הקרב האחרון בו נלכד סינוואר התרחש באזור תל סולטן ברפיח. הכוחות בזירה קיבלו מידע מודיעיני שמחבלים בכירים של חמאס נמצאים במתחם, אך לא ידעו בוודאות שסינוואר עצמו נמצא שם. במהלך הפעולה, שלושה מחבלים ניסו להימלט ממקום המחבוא שלהם, כשכוחות החי"ר של צה"ל נכנסו למרדף מהיר, תוך שימוש בטכנולוגיה מתקדמת כמו רחפנים וכלי נשק מדויקים. במהלך המרדף נורה סינוואר בידו, אך המשיך לברוח מבית לבית במנוסה נואשת. במהלך הפעולה האחרונה, טנק מפלוגה ל' של קורס מפקדי טנקים (גדוד 195 של שיזפון) ירה לעבר מבנה בו הסתתרו מחבלים. על-פי ההערכות, סינוואר נפגע מהירי. כוחות חי"ר של גדוד 450 פשטו על המבנה וביצעו סריקות שבמהלכן נמצאה גופתו של סינוואר, שנפגע קשות מירי. בתיעוד הדרמטי שפורסם על-ידי צה"ל, נראה סינוואר מנסה להשליך מקל לעבר הרחפן הישראלי שזיהה אותו במבנה ההרוס, דקות לפני שחוסל סופית. התיעוד שהתקבל מהרחפנים הצה"ליים הציג את רגעיו האחרונים של סינוואר: נראה פצוע בידו, רעול פנים, כשהוא משליך קרש עץ בניסיון נואש לפגוע ברחפן שהתקרב אליו. בתוך המבנה בו הסתתר, סינוואר נמצא על-ידי כוחות צה"ל, חמוש באקדח ואפוד קרב. לצידו נמצאו כ-40 אלף שקל במזומן – סכום המעיד כי ייתכן שניסה להימלט מאזורים הקרובים ללחימה ולהסתתר עמוק יותר ברצועה.

לאחר חיסולו, גופתו של סינוואר הועברה למכון לרפואה משפטית, שם נערכו בדיקות מקיפות שקבעו את סיבת מותו המדויקת. ממצאי הבדיקה הראשוניים מעידים כי סינוואר נורה בראשו על-ידי רסיס פגז, שנכנס מאחור וגרם למותו המיידי. בנוסף לכך, נמצאו בגופו מספר קליעים שנורו לעברו קודם לכן במהלך חילופי האש. בדיקות נוספות שהתבצעו על גופתו חשפו כי למרות שהותו הממושכת במנהרות, סינוואר לא סבל מתשישות פיזית או רזון יוצא דופן. למעשה, נמצאו עדויות לכך שמצבו הפיזי היה טוב יחסית – דבר המעיד כי כנראה קיבל אספקה סדירה של מזון במהלך שהותו במחתרת. אחד הממצאים המפתיעים שעלו מהבדיקה הפתולוגית היה מצב בריאותו הכללית: בניגוד לציפיות, לא נמצאו עדויות לרזון משמעותי או סימנים לחולי כרוני, מצב המעיד על כך שסינוואר המשיך לשמור על אורח חיים תקין במהלך שהותו מתחת לקרקע. החוקרים אף התייחסו לקיומן של רקמות שומן מבוססות בגופו, מה שמעיד על תזונה מאוזנת. במסגרת החקירה נלקחו גם בדיקות טוקסיקולוגיות, כדי לבדוק האם סינוואר השתמש בחומרים מרגיעים או מרדימים בעת מנוסתו.

