רכבת ישראל סיימה את שנת 2020 ברווח של 30 מיליוני שקלים, בהשוואה לרווח כולל של 36 מיליוני שקלים בשנת 2019, ירידה של 16.6%. הכנסות הרכבת בשנה שבחלק ניכר ממנה שובשה פעילות הנסיעות בשל הסגרים למשך כשלושה חודשים עמדו על כ-2.39 מיליארד שקל. זאת, לעומת הכנסות של כ-2.56 מיליארד שקל בשנת 2019 ירידה בשיעור של כ-6.6%.
עם תחילתו של משבר הקורונה, בחודש פברואר, נרשמה ירידה חדה במספר הנסיעות, וכן דילול של קווי הנסיעה בחודש מרס עד כדי הפסקה מוחלטת בתאריך 26.3.20, בהנחיית הממשלה. תנועת הרכבות חודשה בהנחיית הממשלה ב-22.6.20 עם נתוני נסיעות נמוכים בהשוואה לרמתם לפני פרוץ המשבר, אשר אפיינו גם את החציון השני. במהלך השנה האחרונה, ועל-רקע הפסקת תנועת רכבות הנוסעים בחציון הראשון, וצמצומה במהלך החציון השני, האיצה רכבת ישראל פרויקטים רבים בתחום התשתית, החישמול, שדרוגי תחנות, תחזוקת צי הנייד ועוד. האצה זו הביאה להקדמה של לוחות זמני הפרויקטים השונים. כך למשל הואצה תשתית החישמול המבוצעת כיום ברשת הרכבתית כולה, והושלמה בהקדמה משמעותית פתיחת כל הקו המהיר בין ירושלים יצחק נבון עד לתחנת הרצליה, והפעלתו לנוסעים ברבעון השלישי. כמו-כן הואצה הנחת תשתית החישמול לכיוון נתניה וממשיכה העבודה הנמרצת לחישמול הקו מאשקלון לתל אביב ולקשת השרון. במהלך החציון השני החלו להיקלט הקרונועים החשמליים החדשים מדגם DDEMU, אשר צפויים להיכנס לשירות לקראת סוף שנת 2021.
הרווח התפעולי של הרכבת, בנטרול פחת והפחתות בשנת 2020 עמד על 2.5 מיליוני שקלים, בהשוואה ל-0.5 מיליוני שקלים בשנת 2019. בדוח השנתי שפרסמה הרכבת (יום ב', 22.3.21) נמסר כי החברה נמצאת במגעים אל מול המדינה לניסוח הסכמות בדבר חתימת הסכם הפעלה חדש שיחול החל משנת 2021.
במהלך שנת 2020 נמכרו 24 מיליון כרטיסי נסיעה, לעומת כ-69 מיליון כרטיסים שנמכרו בשנת 2019. ממוצע הנסיעות היומי בשנת 2020 עמד על 119 אלף נסיעות ביממה, לעומת 259 אלף בשנת 2019. ההכנסות מהסעת נוסעים לשנת 2020 הסתכמו לסך של כ-241 מיליוני שקלים, לעומת 737 מיליוני שקלים בשנת 2019.
ממוצע דיוק הרכבות בשנת 2020 עמד על 95.7 אחוזים, לעומת 90.8 אחוזים בשנת 2019. שיפור זה מיוחס לתשומת לב ניהולית לצד מיקוד בהיערכות תפעולית, בין היתר על-ידי העמדת רכבות כונניות במיקומים אסטרטגיים ברשת.
בשנת 2020 הובילה רכבת ישראל 8 מיליון טון, לעומת 8.5 מיליון טון בשנת 2019.
הכנסות הרכבת מהובלת מטענים עמדו בשנת 2020 על כ-168 מיליוני שקלים, ביחס ל-182 מיליוני שקלים בשנת 2019. הפסד מגזר המטענים בשנת 2020 עמד על כ-47 מיליון שקלים, לעומת הפסד של כ-34 מיליון שקלים בשנת 2019. ההפסד במגזר המטענים מיוחס בין היתר להקטנת כמות רכבות המטען המופעלות, בשל הפסקת תנועה יזומה לצורך עבודות תשתית ופיתוח, כמו-כן לצורך עבודות לחישמול רשת המסילות. בשנת 2020 החלה רכבת ישראל בביצוע פרויקט המסילה המזרחית אשר תהווה ציר עוקף למסילות החוף ופרוזדור איילון, ותגדיל משמעותית של הגמישות התפעולית של רכבת ישראל וכן את פוטנציאל שינוע המטענים.