הסניגוריה שבה ועומדת על מצוקת הכליאה הקשה, אשר החמירה בהרבה מאז פרוץ המלחמה. בסוף מארס היו כלואים 21,183 בני אדם, למעלה מפי 1.5 מהתקן, 55% מהם – בתנאי צפיפות קשים של פחות משלושה מ"ר לאדם. 4,200 כלואים ובהם 800 פליליים לנים שלא על מיטה, ברובם המכריע על גבי מזרנים שעל הרצפה. לצד הבנת המצב החריג הנובע מהמלחמה, סבורה הסניגוריה, כי לא ניתן להשלים עם מציאות בה מוחזקים אלפי עצורים ואסירים בשטח מחיה בלתי אנושי לאורך תקופה הולכת ומתמשכת, תוך הפרת זכויות אדם בסיסיות. הסניגוריה ציינה שהיא כמובן ערה למצוקה החמורה של מקומות הכליאה עקב מצב הלחימה. עם זאת, דווקא בהינתן מצוקה זו, מן הראוי לנקוט צעדים רחבים יותר שיסייעו להשגת התכלית העיקרית של הרחבה מיידית של היקף מקומות הכליאה, תוך הימנעות מפגיעה עודפת בזכויות העצורים והאסירים ובתנאי מחייתם, הקשים ממילא עוד לפני פרוץ המלחמה בשל משבר הכליאה. חרף הנתונים העגומים אשר הלכו והחמירו מדיווח לדיווח, החליטה הוועדה לביטחון לאומי של הכנסת להאריך את הוראת השעה במספר חודשים, מבלי לבצע בה תיקונים מהותיים כלשהם ובאופן שיביא להמשך החזקתם דה-פקטו של אלפי עצורים ואסירים בתנאים הפוגעים אנושות בכבודם, ואף להחמרה נוספת של המצב עקב קליטתם הצפויה של עצורים ואסירים נוספים. בעיית הצפיפות היא תוצר לוואי של מדיניות כליאה רחבה מדי, מדיניות אשר גובה מחירים כבדים לא רק מאוכלוסיית הכלואים ומשפחותיהם אלא גם מהחברה, לנוכח העלויות הגבוהות של הכליאה והשפעתה על רצידיביזם [עבריינות חוזרת]. המפתח לפתרון בעיית הצפיפות טמון בצמצום כליאה עודפת: הפחתת שיעורי המעצרים בפרט בעבירות קלות, צמצום השימוש במאסרים קצרים, הגברת השימוש במנגנון השחרור המוקדם ועוד. לעמדת הסניגוריה, עם קליטתם הפתאומית של אלפי עצורים ואסירים עקב המלחמה, מצופה היה, כי תיערך חשיבה מחודשת וינקטו צעדים מיידיים להפחתת הצפיפות במתקני הכליאה. למרות זאת נראה, כי הגורמים האמונים על הנושא ממשיכים להשליך יהבם על פתרונות הדרגתיים מבוססי בינוי. הסניגוריה פנתה בחודשים האחרונים לגורמים המקצועיים הרלוונטיים ולוועדה לביטחון לאומי בכנסת, והציגה שורה של הצעות לצעדים אפשריים להקלה בבעיית הצפיפות במתקני הכליאה. לדבריה, יש לפעול לצמצום שיעור המעצרים; להפחתת השימוש במאסרים קצרים, לצד הרחבת המענים החלופיים והעדפת האינטרס השיקומי כאשר מדובר בעבירות ברמת חומרה בינונית; לקיצור משך המאסר באמצעות שיפור מנגנון שחרור על תנאי; ולבלימת יוזמות חקיקה שיובילו להחמרה בענישה ולשימוש מוגבר בעונשי מאסר במקרים שאינם מתאימים לכך. היעא הציעה גם מתן חופשה מיוחדת לאסירים המצויים לקראת תום תקופת מאסרם; הרחבת השחרור המענהלי של קבוצות אסירים מסוימות ובמיוחד אסירים השפוטים לתקופות קצרות; יצירת חלופה לכליאה של מאסר בית בפיקוח אלקטרוני (משמורת בקהילה) ועוד.

עוד אומרת הסניגוריה, כי צמצום המתכונת של פעילות בתי המשפט, בעיקר בראשית ימי המלחמה, היה צעד מתחייב בנסיבות העניין. עם זאת, לצמצום הניכר של הדיונים המשפטיים אף בהמשכו של מצב החירום, התלוותה פגיעה קשה בזכויות נאשמים ובמיוחד בזכויות עצורים ואסירים. כך למשל, אי-שמיעת דיונים בתיקים פליליים של נאשמים המצויים במעצר עד תום ההליכים, הביאה לעינויי דין ולהתמשכות המעצר במשך שבועות ארוכים, לעיתים תוך הארכת תקופת המעצר מעבר לעונש הצפוי לכשיינתן גזר הדין. גם נאשמים המשוחררים בתנאים מגבילים, אשר לעיתים נתונים תחת הגבלה ניכרת של החרות ושל האפשרות להתפרנס, נפגעו כתוצאה מדחיית דיונים ועיכוב במשפטם. לצד זאת נדחו דיונים רבים בוועדות שחרורים, באופן שהביא לעיכובים בשחרור על תנאי ממאסר של אסירים רבים, וכפועל יוצא – להחרפת הצפיפות במתקני הכליאה. כן נדחו הדיונים בעתירות אסירים, למרות שמדובר באוכלוסייה פגיעה אשר הייתה חשופה להרעה ניכרת ומתמשכת בתנאי הכליאה. ההכרזה על "הגבלה ביטחונית" עדיין עומדת בתוקפה, מציינת הסניגוריה. לצד הצורך הביטחוני העומד בבסיס ההכרזה, יש לבחון את הדברים גם בשים לב לפגיעה בזכויות העצורים והאסירים על-מנת שיושג האיזון הראוי, וזאת בייחוד לאור התמשכות הפגיעה. עוד יש לשקול את חריגותו והיקפו של הסדר החירום, אשר קובע באופן אפריורי וגורף "הנחת מסוכנות" ביחס לכלל העצורים והאסירים הביטחוניים, וכפועל יוצא, למעט חריגים מסוימים וצרים יחסית, כל הדיונים בעניינם יתקיימו בדרך של היוועדות חזותית. הסניגוריה אומרת כי היא גם מקבלת דיווחים של סניגורים בדבר קשיים ניכרים ומהותיים המתעוררים בקיום דיונים בהיוועדות חזותית בעניינם של כלואים ביטחוניים.