חיסולו של יחיא סינוואר מהווה הישג מבצעי חשוב לצה"ל ושב"כ, אך השאלה הגדולה כעת היא כיצד ישפיע החיסול על הנהגת חמאס ועל מערך השליטה ברצועה. אחד המועמדים העיקריים לרשת את סינוואר בתפקידו כמנהיג הזרוע הצבאית הוא אחיו, מוחמד סינוואר. השאלה האם מוחמד ייקח את המושכות ויהפוך ליעד המרכזי של צה"ל בעזה נותרת פתוחה. דובר צה"ל, תא"ל דניאל הגרי, התייחס לשאלות בנושא והדגיש כי צה"ל ושב"כ עוקבים מקרוב אחרי בכירי חמאס, כולל מוחמד סינוואר, וימשיכו במאמצים לאתר ולהגיע לכל מחבל אשר היה מעורב בטבח 7 באוקטובר. "אנחנו עוקבים אחרי כל מחבלי חמאס באשר הם, המפקדים הצבאיים, ביניהם גם מוחמד סינוואר", ציין הגרי. "צה"ל ושב"כ הוכיחו את יכולתם להגיע למבוקשים מרכזיים, ואנחנו נמשיך במאמץ הזה". המשימה שלא תמה לאחר חיסולו של סינוואר, עולות הערכות במערכת הביטחון כי המשא-ומתן לשחרור החטופים עלול להסתבך. לפי דיווחים בערוץ הלבנוני LBCI, לאחר חיסולו של סינוואר, מונה ח'אלד משעל לממלא-מקום ראש חמאס ולקח על עצמו את ניהול התקשורת עם הגורמים הבינלאומיים המעורבים במו"מ, כמו טורקיה, קטר ומצרים. בכירים בחמאס כבר הבהירו כי "העניינים לא יהיו קלים" בכל הנוגע לשיחות על חילופי השבויים והפסקת האש. הנהגת חמאס העבירה מסר ברור לגורמים הבינלאומיים: חיסול סינוואר הופך את המשא-ומתן למורכב יותר, וייתכן שההסכמות על חילופי שבויים ייקחו זמן רב יותר מהצפוי. בהנהגה ציינו גם כי מותו של סינוואר מחזק את התנגדות הארגון להיכנע ללחץ הבינלאומי להסדר מהיר. חיסולו של סינוואר מהווה חלק מהמאמץ הכולל לחסל את הזרוע הצבאית של חמאס, אך המשימה המרכזית שמעסיקה את הציבור והדרג המדיני היא השבת החטופים שעדיין מוחזקים בעזה. למרות חיסולו של אחד ממנהיגי הארגון המרכזיים, טרם ידוע כיצד הדבר ישפיע על מצבם של החטופים, ורבים תוהים האם החיסול יקדם את המגעים להשבתם הביתה. דובר צה"ל הבהיר כי צה"ל ימשיך לפעול בנחישות ליצירת התנאים הנדרשים להשבת החטופים, תוך איסוף מודיעין מתמשך והפעלת כל הכלים שבידי הצבא והשב"כ. "אנחנו פועלים במאמץ מירבי להשבת החטופים הביתה מהר ככל הניתן", אמר הגרי. "אנחנו ממשיכים לאסוף מודיעין במאמץ מירבי, גם שב"כ, גם אמ"ן, על-מנת לדעת את מצבם של החטופים וכך נמשיך לעשות ביתר שאת".

מבחינה מבצעית, חיסולו של סינוואר מייצג אבן דרך משמעותית במלחמה נגד חמאס, אך עדיין לא מדובר בהכרעת הקרב. המאמץ להשמיד את הזרוע הצבאית של הארגון יימשך, כולל פעולות ממוקדות לפגיעה במפקדים אחרים ובתשתיות הקריטיות של חמאס. צה"ל, יחד עם גורמי הביטחון הנוספים, ימשיכו בפעילותם במטרה להביא לסיום הלחימה תוך הבטחת ביטחון תושבי הדרום והצפון והחזרת השקט לאזור. לצד הלחימה ברצועת עזה, צה"ל ממשיך לפעול גם בזירות נוספות – בדרום לבנון וביהודה ושומרון. הכוחות המוצבים בכל הגזרות פועלים ללא הרף כדי להבטיח את ביטחון המדינה ולהשיב את תושבי האזורים המופגזים לבתיהם בביטחון.

לאור ההישגים המבצעיים, תהה אחד הכתבים האם תוכנית האלופים שהגה האלוף (מיל') גיורא איילנד תיכנס לתוקף. על-פי התוכנית, שהועלתה במסגרת דיונים בממשלה ובצה"ל, יש להפעיל לחץ אינטנסיבי על חמאס עד כדי קריסת התשתיות האזרחיות בעזה, כולל פעולה קרקעית נרחבת וממוקדת שתביא לשחרור מהיר של החטופים ולמיגור חמאס. תא"ל הגרי הכחיש כי צה"ל מתכוון להפעיל תוכנית אלופים כלשהי ואמר כי הכוחות פועלים על-פי תוכניות מבצעיות ייחודיות של צה"ל בלבד. "הסיפור של תוכנית האלופים הוא סמנטיקה לא נכונה", אמר הגרי. "לנו יש תוכניות צבאיות שלנו, של צה"ל, לא קשורות לשום תוכנית כזו או אחרת שאתה ציינת". חיסולו של יחיא סינוואר הוא ללא ספק הישג מבצעי בולט לצה"ל ולשב"כ, ומכה קשה לחמאס. אולם, כפי שהדגישו גורמי צבא וביטחון, המשימות הצבאיות רחוקות מלהסתיים. הלחימה בעזה ובזירות נוספות תימשך, כשהמטרה המרכזית היא הבטחת ביטחון המדינה והשבת החטופים. השאלה המרכזית כעת היא כיצד יתפתח המצב בעזה בעקבות החיסול, והאם ישפיע הדבר על הנהגת חמאס ויכולתה להמשיך להילחם. מה שבטוח – החיסול הוא עוד שלב במאבק המתמשך נגד הטרור, ומעיד על נחישותה של מערכת הביטחון להביא צדק ולחסל את אלו שהובילו את הפיגועים הקשים שהחלו באוקטובר. דובר צה"ל הדגיש כי הכוחות בשטח ממשיכים בסריקות נרחבות אחרי מחבלים נוספים במנהרות ובמרחבים חשודים נוספים ברצועה. "החיסול של סינוואר הוא צעד משמעותי, אך המשימה עוד לא הושלמה. נמשיך לפעול עד להשגת כל היעדים", אמר הגרי.