליצמן השתתף. בשיחה עם החסיד שאירח את השר נאמר: "מלבד השר ליצמן היו באירוע חסידי גור נוספים. אנחנו הקפדנו מאוד בזמן התפילה לא להתקרב אחד לשני. סך הכל ארכה התפילה כשעה וחצי".
לפי עדות אחרת, ליצמן נצפה מתפלל בבית כנסת ימים לאחר מתן ההנחיות שאוסרות על כך. תושב השכונה ששוחח עם טויזר סיפר: "אבא שלי מתפלל יום-יום בבית הכנסת 'בית ישראל' בשכונת עזרת תורה, וסיפר לי שביום שני האחרון הוא התפלל יחד עם ליצמן. בהמשך השבוע הם לא נפגשו, יכול להיות שבשלב זה ליצמן התחיל לחשוש שהוא בעצמו חולה קורונה והפסיק להתפלל".
תושב השכונה המשיך: "בימים בהם היה בתפילה - מאוד יכול להיות שהוא נדבק שם בנגיף ויכול מאוד להיות שהוא הדביק שם אחרים. אני מניח שכשר הבריאות הוא לא יספר בחקירה שהוא היה שם, מה שמעלה סיכון גדול. יש אנשים שלא יודעים שהם צריכים להיות בבידוד ואם הם באו איתו במגע הם יעבירו את זה הלאה והלאה והנה לנו תחילה של קטסטרופה בשכונות החרדיות בירושלים".
מתפללים נוספים שעימם שוחחנו סיפרו כי בית הכנסת הקבוע של ליצמן הוא זה של חסידות גור אלא שבעקבות סגירת בית הכנסת, בימים האחרונים הגיע להתפלל ב"בית ישראל", בית כנסת שנמצא מטרים ספורים מביתו.
ביום שלישי האחרון כ-40 מתפללים הגיעו לבית הכנסת לתפילת שחרית בשעת "הנץ החמה". באותו יום הם התפללו כשאורות בית הכנסת דולקים. יום לאחר מכן, שבו עשרות המתפללים בשנית אלא שהפעם, ככל הנראה בעקבות התגברות פעולות האכיפה מצד המשטרה, הם החליטו להתפלל בחשכה כמעט מוחלטת. וילונות בית הכנסת הוגפו והאורות לא נדלקו, מלבד אור פנס בודד.
בליל יום שלישי, 24 במרס, אושרו בממשלה הנחיות חדשות למניעת התפשטות הנגיף הכוללות איסור גורף על קיום תפילה ציבורית במבנים סגורים וקובעות כי ניתן לכנס מניין של עשרה מתפללים - רק בשטח פתוח. בעקבות כך, פרסמו גם הרבנים הראשיים לישראל קריאה שהצטרפה להנחיות משרד הבריאות ואסרה על קיום תפילות בבתי כנסת. על-פי העדויות, ליצמן נצפה מתפלל בבית הכנסת יותר משבוע לאחר מתן הנחיה זו.
בערב יום שני האחרון (30 במרס) פרסם משרד הבריאות הנחיות מחמירות אף יותר ובהן אסר על קיום תפילה במניין גם בשטח פתוח, למעט בהלוויות. גדולי הרבנים במגזר החרדי הצטרפו לקריאה זו.