לצורך שיפוץ המעון הרשמי בבלפור נדרש בשנת 2018 לפנותו מיד מדייריו. במאי 2018 החליט משרד רה"מ, כי נתניהו ישהה בתקופת השיפוץ במעונו הפרטי בקיסריה (ולא ברחוב עזה). אב הבית מסר, כי לשם כך יש לבצע עבודות תחזוקה בווילה. עד ינואר 2019 התעכב משרד רה"מ בקבלת החלטה בנוגע להיקף המימון הציבורי לעבודות אלו, בשל קושי להבחין בין פעולות תחזוקה ובין פעולות העשויות להשביח את המבנה. התוצאה הייתה עיכוב בתחילת העבודות בבלפור. עד נובמבר 2019 בוצעו במעון בקיסריה עבודות מיגון בעלות של 795,000 שקל ועבודות תחזוקה בעלות של 190,000 שקל, מהן 165,200 שקל במימון משרד רה"מ ו-24,800 שקל במימון פרטי, בהתאם להנחיית חשב המשרד. כזכור, עבודות אלו נועדו לאפשר את מעברה של משפחת נתניהו לקיסריה. אולם, המשפחה נותרה בבלפור עד הקמת ממשלת בנט-לפיד ביולי 2021. התוצאה: עיכוב של 18 חודשים נוספים. במסגרת השיפוץ של המעון בבלפור, רכש משרד רה"מ בשנים 2018 ו-2019 מוצרים למיגון החצר הפנימית ולהחלפת המטבח בסך 11.9 מיליון שקל. המוצרים כללו בין היתר מעטפת מיגון וכן מטבח ומוצרי חשמל. בעקבות העיכוב בשיפוץ, המוצרים התיישנו או הושמדו, וברובם כבר אי-אפשר להשתמש. דחיות חוזרות ונשנות של עבודות השיפוץ גרמו לעלויות נוספות, בין היתר בגין אחסון המוצרים וביטול הזמנות מספקים, בסך 3.9 מיליון שקל. ההוצאה על המוצרים האלה הסתכמה אפוא ב-15.8 מיליון שקל. ביולי 2021 הניע משרד רה"מ את תכנון פרויקט "וילה תהילה" לשיפוץ המעון בבלפור. כחמישה חודשים לאחר מכן משרד רה"מ עירב את השב"כ בפרויקט. בנוגע לתקופה הזאת עלו בביקורת שלושה ליקויים: (א) עד סוף 2021 הפרויקט התנהל ללא הקפדה מספקת על אבטחת המידע, ובכך הועמד בסיכון מידע בעל רגישות ביטחונית. (ב) רק במארס 2022 עודכנו תכולות הפרויקט בהתאם להנחיות השב"כ ועלות הפרויקט עודכנה מ-54 מיליון שקל ל-123 מיליון שקל, ובהמשך צמצם השב"כ את דרישותיו לתכולות הפרויקט ל-50 מיליון שקל. (ג) השב"כ התנה את צמצום דרישותיו לתכולות הפרויקט בקידום לאלתר של פרויקט שירה, מה שלא נעשה. במשך 5.5 שנים, ממאי 2018 עד נובמבר 2023, לא השלים משרד רה"מ את עבודות השיפוץ של המעון בבלפור. עקב כך ומכיוון שבמהלך תקופה זו כיהנו בישראל שלושה ראשי ממשלה, נדרש המשרד לפעול למיגון כמה מעונות פרטיים - בקיסריה, ברעננה, בתל אביב וברחוב עזה בירושלים - ולבצע בהם התאמות לצורכי פעילותם של ראשי הממשלה. כאמור, העלות המצטברת של העבודות (בעיקר עבודות המיגון) הייתה 56 מיליון שקל, וברוב האמצעים שהותקנו במסגרת העבודות לא ניתן לעשות שימוש חוזר. במהלך השנים הללו משרד רה"מ לא שב ובחן חלופות לרכישה או לשכירה של מבנה אחר בירושלים למגורי ראשי הממשלה.

