ביולי 2004 נחתם נוהל שיתוף פעולה בין המשטרה והשב"כ, שעסק בחלוקת האחריות ביניהם בנושא איסוף והערכה מודיעיניים בתחום הסדר הציבורי. משרד המבקר איתר במשטרה נוסח נוסף, אך לא חתום, של הנוהל המשותף שנכתב כנראה בשנים 2018-2016. הגורמים הרלוונטיים במשטרה ובשב"כ לא הכירו נהלים אלה, ובפרט לא את הסדרת שיתוף הפעולה וגבולות הגזרה בין הארגונים, בדגש על חלוקת האחריות המודיעינית. התוצאה היא העדר תפיסת עבודה מסודרת ומחייבת.
לאורך השנים לא הוגדרו נושאי התפר והחפיפה בין אירועים פליליים לבין אירועים לאומניים-ביטחוניים, ולא שורטטו גבולות גזרה ותחומי אחריות בין המשטרה והשב"כ בהקשר זה. השב"כ סבר, כי יש להפריד בין אירועים פליליים לאירועים לאומניים. אירועי שומר החומות לימדו, כי עמדה זו לא התמודדה עם המורכבות הנובעת מסוגיית הממשק שבין התחום הפלילי לתחום הלאומני; והיא יושמה בלי שניתן מענה להחלטת הממשלה משנת 2004 שבה נקבע, כי מתחייבת הסדרת הממשקים בין המשטרה לשב"כ בתחום המודיעין הנוגע לסדר הציבורי.
בחודשים שקדמו לשומר החומות זיהה השב"כ מגמה של עליית מתח במגזר הערבי ועמד על פוטנציאל הסיכון הגלום באפשרות להתפרצות, לרבות בהקשר של חיכוך בין יהודים לערבים באזורים מעורבים. עם זאת, בשירות העריכו, כי האירועים שיתרחשו בפועל הם מקומיים והדגש העיקרי ניתן לירושלים. השב"כ, כמו המודיעין המשטרתי, לא סיפק התרעה מפני אירועי שומר החומות; ולא גיבש תמונת מודיעין משקפת ביחס לעוצמתם, להיקפם ולחומרתם של האירועים כאשר הללו פרצו. שב"כ נתקל בקשיים מבצעיים בפעילותו בערים מעורבות במהלך שומר החומות, על-רקע בעיות תיאום עם המשטרה.
השב"כ פעל בתחום הניטור הרשתי, אולם בפעילותו התגלו פערים והיא לא הייתה מספקת. הפערים היו משמעותיים, שכן כאמור בזמן שומר החומות לא עמדה לרשות המשטרה מערכת מרכזית לניטור רשתי, כך שבפועל לא הופקו תוצרי המודיעין הנדרשים בתחום הסדר הציבורי בהיקף מספק על-ידי כל הגופים. בהעדר שיתוף פעולה מוסדר בין השב"כ והמשטרה, נמנעה האפשרות לבצע מאמץ משותף לגישור על הפערים בתחום זה. בשורה התחתונה: תחום הסדר הציבורי על-רקע לאומני לא זכה למענה המודיעיני המיטבי הדרוש על סמך פעולה מתואמת של השב"כ והמשטרה.