לוין והממשלה אומרים בתגובתם, כי יש לדחות על הסף את העתירה בשל ארבעה נימוקים: לעותרים אין זכות עמידה, העתירה מוקדמת ותיאורטית, העתירה לוקה בחוסר נקיון כפיים בדמות מצג עובדתי חלקי ומטעה, והעותרים לא מיצו הליכים כנדרש לפני הגשתה. לגופם של דברים טוענים לוין והממשלה, כי בהחלטה על הקמת הוועדה לא נפל כל פגם המצדיק את קבלת העתירה. חוק הממשלה מסמיך את שר המשפטים להקים "ועדה לבדיקת נושא או אירוע מסוים המצוי בתחום אחריותו, ובראש הוועדה עומד שופט בדימוס" ולהעניק לה סמכויות של ועדת חקירה. "הרשות השופטת דנה בהליכים משפטיים שמובאים בפניה. היא איננה הגורם האחראי והמפקח על פעילות גורמי האכיפה ועל האופן בו הם השתמשו ברוגלות. היא איננה אמורה או ערוכה לחקור את התנהלות גורמי האכיפה", נאמר בתגובה. "האם הרשות השופטת היא זו שתוכל להקים מיוזמתה ועדת בדיקה כדי לחקור אם המשטרה והפרקליטות אישרו שימוש ברוגלות כנגד אזרחים בניגוד לדין? האם אין זה מתפקידם של המשיבים 3-2 [לוין והממשלה] לפקח על פעילות גורמי האכיפה ולבדוק שהם לא פוגעים בזכויות הפרט שלא כדין? האם הפרקליטות והיועץ המשפטי לממשלה אינם חלק ממשרד המשפטים אשר נמצא תחת אחריות המשיב 2?" לוין והממשלה מוסיפים: "ההלכה הפסוקה היא שלממשלה שיקול דעת רחב בקשר עם הקמת ועדות בדיקה או חקירה, כך שהיקף הביקורת השיפוטית על ההחלטה להקים או לא להקים ועדת בדיקה או חקירה לבדיקת עניין מסוים ועל אופי החקירה שתיעשה לבדיקת אותו עניין הינו מוגבל ביותר, ופסילת החלטה מעין זו שמורה למקרים חריגים ונדירים שכמותם עוד לא באו בפני בית המשפט. "יודגש, כי אין ולא הייתה כוונה שהוועדה תתערב בהליכים משפטיים תלויים ועומדים במובן שתתיימר לתת הוראות לערכאות שיפוטיות. הדבר כלל לא אפשרי ואין לו זכר בכתב המינוי והחלטת הממשלה". מיארה דורשת שהוועדה כלל לא תעסוק בתיקים תלויים ועומדים; הממשלה ולוין מתנגדים לכך, "שכן הדבר יצמצם באופן מהותי את הבדיקה של הוועדה עד כדי איון מוחלט וריקונה מתוכן". זאת, לנוכח העובדה שהשימוש ברוגלות נעשה רק בחקירות, המובילות להליכים משפטיים ממושכים. לדברי לוין והממשלה, "קיים קושי מהותי במצב שבו הגופים שנחקרים על-ידי ועדת הבדיקה הממשלתית יוכלו לצמצם ולמעשה לקבוע לפי ראות עיניהם את מסגרת הבדיקה באמצעות הודעה שמקרים כאלה ואחרים עודם תחת חקירה או הליכים תלויים ועומדים ולכן הוועדה כלל איננה יכולה לבחון אותם ולעסוק בהם... אין מניעה שהוועדה תבחן את כל המקרים בהם נעשה שימוש ברוגלות, כולל אלה בהם עדיין מתקיימים הליכים משפטיים או חקירות, בדיוק כפי שוועדת מררי, כמו גם פרקליטות המדינה, בחנו שימוש ברוגלות בהליכים משפטיים תלויים ועומדים". התגובה הוגשה באמצעות עוה"ד אלון פומרנץ, שמרית כרמי-נעמת וישי לבנון.