עלות אבטחת המעון הפרטי-חלופי של בנט הסתכמה ב-24.9 מיליון שקל. לצורך מיגון מעון זה שכר משרד רה"מ במשך 12.5 חודשים אמצעי אבטחה ומיגון זמניים בסך 9.5 מיליון שקל. האמצעים נשכרו מכוח הסכם שנועד לספק אמצעים לאירועים נקודתיים, חלקם בתשלום לפי שעות, מודל שלא התאים לשכירת הציוד למיגון ממושך ורצוף של מעון ראש הממשלה. עקב כך שילם המשרד על פריטים נלווים - תאי שירותים ניידים ב-103,000 שקל לפריט בחודש, גנרטורים ב-390,000 שקל לפריט בחודש - ובסך הכל 6.2 מיליון שקל. הסכום ששולם עלה באלפי אחוזים על הסכום שנדרש אילו נשכרו האמצעים מראש לפרקי זמן ארוכים יותר. במעון ברעננה הותקנו, על-פי דרישות השב"כ, אמצעי מיגון קבועים בסך 14.5 מיליון שקל. השב"כ הניח בעת קבלת החלטה זו, כי אפשר יהיה לעשות שימוש חוזר באמצעים, אולם קרוב לוודאי שאפשרות זו לא תמומש הלכה למעשה. למשל, 6.8 מיליון שקל הוצאו על רכישת ציוד אבטחה פיזית, שלדברי משרד רה"מ אינו בר שימוש חוזר, ו-5.7 מיליון שקל הוצאו על רכישת אמצעים טכנולוגיים שלדברי משרד רה"מ ניתנים לשימוש חוזר, אולם הם נמצאים באחסון ועלולים להתיישן. עלות אבטחת המעון הפרטי של לפיד הייתה 3.58 מיליון שקל, מהם 2.79 מיליון שקל (78%) עבור שכירת אמצעי אבטחה ומיגון זמניים. בתקופה זו עמדה בתוקף התקשרות קודמת של המשרד לאספקת אמצעי אבטחה ומיגון זמניים, שלא תוכננה לתת מענה על צורך ארוך טווח. משרד רה"מ בחן כמה חלופות לשכירת האמצעים הזמניים במחיר מופחת, ולבסוף שכר תאי שירותים במחיר המותאם לשכירות ארוכת טווח וכן שכר גנרטורים במסגרת ההתקשרות הקיימת. לצורך מיגון מעונו של לפיד לא נעשה שימוש באמצעים שפורקו ממעונות אחרים. עלות עבודות האבטחה והמיגון (כולל שכירת דירות למאבטחים) במעונותיו של נתניהו ברחוב עזה בירושלים ובקיסריה הסתכמה ב-27.8 מיליון שקל, מהם 8.7 מיליון שקל בקיסריה ו-19.1 מיליון שקל בקיסריה. במעון ברחוב עזה נמצאו ליקויי בטיחות במרפסות. משרד רה"מ שכר שני יועצים לבדיקות הנדסיות במבנה, וקביעת מהות הליקויים והיקף העבודות שיש לבצע כדי לתקנם. יועץ א', שנשכר על-ידי אגף ביטחון וחירום, העריך את עלות ביצוע העבודות ב-4-3 מיליון שקל. יועץ ב', שנשכר לבקשת החשבות והלשכה המשפטית, ביצע בדיקות נוספות והעריך את עלות העבודות ב-250,000 שקל בלבד. ועדת המכרזים במשרד רה"מ וועדת הפטור באגף החשב הכללי במשרד האוצר החליטו להכפיל ל-25 מיליון שקל את ההתקשרות למיגון המעון ברחוב עזה, בתנאי שתינתן עדיפות לחלופה הזולה יותר, וסכום ההתקשרות בנוגע למרפסות המעון לא יחרוג מ-750,000 שקל. אולם, אגף הביטחון והחירום העביר לקבלנים בקשה להצעות מחיר לביצוע העבודות על בסיס 3 מיליון שקל לפחות. הצעת המחיר הזולה ביותר הייתה 2 מיליון שקל בתוספת תקורה. באוקטובר 2023 אישרו שתי הוועדות את בקשת אגף הביטחון והחירום להקציב 1.7 מיליון שקל ברכיב הקונסטרוקציה; צוין, כי המקור התקציבי יהיה הפחתה בעלות רכיבים אחרים. עד פברואר השנה לא הושלמו עבודות המיגון ברחוב עזה.

