חודשיים בלבד לפני פרוץ מלחמת חרבות ברזל, אמר ראש הממשלה, בנימין נתניהו, כי הוא אינו מקבל את המונופול של מערכת הביטחון אלא חולק עליה בנושאים חשובים. נתניהו גם דיבר בגאווה על הקיר הסלארי (היצוק מבטון) שנבנה בגבול רצועת עזה לאחר שהתעקש להקימו, למרות התנגדות מערכת הביטחון. הדברים נאמרו בעדותו של נתניהו בפני ועדת גרוניס החוקרת את פרשת הצוללות, ואשר פרסמה (30.10.24) את תמלילי העדויות בפניה, תוך השמטות מעטות יחסית מטעמי ביטחון. נתניהו העיד ב-31.8.23 וב-5.9.23, ודבריו בנוגע ליחסיו עם מערכת הביטחון עשויים להיות בעלי משקל אם וכאשר ייחקר חלקו במחדלי 7 באוקטובר. בתחילת עדותו דיבר נתניהו על הליכי קבלת ההחלטות בתחום הביטחון וציין שהוא הקים את המל"ל (המטה לביטחון לאומי) כגוף אשר מתכלל עבור ראש הממשלה את תחום הביטחון, תוך קיום קשר עם כל הגופים הרלוונטיים. הוא הסביר, כי יש להביא בחשבון גם שיקולים שאינם ביטחוניים ולאפשר לגופים שונים להביע את עמדותיהם, ולכן הוא עובד דרך המל"ל - וקבלת ההחלטות אכן השתפרה משמעותית בזכות שינוי זה. לדברי נתניהו, מערכת הביטחון מקבלת פעמים רבות החלטות טובות מאוד, "אבל לפעמים יש להם טעויות איומות", כגון ההתנגדות לכיפת ברזל וההתנגדות לגדר הביטחון נגד המסתננים בגבול מצרים. בהקשר זה הזכיר נתניהו את ההתנגדות למכשול התת-קרקעי נגד מנהרות מהרצועה (הקיר הסלארי). "עצם העובדה שיש גורם מאזן מול מערכת הביטחון, שהיא עושה בדרך כלל דברים מצוינים, זה דבר מאוד חיובי ומאוד חיוני למדינת ישראל. אני לא מקבל את המונופול של מערכת הביטחון בשום צורה", הדגיש. בהמשך תיאר נתניהו ויכוחים מהותיים בתחום הביטחון וציין שלא תמיד דעתו מתקבלת בקבינט, "כי אתם יודעים שאין כאן משטר מונרכי". הוא הדגיש: "חד-משמעית, ראש הממשלה מתערב. אוי ואבוי לנו אם יש ראש ממשלה שלא חושב להתערב על הדברים שהוא חושב שהם נכונים בראייה הכוללת של ביטחון המדינה". עוד אמר נתניהו, כי הוא רצה לרכוש מגרמניה את הצוללת השישית ואף להקדים את ההסכמה עליה, בעוד מערכת הביטחון ביקשה לדחות אותה משיקולי תקציב. בתחילת העשור הקודם אמר חיל-הים שאין לו צורך בצוללת זו, שחזר, אך ב-2015 הוחלט לרכוש אותה - אם כי בשלב מסוים הוא הסכים לבחון את האפשרות להסתפק בחמש ("גם אני התפתיתי לשטות הזאת"). ויתור שכזה היה חוסך מיליארד שקל, אבל לבסוף הוחלט לרכוש את הצוללת השישית, כדי לעמוד בסטנדרט שהציבו מערכת הביטחון וחיל-הים. נתניהו הוסיף, כי הייתה בעיניו חשיבות גדולה מאוד להגן על אסדות הגז המצויות בים התיכון, הרחק מחופי ישראל, ובהקשר זה נדונה רכישת הספינות נגד צוללות (נצ"ל). הוא הזכיר, כי לנושא הגז הייתה בעיניו חשיבות רבה מבחינה כלכלית. נתניהו הסביר, כי כאשר נאמר לו שישראל מפתחת הגנה מפני טילים שעלולים חיזבאללה וחמאס לירות לעבר האסדות, הוא קיבל את התנגדות משרד הביטחון לרכישת הנצ"ל והחליט להסתפק בספינות השטח אשר יגנו על האסדות - ואשר גם הן נרכשו מגרמניה. הוא הדגיש, כי לא היה מעורב בפרטי הרכישה שלהן, והללו טופלו בידי משרד הביטחון. על הזמנת הצוללות השביעית, השמינית והתשיעית אמר נתניהו, כי מדובר היה למעשה בהחלפת צוללות ישנות והיה צורך להזמין אותן שנים רבות מראש. הוא הופתע לשמוע, כך אמר, שההחלטה לממש את ההזמנה לא הובאה לקבינט (כאשר התקבלה ב-2015), אלא טופלה בידי המל"ל לבדו, בלא שיתוף משרד הביטחון. הוועדה שאלה האם לא נראה לנתניהו מוזר שהמל"ל להוט לקדם את הצד העסקי והטכנולוגי של צוללות אלו, והוא למעשה לא ענה. נתניהו דיבר באריכות ובלהט רב על הטענות נגדו בפרשת הצוללות, כאילו מניעיו היו מושחתים, ודחה אותן מכל וכל. לדבריו, חקירת תיק 3000 נועדה מתוך מטרה לפגוע בו, והוסיף: "היו כאן מחירים גדולים מאוד לניסיון להשחיר אותי אישית, אבל זה משחיר גם את מדינת ישראל וגם פגע באינטרסים חיוניים שלנו". הוועדה שאלה האם בצירוף מקרים בלבד, בחר מיקי גנור - נציג טיסנקרופ בישראל והנאשם המרכזי בפרשה - את עו"ד דוד שמרון, בן-דודו ופרקליטו של נתניהו, לייצג אותו בעסקיו. נתניהו השיב, שמרון מעולם לא פנה אליו בנושא.