שר הביטחון והרמטכ"ל לשעבר, משה יעלון, טען בעדותו בוועדת גרוניס לחקירת פרשת הצוללות, כי מדובר ב"פרשת השחיתות הביטחונית החמורה ביותר בתולדות המדינה". הוועדה מצידה הצביעה על סתירות בין גרסתו בפניה לבין הדברים שכתב בתצהיר שהגיש לבג"ץ, במסגרת עתירה שדרשה לחקור את הפרשה. יעלון יצא נגד העסקת נציג של קונצרן טיסנקרופ (בעיקר מיקי גנור), שלדבריו אינו נחוץ כאשר מדובר בעסקות בין ממשלות (ובמקרה זה - מול ממשלת גרמניה) ומהווה פתח לשחיתות. הוא גם אמר כי בנושאים ביטחוניים מתקיימות פגישות רבות בארבע עיניים ולאחר מכן יש לתעד אותן; "הייתי אומר, בעקבות גם הפרשה הזאת, [ש]הרבה מהמסרים הלא נקיים, נגיד כך, עוברים בארבע עיניים". יעלון סיפר, כי כאשר היה שר הביטחון, התערב המטה לביטחון לאומי (מל"ל) בצורה בלתי תקינה בנושאי רכש. "זה הגיע עד למצב שקראתי לבירור את ראש המל"ל דאז, יוסי כהן, ואמרתי לו: תפסיק. מצאתי למשל שהוא נוסע להודו ומדבר איתם על רכש ביטחוני בלי תיאום איתי, או במקרה הזה מגיע לגרמניה ומתעסק בנושא רכש ביטחוני בלי תיאום איתי". לדעת יעלון - משרד הביטחון צריך להיות הגורם היחיד העוסק בנושאים אלו, בעוד המל"ל מכין את החומר עבור הממשלה. "אני לא חשדתי בזמן אמת, אבל בדיעבד אני מסתכל על זה, מה פתאום רוצים להעביר סמכויות רכש למל"ל? עכשיו כשאני מסתכל בדיעבד ורואה את המעורבות של אבריאל בר-יוסף בפרשה ואת הרצון למנות את בר-יוסף לראש מל"ל, באופן שהוא לא מתאים מטעמים כאלה ואחרים. אני ראיתי פה מגמה בניסיון לקחת סמכויות ממשרד הביטחון, להעביר אותן למל"ל, כדי לשלוט גם בתהליך הרכש. לא צריך את זה, לא ראוי, מעלה חשד גם בפרספקטיבה לנוכח הפרשה שבפנינו", הוסיף יעלון. עוד אמר יעלון, כי הופתע לגלות באוגוסט 2015, בעת דיון בתוכנית הרב-שנתית (תר"ש) "גדעון", מסמך שהכין כהן ובו העלאת מספר הצוללות לתשע. "כולנו קופצים כנשוכי נחש, מה תשע? זה כמו אצל הגשש, מה שבע? מה כמה? מה תשע? לא התקיימה שום עבודת מטה ופתאום מדברים על תשע, ואז אני מוביל את הפיצוץ כמובן מול ראש הממשלה... [בנימין] נתניהו כועס, רוצה תשע צוללות, ואני לא נותן" אלא מתעקש על חמש בלבד. באוקטובר 2015, הוסיף יעלון, הוציא כהן מסמך ובו אכן דובר על חמש צוללות. בפברואר 2016, המשיך יעלון, הגיעו אליו מנכ"ל משרדו, דן הראל, וראש האגף המדיני-ביטחוני, עמוס גלעד, כשהם נרעשים ובידיהם טיוטה למזכר הבנות עם גרמניה על רכישת שלוש צוללות ושתי ספינות נגד צוללות. מזכר זה אמור היה להיחתם בידי נתניהו והקנצלר אנגלה מרקל בביקורו של נתניהו בברלין באותו חודש. יעלון אמר שגם הוא נרעש, שכן הנושא כלל לא עלה בינו לבין נתניהו והוא לא היה מוכר לאיש במשרד הביטחון