בפברואר 2023 התריע יועץ מיגון בפני משרד רה"מ, כי המעון ברחוב עזה אינו מתאים לזמן מלחמה. לאחר שפרצה מלחמת חרבות ברזל, התגורר נתניהו – במשך חודש לפחות – מחוץ למעון זה. משרד רה"מ פעל להצבת מרחב מוגן בחצר המעון בעזה בעלות מוערכת של 474,000 שקל. נכון לנובמבר 2023, העלות הצפויה של מיגון המעון ברחוב עזה מסתכמת ב-18 מיליון שקל. אנגלמן מציין, כי צורכי האבטחה והמיגון של המעונות הפרטיים של ראשי הממשלה והיקף הציוד הנדרש למתן מענה על צרכים אלה מוצעים בידי משרד רה"מ, על סמך דרישות שב"כ, ומאושרים בידי השב"כ, על בסיס שיקולים מקצועיים-ביטחוניים, וללא שקילה שיטתית של שיקולים כלכליים לצורך חיסכון בעלויות. משרד רה"מ פעל בשני מקרים - פרויקט אלמוג והפרויקט בבלפור - לבחינת אמצעי האבטחה העומדים בדרישות השב"כ על סמך שיקולי ביטחון, ורק בהמשך בחן שיקולים כלכליים לשם חיסכון בעלויות. בפרויקט אלמוג נאמדו עלויות המיגון ב-270 מיליון שקל, ולאחר שקילת שיקולים כלכליים צומצם האומדן ל-55 מיליון שקל (חיסכון של 80%). במעון בבלפור נאמדה עלות השיפוץ ב-54 מיליון שקל, לאחר גיבוש תכולות הביטחון על-ידי השב"כ היה האומדן 123 מיליון שקל, ולאחר שקילת שיקולים כלכליים הוא צומצם ל-50 מיליון שקל. במקרים אחרים, כגון במעון של בנט ברעננה, המשרד לא פעל כך. לעיתים הצבת אמצעי אבטחה ובינוי ביטחוני במעונות הפרטיים של ראשי הממשלה ובסביבתם, מותנים בהליכים לפי דיני התכנון והבנייה. לנוכח מאפייניו הביטחוניים של הבינוי, משרד רה"מ רשאי לנקוט הליך תכנוני מזורז, באמצעות פנייה לוועדה למתקנים ביטחוניים (ולמ"ב). בדיון במשרד המשפטים במאי 2021 הוצע, כי עם העלאת הצורך בהצבת אמצעי מיגון סמוך למעון שר שהאחריות לאבטחתו חלה על משרד רה"מ, יציב המשרד בשלבים הראשונים אמצעי ביטחון זמניים ויקבל מן הוולמ"ב היתר זמני להצבתם, ולאחר השלמת הליך סדור בוולמ"ב יקבל אישור קבוע לכך ויציב אמצעים קבועים. באוגוסט 2021 קיבל משרד הביטחון ממשרד רה"מ בקשה להניע תהליך תכנוני בוולמ"ב בנוגע למעון של בנט ברעננה, אך לא קידם את הבקשה כיוון שלא צורפו אליה כל המסמכים הנדרשים. משרד רה"מ ביצע את העבודות עד אפריל 2022, בלי שווידא שבקשתו ממשרד הביטחון טופלה, והוא קידם בפועל את הסדרת הבינוי בהיבטי תכנון ובנייה רק לאחר שאמצעי המיגון הקבועים כבר הוצבו בסביבת המעון. בשל כך, הוצבו אמצעי מיגון קבועים בניגוד לדיני התכנון והבנייה, ולא הוקנתה זכות ההתנגדות למי שהיה עלול להיפגע מהעבודות. במעונו של לפיד, לעומת זאת, התקבלו ההיתרים מראש. כאשר חזר נתניהו לתפקיד ראש הממשלה בדצמבר 2022, ביקש אגף הביטחון במשרד רה"מ להציב אמצעי אבטחה סמוך למעונו בקיסריה. התברר, כי חלק מאמצעי האבטחה אשר הוצבו בסביבתו בשנים 2019-2003 מוצבים שלא כדין. במהלך הביקורת החל משרד רה"מ לפעול לקבלת אישור ולמ"ב להצבת האמצעים. ניהול פרויקט שירה הופקד בכוח או בפועל בידי כמה גופים, ובהם אגף ההנדסה והבינוי במשרד הביטחון (אהו"ב) ומשרד רה"מ. במשך קרוב לחמש שנים לא הצליח האגף לקדם את הפרויקט ואף לא לקדם הליך תכנון ראשוני במסגרתו. זאת, בין היתר, על-רקע היענות חלקית של משרד רה"מ לדרישות האגף לקבל נתונים הנחוצים לתכנון הפרויקט ועל-רקע היעדרו של גורם מוסכם שיופקד על הובלת הפרויקט. כאמור, טרם התקבלה אפילו החלטה האם לבצע את הפרויקט. משרד רה"מ ביצע במשרד (בקריה בירושלים) עבודות אבטחה, שיפוץ ומיגון, ובכלל זה במזכירות הממשלה, בחדר הקבינט ובלשכת ראש הממשלה, בהיקף של 14.7 מיליון שקל, ואולם בשאר חלקי מבנה המשרד לא בוצעו העבודות המתוכננות לתיקון ליקויי בטיחות חשמל ואש. בדיעבד נמצאו פערים בין תכולות הציוד שמשרד רה"מ הזמין לצורך העבודות במשרד ובין התכולות שהוא קיבל בפועל, מבחינת היקף הציוד, השימוש שניתן לעשות בו ואיכותו.

