שר הביטחון יואב גלנט הנחה על תגבור מאמצי ההגנה על הישובים והכבישים ביהודה ובשומרון בעקבות פיגוע הירי וההתפרעויות שהתרחשו בחווארה. גלנט גם הורה להגביר את הכוננות בגזרת ירושלים וברצועת עזה. הוא אישר תגבור מיידי של הכוחות באזור ירושלים והנחה את צה"ל לסייע למשטרת ישראל במשימות הביטחון ככל שיידרש. "כל המשאבים הדרושים, הן מודיעיניים והן מבצעיים, יוקצו למצוד אחר המחבלים המעורבים בפיגוע הירי", אמר גלנט. צה"ל החליט לתגבר שני גדודים נוספים לגזרת יהודה ושומרון ולהגביר את הבדיקות הביטחוניות בצירי התנועה אל העיר שכם וממנה. חטיבת הצנחנים וחטיבת גבעתי יתוגברו החל מיום ראשון ושני בהתאמה. ראש הממשלה בנימין נתניהו קיים הערכת מצב בעקבות פיגוע הירי והפוגרום בחווארה. גלנט, יחד עם ראשי מערכת הביטחון, השתתפו בדיון עם נתניהו בנוגע לאירוע. בהערכת המצב השתתפו הרמטכ"ל, ראש השב"כ, ראש המל"ל, ראש אמ"ן, ראש אמ"ץ ומתאם פעולות הממשלה בשטחים. גלנט הנחה את כלל כוחות הביטחון לפעול להרגעת השטח ולשמירה על החוק והסדר בגזרה. בחטיבת שומרון פועלים צה"ל, משטרת ישראל ופלוגות מג"ב. כוחות מתוגברים יגבירו את הבדיקות הביטחוניות בצירי התנועה אל העיר שכם וממנה. גדוד צפע של חטיבת הצנחנים (202) החל לתגבר את הביטחון השוטף, ואליו יצטרפו מחר לוחמי גדוד רותם של חטיבת גבעתי (435). פיגוע הירי וההתפרעויות הותירו רבים מודאגים לגבי ביטחון ההתנחלויות והכבישים הישראלים. הממשלה תנסה למנוע הסלמה לצד מתן ביטחון לאוכלוסייה הישראלית באזור.