מיארה, אשר התנגדה להקמת הוועדה, טוענת שפעילותה בלתי חוקית וכי הטיפול בתיקים תלויים ועומדים נמצא בליבת עבודתה - הן על-פי ההחלטה על הקמתה והן על-פי עבודתה בפועל. מיארה מזכירה, כי הוועדה זימנה אנשי משטרה הקשורים לתיקים קיימים, מה שהוביל את בג"ץ להוציא צו המונע זאת עד החלטה אחרת. חוסר החוקיות, ממשיכה מיארה נובע משני טעמים מרכזיים ומשתלבים. "הטעם הראשון הוא טעם משטרי יסודי הנובע מהסגת גבולן של הרשות השופטת ורשויות אכיפת החוק, תוך חריגה מסמכות... אין לגורם פוליטי או לכל גורם אחר כלשהו סמכות להסיג את גבולן של הרשות השופטת ושל מערכת אכיפת החוק, לפגוע בעצמאותן, ובכלל זאת לשמש כגוף חוץ-שיפוטי הקובע ממצאים לגבי תיקים פליליים פרטניים או מהווה, במישרין או בעקיפין, עוד ערכאת בירור. שר המשפטים וממשלת ישראל אינם מוסמכים לעסוק בתיקים תלויים ועומדים, וכיוצא מכך הם גם אינם מוסמכים להעניק סמכות כזו לוועדה שמונתה על ידיהם". לדעת מיארה, "הסמכת ועדה מטעם הממשלה לבחון תיקים פליליים פרטניים, ובכלל זה תיקים תלויים ועומדים, עוקפת למעשה את כללי היסוד המשטריים, בלא סמכות, בלא בסיס בדין, תוך יצירת סמכות להתערבות ולהשפעה על תיקים פליליים, יש מאין. לא בכדי נהנית הרשות השופטת מאי תלות ועצמאות בפעולתה, והנה בענייננו מבקשים הממשלה והשר להסמיך ועדה מטעמם, הפועלת במסגרת משרד המשפטים מבחינה משאבית ותפקודית, לעסוק בהליכים פרטניים. כזאת אין לקבל. עד כאן במישור המשטרי והחריגה מסמכות". מיארה ממשיכה: "הטעם המרכזי השני לאי-החוקיות שבעבודת הוועדה נעוץ בכך שהפעולה בחוסר סמכות מובילה לפגיעה בהליכים פליליים פרטניים ובעקרונות יסוד של המשפט הפלילי, שנועדו לשמור על טוהר ההליך ולהבטיח קביעת ממצאי אמת על-ידי הערכאות המוסמכות. בעיסוקה של הוועדה בתיקים פליליים פרטניים קיים סיכון מעשי, ממשי וקונקרטי לפגיעה בניהול התקין של חקירות והליכים שיפוטיים, שיבושם, כמו גם להשפעה פסולה על מהלכי משפט, לכרסום בתוקפן של החלטות בתי משפט, ולפגיעה באמון הציבור בבית המשפט ובמעמד הכרעותיו". לדעת מיארה, "ועדת הבדיקה יכולה הייתה להגשים את ייעודה גם מבלי לבחון תיקים פרטניים, לו היה נקבע מראש, בהליך מנהלי תקין וסדור שלא התקיים, מנדט חוקי ומנגנונים שיבטיחו את חוקיות פעילותה, כפי שנעשה בעבר לגבי ועדות קודמות". עוד היא אומרת כי "הקמת ועדת הבדיקה, בעיתוי ובנסיבות שבהם התקבלה, לוקה בפגמים נוספים מעבר לעיסוקה בתיקים פרטניים, וממכלול הנסיבות, ובפרט בהצטברן, אף עולה חשש לשיקולים זרים שעומדים בבסיס ההחלטה על הקמתה". מיארה מזכירה את התנגדות המשטרה, המל"ל והשב"כ להקמת הוועדה, את העובדה שהיא פועלת במקביל לבדיקתו של מבקר המדינה, ושהיא הוקמה בלא לדון