ביולי 1948, הזמין אותו יגאל אלון למשרדו והודיע לו כי הוא ממנה אותו למפקד הגדוד החמישי בחטיבת
הראל תחת פיקודו של מפקד החטיבה יוספל'ה טבנקין.
בעקבות רצח שליח האו"ם הרוזן ברנדוט, בידי שלושה אנשי הלח"י ב-17 בספטמבר 1948, הורה ראש הממשלה הזמנית,
דוד בן-גוריון, למטה הכללי של צה"ל, לפרק את מפקדת הלח"י ואת יחידות הלח"י בירושלים. המשימה הוטלה על גדודו של משה בן דרור. בן דרור מספר בספר זיכרונותיו "כי כוח מאנשי גדודו פשט על מפקדת הלח"י בירושלים בטלביה וכח אחר פשט על בסיס צבאי של הלח"י בשכונת שיח' באדר ו"כך פירקו את הלח"י בירושלים".
בהמשך הוביל משה, מוריס בן דרור את מבצע ההר שנערך בין ה־19 באוקטובר ל־22 באוקטובר 1948, נגד הכוחות הקלים המצריים וכוחות ערביים מקומיים, בפרוזדור ירושלים, דרומית לנחל שורק ועד לבית ג'יברין. היה זה המבצע האחרון במלחמה בגזרה זו.
בתום מלחמת העצמאות בפברואר 1949 בהיותו בן 26, עם פירוק הפלמ"ח, השתחרר מוריס מצה"ל, חזר לקיבוצו חפציבה והשתלב בעבודה בקיבוץ כמסגר. ברבות הימים שימש כמזכיר הקיבוץ והיה שותף להקמה ולניהול של מפעלים בקיבוץ חפציבה: מד תקין ופלגל.
גם לאחר שחרורו המשיך לשרת כקצין במילואים בצה"ל. במהלך שירות זה עבר קורס מג"דים וקורס קציני ממשל. במלחמת ששת הימים פיקד על גדוד 32 בחטיבת אלכסנדרוני תחת פיקודו של אל"ם עמנואל שקד. השתתף גם במלחמת יום כיפורים השתחרר מצה"ל בדרגת סגן אלוף. ב-1988 שוחרר משירותו.