בהחלטה לרכוש צוללת שישית הייתה מעורבת ככל הנראה שחיתות עמוקה - טען ראש הממשלה לשעבר, אהוד ברק, בעדותו בפני ועדת גרוניס לחקירת פרשת הצוללות. עם זאת, ברק אישר שבתפקידו כשר הביטחון בממשלתו של בנימין נתניהו, הוא תמך בסופו של דבר ברכישת הצוללת השישית, והכחיש את הטענה לפיה בנימין נתניהו לחץ עליו בנושא זה. ברק אמר: "הרי בדיעבד אנחנו יודעים שכבר בצוללת השישית, היה מעורב ככל הנראה דברים של שחיתות עמוקה שלא ידענו עליהם בזמן אמת, ולכן כל ההסתכלות שלנו על ההתפתחויות היא הסתכלות במין הנחה מובלעת של ענייניות, שכל שיקולים שמועלים הם עניינים, שאין פה שיקולים נסתרים. "כשמסתכלים על זה היום בפרספקטיבה של מה שאנחנו יודעים או חושדים, חוששים, שהיה שחיתות עמוקה גם בסיפור כלי השיט וגם סיפור הרצון להפריט את המספנה וגם במחשבה על כלי נצ"ל - שיהיה לנו גם ספינות נגד צוללות - ואפילו ב[רכישת צוללות] שבע-שמונה-תשע, שלפחות בהתחלה ממה שאני מבין עלו כן כדרישה לתוספת סד"כ ולא כמחליפות הצוללות 3-2-1. בהסתכלות אחורה יכול להיות שהיה פה שיקולים זרים, יכול להיות שהיה פה ניסיון להסיט בהדרגה את הדרישה המבצעית למצב שהיא תתאים לזה. אבל אני לא יודע אם זה נכון, זה רק אתם יכולים לבדוק". עם זאת, ברק הכחיש את דבריו של אלוף (מיל') עמוס ירון, לפיהם אמר לו שהסכים לצוללת השישית בעקבות לחציו של נתניהו. "ברור שזה עלה בפגישות אישיות, פגישות עבודה, צריך לנסות למצוא דברים. זה עלה מהמל"ל, ביוזמת המל"ל העניין, והם עיגנו את זה באותם הסברים. [צונזר] בהחלט יכול להיות שביבי דיבר על זה בפגישות שלנו. אני לא זוכר מצב של לחץ". ברק הוסיף: "הגעתי למסקנה, ששש [צוללות], במחיר שזה הולך לעלות לנו לכלכלה הלאומית, יותר נכון מחמש". ברק אישר, כי הרמטכ"ל ומפקד חיל-הים דאז, גבי אשכנזי ואלי מרום (צ'ייני), סברו שיש להסתפק בחמש צוללות בנימוק שדי בכך כדי לענות על הצרכים: "היו להם נימוקים שגרתיים שהקו עובר פה, ואני חשבתי שהוא עובר שם וחשבתי שאני צודק ושאני יכול לעשות". ברק הזכיר מקרים קודמים בהם שר הביטחון החליט בניגוד לעמדת המערכת, כמו מטוס הלביא ומערכת כיפת ברזל. על כיפת ברזל אמר ברק, כי עמיר פרץ החליט - כאשר היה שר הביטחון - לקדם את הפרויקט, כי "הוא היה משדרות, הוא לא היה צריך הרבה הסברים, הוא הבין שצריך את זה. אבל עמיר לא היה מנוסה באיך המערכת הזאת עובדת באמת והוא לא הבין שאפילו כששר ביטחון מורה לעשות את זה לא קרה כלום, כל החלטת שר ביטחון היא לא אופרטיבית אם לא כתוב בה את חמשת המ"מים, אני קורא לזה: מי עושה מה, עד מתי, עם איזה משאבים, שמגיעים מאיפה". בהעדר כל אלו, הסביר ברק, יוכל כל גורם להתנער מאחריות לחוסר המעש ולהטיל אותה על אחרים. פרץ לא ידע זאת, משרד הביטחון חנק את התוכנית וברק עצמו הוא שיישם אותה - העיד. ברק דיבר גם על הגנת אסדות הגז. לדבריו, הוא סבר שניתן להסתפק בספינות קטנות בנות 200 טון שניתן יהיה לרכוש בקוריאה הדרומית, לאחר שחיל-האוויר החליט שלא לרכוש מטוסים מתוצרתה. לבסוף, השתכנע ברק להסכים עם עמדתו המקצועית של חיל-הים ולפיה יש צורך בספינות בנות 1,500 טון. מהשאלות שהוצגו לברק עולה, כי הוועדה בוחנת גם מדוע התמנה רם רוטברג למפקד חיל-הים בתקופתו, למרות שלא היה לפני כן ראש מספן ים או ראש מטה החיל כמקובל. ברק אמר כי זו הייתה המלצתו של הרמטכ"ל דאז, בני גנץ, בהליך המקובל: הרמטכ"ל אומר לשר מי היו המועמדים ולבסוף ממליץ על אחד מהם.