במסקנות צוות מררי שבדק את הפרשה. מיארה קושרת במישרין את הקמתה למשפט נתניהו ולרפורמה המשפטית, בשל העיתוי ולנוכח העובדה שדרורי מתח ביקורת על התנהלות התביעה בתיקי נתניהו והביע ספק לגבי סיכויי ההרשעה. מיארה מצטרפת לעמדת העותרים ומבקשת מבג"ץ לקבוע, כי "המנדט שניתן לוועדה פסול מיסודו, וכי אין הוועדה מוסמכת לפעול לפי המנדט שניתן לה, שכן הפגם במנדט יורד לשורש העניין. כמו-כן, במצב הדברים האמור לא ניתן לנתק, באופן מלאכותי, בין עבודת הוועדה לבין העיסוק שלה בתיקים פרטניים באופן שיבטיח את חוקיות פעילותה, שכן העיסוק בתיקים פרטניים מצוי בליבת עבודתה. על כן, בצירוף יתר הפגמים, מתבקש אפוא בית המשפט הנכבד לבטל את החלטות שר המשפטים וממשלת ישראל בעניין הקמת הוועדה והסמכויות שניתנו לה".

ועדת דרורי אומרת בתגובה, כי יש לדחות על הסף את העתירה משום שהיא מוקדמת, תיאורטית ובלתי בשלה ובשל אי-מיצוי הליכים. לגופם של דברים אומרת הוועדה, כי "לא נמצא בדין או בפסיקה, בסיס נורמטיבי לדרישת העותרים כי הוועדה לא תעסוק בתיקים תלויים ועומדים. ההפך הוא הנכון, המחוקק שת ליבו באופן מפורש לאפשרות שוועדת בדיקה או חקירה תפעל במקביל להליכים פליליים. משכך, קבע המחוקק מנגנונים המאפשרים את פעילות הוועדות לצד ההליך הפלילי. ואכן, חלק ניכר מוועדות החקירה והבדיקה, אשר הוקמו במהלך עשרות השנים האחרונות, עסקו באופן ישיר בנושאים פליליים, וזאת אפילו במקביל להליכים פליליים אשר התנהלו באותו הנושא עצמו. "מעבר לכך, דין העתירה להידחות לגופה גם משלא הצביעו העותרים על חשש קונקרטי או מבוסס שפעילות הוועדה תפגע בהליכי חקירה או משפט מתנהלים, בוודאי לא חשש המתקרב לכדי שיבוש מהלכי משפטי או התערבות של הוועדה בהליכים משפטיים. על אחת כמה וכמה שדינה להידחות, לאור המנגנונים שנקבעו בדין [בחוק ועדות חקירה ובחוק הממשלה] ובכתב המינוי של הוועדה, לשם צמצום כל אפשרות של חשש לשיבוש מהלכי משפט, ולו רחוק, תיאורטי וערטילאי. על מנגנונים אלו, הוסיפה הוועדה וקבעה קווים מנחים לפעילותה, המוסיפים נדבך נוסף של ודאות לכך שהוועדה לא תיכנס בגדרי הרשות השופטת". הוועדה מבהירה, כי "אין ברצונה ואין בכוונתה להידרש לגופם של תיקים תלויים ועומדים, אין היא מעוניינת ואף לא רשאית על-פי סמכויותיה להידרש לשאלת 'אשמתו' של אדם בתיקים שכאלה, או ליטול צד בהליכים פליליים. הוועדה מורכבת מאנשי מקצוע, ובראשם סגן נשיא (בדימוס) ומי שהייתה הסניגורית הארצית, אשר - לאור ניסיונם הרב - בקיאים בכללי הזהירות הנדרשים לשם מניעת כל אפשרות לשיבוש הליכי משפט. יודגש ויובהר, כי כלל חברי הוועדה נחושים למנוע כל פגיעה שעשויה להגיע לכדי שיבוש הליכי משפט". התגובה הוגשה באמצעות עו"ד ברוך רובין.