השר איתמר בן-גביר הנחה (יום ב', 28.8.23) את כלל גופי המשרד לביטחון לאומי והכפופים אליו להפסיק את שיתוף הפעולה של המשטרה עם קרן וקסנר. במכתב ששלח השר אל מפכ"ל המשטרה, רנ"צ יעקב שבתאי, הנחה את המשטרה להקפיא השתתפותם של קצינים בכירים בהשתלמויות של קרן וקסנר עד לבחינת הנושא. זאת בעקבות חשש שעלה כי קרן וקסנר מקיימת מעורבות פוליטית. מדוברות השר נמסר ל-News1 כי ככל שתהיה כוונה לשת"פים בין קרן וקסנר ליתר יחידות הסמך והגופים הכפופים למשרד ובהם הרשות לביטחון קהילתי, כבאות והצלה, מטה 105 ושירות בתי הסוהר, ההנחיה תקפה גם לגביהם. בן-גביר: "בעקבות תלונות שהגיעו לשולחני, על זיהוי פוליטי של קרן וקסנר עם השמאל הקיצוני ושתפ"ים עם ארגוני שמאל מובהקים כדוגמת שוברים שתיקה, אנחנו מוציאים את המשטרה מפעילות הקרן. המדיניות שלי ברורה, פוליטיקה מחוץ למשטרה. כך פעלתי בעבר, כך אפעל עכשיו". בארגון תורת לחימה מברכים על ההחלטה, ודורשים מנציב שירות המדינה, מראש הממשלה נתניהו, משר הביטחון גלנט, מהרמטכ"ל הרצי הלוי, מראש השב"כ רונן בר, ומראש המוסד דדי ברנע לאמץ את המהלך גם בצה"ל, בשב"כ ובמוסד. "אין לשער את הנזק הערכי שנגרם על-ידי הקרן ובוגריה למערכת הביטחון. די לציין את בוגר הקרן יאיר גולן ונאום זיהוי התהליכים שלו כקצה קרחון לתהליכים שהתחוללו במערכת הביטחון כמהלך מוצהר של שתילת 'סוכני שינוי' בחברה הישראלית ובמערכות המדינה, כדי להבין את עומק הפוליטיזציה בה שרויה המערכת בגלל וקסנר הפרוגרסיבית הקשורה לעבריין ג'פרי אפשטיין, ומשבשת את דעתם של בכירי מערכת הביטחון", מסרו בארגון. קרן וקסנר לא פרסמה תגובה.