אנגלמן ממליץ, כי משרד רה"מ יביא לפני הממשלה בהקדם "הצעת מחליטים" לצורך קבלת החלטה בדבר פרויקט אלמוג ופרויקט שירה; כי משרד רה"מ יפעל לקביעת גורם אחד שיהיה אחראי לקידום ההחלטה בדבר הקמת הפרויקט וליישומה; כי הגורמים המקצועיים במשרד רה"מ יפעלו בתיאום עם הגורמים המקצועיים המעורבים בפרויקט; וכי משרד רה"מ יפרט בהצעת מחליטים לממשלה את תפקידי ועדת ההיגוי וסדרי התיאום בין הגורמים העוסקים בפרויקט, ויגבש כבר כעת את המנגנון לתיאום בין השותפים לפרויקט בשלביו השונים. מומלץ כי משרד רה"מ ישלים בהקדם האפשרי את ביצוע העבודות הנדרשות לצורך מיגון המבנה שבו שוכן המשרד; כי המשרד יקיים בקרה שוטפת על אספקת ציוד במסגרת פרויקטים שבניהולו, יתעד את ממצאי הבקרה ויוודא במועד קרוב ככל הניתן למועד האספקה כי הציוד שסופק תואם את הציוד שהוזמן ולטפל במקרים של פערים באספקה. מומלץ כי משרד רה"מ, בשיתוף השב"כ, יפעל בהקדם האפשרי ליישום הפתרון המתוכנן למיגון המעון בבלפור, תוך ביצוע מעקב תקציבי הדוק וכן תוך מעקב אחר קצב התקדמות הפרויקט בהתאם ללוח הזמנים המתוכנן. מומלץ שמשרד רה"מ וחטיבת הנכסים באגף החשכ"ל יבחנו חלופות אחרות למעון הרשמי, כגון רכישה או שכירה של מבנה אחר בירושלים אשר ישמש את ראש הממשלה כמעון רשמי אחד המתאים לצרכיו ויאפשר מיגון בהתאם לדרישת גורמי הביטחון. כמו-כן מומלץ, כי בחינה כאמור תתחשב בתרחיש "איומי המלחמה". לנוכח העובדה שמהמעון ברחוב עזה אינו מתאים לאיומי מלחמה, יש מקום שהמשרד יקבל החלטה בנוגע להמשך מגורי ראש הממשלה במעון זה. בעניין זה נדרש, כי השב"כ ישולב בהליך הבחינה וההחלטה בנושא. מומלץ כי בעת קביעת תכולות מיגון של מעונות ראשי ממשלה, יפעלו השב"כ ומשרד רה"מ לגיבוש חלופות לתכולות ולחישוב עלויותיהן. זאת, לצורך השגת איזון בין צורכי המיגון לבין שמירה על משאבי הציבור וחיסכון מירבי בעלויות. בהקשר לכך מומלץ כי חשבות המשרד תעשה בקרה על העלויות של החלופות השונות לפני שתתקבל החלטה בעניינן. במידת הצורך, יש להעלות את הסוגיה להכרעת הגורמים הבכירים בשב"כ ובמשרד רה"מ. אנגלמן מסכם: "בסופו של יום ממצאיו של דוח זה משקפים חולשה מתמשכת של משרד רה"מ לאורך עשור בקבלת החלטות בדבר הקמת מבנה חדש למשרד ושיפוץ מעונו הרשמי של ראש הממשלה, ובהוצאתן לפועל; חולשה זו הובילה להוצאות ניכרות על מיגון ובינוי במעונות פרטיים של ראשי ממשלה, שהתאפיינו בחוסר יעילות ובבזבוז כספי ציבור; בינוי בנכסים פרטיים במימון אוצר המדינה מביא לכדי עירוב לא רצוי בין הפרטי לציבורי".