לפי חדוה קפלינסקי, כלכלנית במרכז המידע והמחקר של הכנסת, 44% מתחנות טיפת החלב בארץ מופעלות על-ידי משרד הבריאות, 5.5% מופעלות על-ידי העיריות ירושלים ותל אביב וכ-50% מופעלות על-ידי קופות החולים. 59% מהמטופלים הן בתחנות המופעלות על-ידי משרד הבריאות, 14.5% מטופלים בתחנות המופעלות על-ידי העיריות וכ-25% על-ידי קופות החולים. בירושלים מופעלות 39 תחנות, מהם 34 מופעלות ע"י עיריית ירושלים, ואילו בתל אביב 15 תחנות טיפת חלב, 14 מהן מופעלות על-ידי העירייה. מימון תחנות טיפת החלב שמופעלות על-ידי העיריות ירושלים ותל אביב הוא ע"י 70% מתקצוב משרד הבריאות ו-30% על-ידי העיריות, כאשר חלוקה זו מעוגנת בהסכם שנחתם בין הצדדים בשנת תשל"ב (1972). איציק לארי, מנכ"ל עיריית ירושלים, סיפר על האתגרים הייחודיים לעיר: "מדובר בשירות קשה לתפעול עם אוכלוסיות מגוונות, ועל המדינה לשאת בכל העלויות של התחנות, וכבר פנינו בעניין לפני כשבע שנים למשרד הבריאות בדרישה למימון 64 מיליוני שקל הוצאות חריגות בטיפות החלב". נעמה רון, מנהל אגף בריאות הציבור בעיריית תל אביב-יפו, הוסיפה את ההשקעה הנוספת של העירייה בתחנות מעבר לתקציב והשירותים, ולדבריה, ההצלחה ניכרת בסקרי דעת הקהל של התושבים. הילה זרבי, כלכלנית במרכז שלטון המקומי, הדגישה כי מימון העיריות ניתן בדרך כלל לתפעול השוטף של מבנה התחנה, ואף לדבריה משרד הבריאות צריך לשאת במימון כולל. אילנה גנס, ממטה בריאות הציבור במשרד הבריאות, השיבה כי כ-200 רשויות מפעילות בארץ תחנות כאלו, כאשר תשתית המבנה מתוקצב ע"י הרשות, וההפעלה של כוח האדם והציוד הוא של משרד הבריאות. כאשר בירושלים ותל אביב, החלוקה של 70%:30% היא על כלל ההפעלה. היתרון של ההפעלה ע"י הרשות עצמה, כמו בערים אלו, היא החיבור המהיר שלהם לגורמי רווחה. לדבריה, המשרד בוחן את ההפעלה הרצויה לתחנות, בגלל השוני במתן השירותים בתחנות השונות, והסוגיה תוכרע בשנה הקרובה. העיריות יפוצו על המימון היתר בטיפול במפונים. חיים הופרט, סמנכ"ל המשרד, הוסיף כי העיריות תשמחנה להמשיך ולהפעיל את התחנות, והן רואות בהן גאווה גדולה, אך שיטת התקצוב משקפת איזון, כדי שהעירייה תהיה שותפה ומעורבת בשירותי הבריאות לאזרחיה. העיקרון הוא טובת האזרח והתינוק ומשפחתו, ולכן שיטת ההפעלה היא נגזרת מכך. תמר צ'ין, רכזת בריאות באגף התקציבים, הדגישה את מורכבות הסוגיה את האפשרויות השונות להפעלת התחנות, ואת הצורך בהחלטה נדרשת כדי למנוע כפילות ולמקד יעילות, והממשלה הקימה צוות בהשתתפות משרדי הבריאות והאוצר, כדי לבחון את השיטה הרצויה. לדברי רחל פיש, מנהלת מחלקת בריאות הציבור וטיפות החלב ב"מכבי", לחלוקת האחריות המפוצלת להפעלת טיפות החלב בין גורמים שונים, ישנם חסרונות בולטים, ככפל תשתיות, היעדר רצף טיפולי וקושי במתן שירות אחיד. לכן, לדבריה, נדרשת העברה של כלל טיפות החלב ממשרד הבריאות ומהעיריות לקופות החולים. הקופות מיומנות ומנוסות יותר, בעלות תודעת שירות ומומחיות מיטבית והן חשופות למכלול התיק הרפואי של המטופל ובני משפחתו. גם מבחינת נגישות למידע, המהלך יאפשר שירות רציף ויעיל יותר, גם לאחר הגיל הרך.