לפני כן, בסיום חקירתו הנגדית בידי עו"ד בועז בן-צור, התייחס שמרון לשאלון ניגוד עניינים ששלח בשמו של נתניהו למבקר המדינה דאז, יוסף שפירא, בנובמבר 2015 לאחר פרסום תחקירו של גידי ויץ על קשריו של נתניהו עם וואלה ושאול אלוביץ. שמרון אישר, כי היה מדווח על קשר חברי קרוב בין השניים אם היה יודע על כך, אך לא מצאת שיש לכך הצדקה. עוד אמר כי אין כל הצדקה לדווח על קשרים עם התקשורת כניגוד עניינים אפשרי: "זה דבר שלא מתקבל על הדעת. התקשורת היא ליבת העשייה הפוליטית במדינה דמוקרטית. אין חובה לדווח. זה רחוק קילומטר מהרף". שמרון הגדיר כ"הטעיה כמעט בוטה" את העובדה שהחוקרים לא הציגו לו את חוות דעתו של היועץ המשפטי דאז, אביחי מנדלבליט, משנת 2016 בנוגע לקשרים בין נתניהו לאלוביץ. זאת, כאשר נחקר על התשובה שהגיש בנובמבר 2016 לעתירה בנושא ודיבר על "חברות קרובה" בין השניים. לדבריו, "מי שבמשרדי ערך את המסמך הזה, ככל הנראה הסתכל במסמכים אחרים ופחות או יותר עשה cut & paste מתוכם. אילו היו מראים לי את זה במשטרה, מן הסתם הייתי נותן תשובה דומה מאוד לזו שאני נותן לך, ולא את התשובה שנתתי כאשר לא הראו לי שום מסמך ולא יצרו הקשר". שמרון הוסיף: "אני עדיין חושב, שאם אומרים לי שצריך לתחזק חברות על-ידי פגישות תקופתיות - זו לא חברות אמיצה. חבר אמיתי, אתה לא צריך לתחזק בפעולות מלאכותיות". השופט משה בר-עם: "האם הנתונים הללו הובאו לידיעתך?" שמרון: "לפני הכנת חוות הדעת [במאי 2016] לא נכנסתי לרזולוציה הזאת. הייתה לי שיחה כללית עם נתניהו והוא אמר לי מה שאמר. "אילו היו מראים לי החוקרים את האבולוציה הזאת, אני מניח שהתשובה שלי שם הייתה שונה בתכלית. השאלה היא האם יש או אין מעבר של הרף. כאשר אני רואה את כל החומרים, המסקנה שלי שהרף של החברות הקרובה והיחסים הקרובים לא נעבר. אילו הייתי צריך לכתוב כעת את חוות הדעת, יכול להיות שהייתי כותב טיפה אחרת, אולי במישור העובדתי, אבל המסקנה שלי תהיה זהה". בנובמבר 2019 כתב החוקר צחי חבקין מזכר על השלמת חקירה של שמרון בתיק 3000. בחקירה טען שמרון, כי נאמר לו "ציטוט לא מדויק" בתיק 4000 בהתייחסו לתשובה לעתירה, ואמר שהמקור היה חוות הדעת של מנדלבליט. חבקין ציין, כי הפסיק את שמרון: "עזוב את זה".