כפי שנחשף ב-News1, בתוכנת "פגסוס" נעשה שימוש גם בתיקי נתניהו מול חשודים, עדים ומעורבים מרכזיים ובהם
ג'יימס פאקר, בני הזוג
שאול אלוביץ ו
איריס אלוביץ ו
יאיר נתניהו. כעת מדווח כלכליסט, כי המשטרה נענתה לבקשת מחלקת המודיעין של רשות ניירות ערך - אשר חקרה את תיק בזק ממנו נולד תיק 4000 - והפעילה את התוכנה נגד
שלמה פילבר, אז מנכ"ל משרד התקשורת וכיום עד מדינה בתיק (האמור להעיד בשבוע הבא). התוכנה גילתה התכתבויות שלו עם מנכ"ל בזק דאז,
סטלה הנדלר - שהפכה גם היא ליעד לתוכנה. בהמשך הודבקה התוכנה לטלפון של
דודו מזרחי, אז סמנכ"ל בזק וכיום מנכ"ל החברה, כדי לוודא את אמינות המידע שמסר לחוקרים.
במהלך חקירת תיק 4000 ביצעה המשטרה חדירה סמויה לטלפונים, כדי לבדוק האם מפועלים לחצים על שני עדי מפתח: מנכ"ל וואלה לשעבר,
אילן ישועה, ועורך וואלה לשעבר,
אבירם אלעד, כיום מנכ"ל חדשות 13. כמו-כן, הופעלה "פגסוס" נגד מנכ"ל משרד התקשורת לשעבר,
אבי ברגר, גם הוא עד חשוב בתיק. המטרה הייתה לוודא שמסרו למשטרה את כל הידוע בהם. לדברי כלכליסט, שימוש בה נעשה גם כלפי עיתונאים אחרים בוואלה - תוך הפרה של החיסיון העיתונאי.
אנשי המשטרה חדרו גם לטלפון של אבנר נתניהו, ומאחר שמצאו בו התכתבויות בלשון נקבה - הסיקו ששרה נתניהו עושה בו שימוש גם היא. התוכנה הופעלה גם כלפי שניים מיועצי התקשורת של
בנימין נתניהו, יונתן אוריך וטופז לוק. במקרה של אוריך, השוטרים גם הוציאו ממנו בצורה פסולה אישור לחדור לטלפון הנייד שלו עם מעצרו והכשירו זאת רק בדיעבד.