הדוח עוסק בהרחבה בהצעות לייעול המערכת הפלילית, לנוכח העובדה שבישראל מוגשים 45,000 כתבי אישום מדי שנה. הסניגוריה מתריעה, כי בדיונים שונים עולים רעיונות הכרוכים בפגיעה משמעותית בזכויות נאשמים ובהגדלת הסיכון להרשעות שווא, כמו למשל צמצום זכות העיון בחומר חקירה, שמיעת בקשות לגילוי חומר חקירה בפני המותב שדן בתיק, חיוב סניגור להשיב לכתב האישום בטרם קיבל את מלוא חומר החקירה, חיוב סניגורים לתת מענה מפורט לכתב האישום או להודיע כבר בתחילת ההליך על ויתור על עדים, הטלת הוצאות על ההגנה אם תחקור נגדית עדים מומחים ועוד כהנה. בנוסף, מעת לעת מיוצרים מנגנונים וכלים שונים בחקיקה, במטרה לייעל את ההליך הפלילי, לנתב תיקים קלים לאפיקים חלופיים ולאפשר ניהול מהיר יותר של התיקים הקיימים. בפועל מסתמן, היא טוענת, כי חרף הניסיונות לייעל את ההליך, המנגנונים המקלים – כדוגמת הסדר לסגירת תיק מותנה - מביאים לעיתים ל"הרחבת הרשת". בסופו של דבר, יצירת אפיקים אלו לא מביאה להפחתה של הגשת כתבי אישום במקרים קלים, אלא לנקיטה בהליכים באותם מקרים שבהם בעבר היו נסגרים ללא נקיטה בהליכים כלשהם. ימי המוקד - מנגנון משמעותי במיוחד לייעול ההליך הפלילי, אשר במסגרתו מתנהלים מרבית ההליכים הפליליים בישראל - מייצרים בפועל הליך ארוך ומסורבל, אשר מקשה על נאשמים הכופרים באישום נגדם לברר את עניינם בהליך הוכחות. הסניגוריה מתריעה, כי שמיעת דיונים באמצעות ההיוועדות החזותית כרוכה בפגיעות מובְנות בזכויותיהם היסודיות של עצורים ונאשמים לכבוד ולהליך הוגן, וביניהן: פגיעה ביכולת להבין ולהשתתף באופן פעיל בדיון; פגיעה באפשרות השופט להתרשם מהעצור באופן ישיר ובלתי אמצעי; פגיעה ביחסי עורך דין עם לקוחו נוכח הקשיים העשויים להתעורר בחיסיון השיחות ובקיום תקשורת תקינה לפני, במהלך ולאחר הדיון; ופגיעה במראית פני הצדק כאשר השוטר, התובע, השופט והסניגור מצויים יחדיו באולם, בשעה שהעצור יושב בחדר נפרד ומרוחק. מתוצאות מחקר שערכה הסניגוריה החל מסוף 2022 ובמהלך 2023 עולה, כי האיזון עליו עמד המחוקק מופר, הוראות החוק שמיועדות לתת מענה לפגיעה בזכויות היסוד אינן מיושמות כראוי, וכי תמונת המצב בשטח משקפת ליקויים רבים היורדים לשורש דרישת הנוכחות של אדם בדיון המכריע את גורלו. לדברי הסניגוריה, יש צורך בשיפור משמעותי ומיידי של אופן יישום ההסדר בשטח, ובמקביל לכך בשקילה זהירה של קיום הדיונים בהיוועדות חזותית במקום בנוכחות פיזית, תוך מתן ביטוי משפטי מתאים להפרת הוראות החוק והתקנות בהליכים הרלוונטיים. בדעת הסניגוריה להנחות את אנשיה להתנהל ברוח עקרונות אלה. הסניגוריה סבורה, כי יש לקבוע סוגי דיונים מסוימים שבכל מקרה יהיה חובה לקיים באופן פרונטאלי, אלא אם העצור ביקש לקיימם בהיוועדות חזותית. לכל אורכם של הדיונים הסניגוריה פעלה לכך שהדיונים במתכונת זו ייעשו לכל הפחות בדרך של היוועדות חזותית מלאה (כלומר אמצעי המאפשר העברת תמונה וקול בזמן אמת), ולא באמצעות שיחת טלפון בלבד. עוד אומרת הסניגוריה, כי הנתונים מלמדים על שחיקה בזכות הערעור, ועל כך שבמקרים רבים בתי המשפט מעודדים את המערער לחזור בו, בלי "תמורה" בדמות הקלה בעונש. חזרת ההגנה מערעור במקרים אלו נובעת פעמים מאמירות של בתי המשפט, לפיהם אם המערער לא יחזור בו מן הערעור וייכתב פסק דין – הרי שהדברים שייכתבו שם עלולים לפגוע בו בעתיד ולהשליך על שחרורו המוקדם ממאסר.