בית הכנסת הגדול והמפואר של וילנה, שנבנה במאה ה -17 בסגנון הרנסנס-בארוק, היה המבנה העתיק והמשמעותי ביותר של יהדות ליטא, עד שנחרב בתקופת השואה. בימיו הטובים, בית הכנסת היה מוקף בקומפלקס של מקוואות ומוסדות קהילתיים שיצרו מרכז גדול של לימוד תורה וקהילה - זה היה הלב הפועם של התנועה היהודית הליטאית, אשר כלל 12 בתי כנסת ובתי מדרש, את בניין מועצת הקהילה, את בית הגאון מווילנה, דוכני בשר כשר, את ספריית "שְטרָאשוּן" המפורסמת ועוד.
המקום, שהיה קדוש ליהודי ליטא, נבזז ונשרף על-ידי הגרמנים הנאצים, מאוחר יותר שרידיו נהרסו כליל על-ידי השלטונות הסובייטיים, ובית הספר מודרני נבנה במקום.
בעונת העבודה בשנת 2015, הראו תוצאות סקר ראדאר חודר קרקע שרידים משמעותיים של בית הכנסת מתחת לפני השטח,- ומאז, התקיימו 5 עונות חפירה במקום, החושפות את עברו העשיר של המתחם.
לדברי מנהלי החפירה, ד"ר יוחנן (ג'ון) זליגמן מרשות העתיקות ויוסטינאס ראקאס מאגודת הארכיאולוגיה הליטאית, "השרידים המפוארים שאנחנו מגלים - בימת בית הכנסת שנחשפה בעונת החפירה הקודמת - כמו גם העיטורים הצעוניים של הרצפה והקירות- מקימים לחיים רגעים בחיי תהילה תוססת שגוועו באחת. העושר והחיות שאנחנו פוגשים - לצד חורבן עמודי ענק מרשימים שקרסו במהלך הרס בית הכנסת על-ידי הנאצים והרוסים, מספרים את סיפורה הטראגי של קהילה שחיה כאן במלוא עוצמתה, ואיננה עוד".