במהלך הדיון עלו קשיים רבים ביישום ההצעה. ח"כ דלל אמר כי עלות בדיקת דנ"א עומדת על 200 שקלים, והעריך שהקמת מאגר כזה תעמוד על כ-140 מיליון שקל לכל הרשויות המקומיות. לדבריו, בעיריית נתניה, למשל, מדובר על עלות של כשני מיליון שקל או יותר. היו"ר דוד ביטן אמר כי הדבר לא צריך להיות מושת על בעלי הכלבים אלא על הרשויות שיממנו זאת מהקנסות, ואילו ח"כ דלל ביקש שלא להשית זאת על הרשויות. בעקבות זאת אמר היו"ר ביטן כי צריך לפתור את עניין המימון, וכי אולי לפחות בהתחלה לא הכל צריך להיות על חשבון הרשויות. הממונה על השירותים הווטרינריים במשרד החקלאות, עו"ד אודליה אסולין דגני, אמרה כי במשך השנים העמדה הייתה שהרשויות יכולות להתמודד עם התופעה באמצעות חוק עזר ולא באמצעות פיקוח על הכלבים. "ככל שיוחלט לקדם את ההצעה הסמכות צריכה להיות בתחומו של שר החקלאות", אמרה.

יועצת ראש הממשלה לזכויות בעלי חיים, טל גלבוע, אמרה כי זו בדיקה שעולה הרבה כסף, וחשוב שלא להשית אותה על בעלי הכלבים. היא הוסיפה כי צריך הסברה טובה באשר להצעה, כדי שבעלי הכלבים לא ייבהלו, ואפשר להפנות את ההכנסות מהקנסות לטובת המאגר ולרווחת בעלי החיים. יו"ר ארגון הרופאים הווטרינריים ברשויות המקומיות, הד"ר אבי צרפתי, ציין כי כיום יש 700 אלף כלבים רשומים, ואמר כי להצעה יש היתכנות כלכלית. הוא הוסיף כי הקמת המאגר צריכה להיות כלל ארצית, ולא ברמה המקומית, בשל העובדה כי יש תזוזה של כ-25-20 אחוז מהכלבים בין רשות לרשות. עם זאת, במהלך הדיון העלו נציגי משרד החקלאות חשש כי אם יהיה מאגר ארצי והדגימה תילקח בעת הגעה לחיסון או סימון, הדבר יוביל לעלייה במספר הכלבים הלא מחוסנים או רשומים ויישום חוק הפיקוח על הכלבים ייפגע.

יו"ר ארגון הרופאים הווטרינריים לחיות בית, הד"ר ענת ליכטר פלד, אמרה גם היא כי צריך מאגר ארצי, והוסיפה כי הארגון לא תומך ברעיון ומצטרף לעמדת משרד החקלאות לנתק את זה מהחיסונים. היא הוסיפה כי צריך הרבה סממנים גנטיים כדי להבדיל בין כלבים ממטחנת גורים. "מעניין אותי להבין איך זה יעמוד בביהמ"ש, כשאני אבקש שיוכיחו שהדנ"א הוא של הכלב שלי", שאלה ליכטר פלד. מנכ"ל המרכז הגנטי GGA, ד"ר יורם פלוצקי, אמר בתגובה כי הבדיקה אמינה ואין איתה שום בעיה. נציג משרד המשפטים, עו"ד אבינועם ביר, אמר כי לא צריך לזלזל ברצון לקבל עיר נקייה ולא לדרוך על צואה, אבל עלו חששות משמעותיים לפגיעה בפיקוח על כלבים, שיפגעו באכיפה ובהגנה על בני אדם. בעקבות הבעיות הרבות שעלו בדיון ביקש היו"ר ביטן ממשרד החקלאות לרכז את העבודה מול משרדי הממשלה, ולהציג לוועדה את עמדת הממשלה בצורה מסודרת. בנוסף ביקש מיועצת ראש הממשלה לזכויות בעלי חיים לרכז את העבודה מול כל שאר הגופים, בניסיון למצוא פתרונות. הוא הוסיף כי השאלה היא מה תכלית החוק, ואם הרצון לשמור על הניקיון יפגע באינטרסים אחרים חשובים יותר אז ישקול שוב אם לקדם את ההצעה.