ובצה"ל. "ואז אני מרים טלפון באותו לילה, טלפון אדום לנתניהו, כי אני נרעש, ואני שואל אותו: מה זה? מה זה הנייר הזה? על מה אתה הולך לחתום? על צוללות דיברנו, על ספינות לוחמה נגד צוללות איש לא ביקש, איך אתה הולך לחתום על MOU עם הקנצלר? זה מגיע לפיצוץ, כבר בשיחה הראשונה אני מבין שתפסתי אותו על משהו רע, זו ההתרשמות שלי, אבל לצורך העניין ספינות לוחמה נגד צוללות הוא מיד מוריד מהדיון, ועל הצוללות הוא בסופו של דבר אחרי שיחה מאוד לא נעימה" קבע שאנשי הצוות של שתי הלשכות יקיימו דיון. רק ערב פגישת נתניהו-מרקל, קיבל נתניהו את עמדתו של יעלון. עוד אמר יעלון, כי סבר שדי בחמש צוללות ואין צורך בשישית, כפי שהייתה העמדה המקצועית של צה"ל ובניגוד להחלטתו של אהוד ברק שהיה השר לפניו. לטענתו, נתניהו הוא שיזם את רכישת הצוללת השישית, וברק אמר לו שהסכים כי "היו לי מספיק נושאים להתווכח או לריב עם נתניהו ועל זה לא רציתי לריב". עם זאת, יעלון אישר ששינה את עמדתו כאשר נכנס לתפקידו וסבר שההחלטה הייתה תקינה, אם כי "אני היום לא בטוח שהשיקולים של נתניהו בנושא הצוללת השישית היו שיקולים נקיים". עוד העיד יעלון על היוזמה להפריט את מספנות ישראל ולמכור אותן לטיסנקרופ. לדבריו, הוא שמע על כך בקיץ 2016, לאחר שסיים את תפקידו, מפיו של יו"ר ארגון עובדי צה"ל, משה פרידמן. הלה סיפר, כי גנור ופרקליטו דוד שמרון (בן-דודו ופרקליטו של נתניהו) אמרו לו וליו"ר ההסתדרות דאז, אבי ניסנקורן, כי יש כוונה להעביר את המספנות ללא מכרז לידי טיסנקרופ - שכבר מספקת את הצוללות וספינות המגן. לפני כן, אמר יעלון, הוא הבחין בדגלים צהובים שגרמו לו לחשוד; כאן כבר היה מדובר בדגלים אדומים בשל ניגוד העניינים של שמרון שהוא "מאוד מסריח".

ההחלטה הייתה מצוינת, הבעיה הייתה הלחצים

על ספינות המגן (עבור אסדות הגז) אמר יעלון, כי ב-2013/14 היה צורך דחוף להצטייד בהן, והייתה אפשרות לרכוש אותן מטיסנקרופ או לפרסם מכרז בינלאומי. הנטייה הייתה ללכת לכיוון קוריאה הדרומית, לאחר שישראל החליטה שלא לרכוש מטוסי אימון מתוצרתה, הוסיף, וזאת לאחר שלא התקבלה הצעה מטיסנקרופ. אולם, בתחילת 2014 הוא הקפיא את המכרז לבקשת חיל-הים, אשר שינה את דרישותיו המבצעיות והחליט להעדיף ספינות גדולות בהרבה. לדבריו, ההחלטה לרכוש את הספינות מטיסנקרופ הייתה מצוינת, אך הלחצים שקדמו לה היו בעייתיים בעיניו. כאמור, הוועדה הצביעה בפני יעלון על אי-התאמות (כלשונה) בין גרסאותיו בפניה ובבג"ץ. בין היתר אישר יעלון, כי את ביקורתו בבג"ץ על הליך ההחלטה בנושא הצוללת האישית הוא ביסס בהסתכלות בדיעבד, ולא מתוך מה שהיה ידוע לו אישית בזמן אמת, וכי יש לתקן בהתאם את תצהירו. עוד נשאל יעלון, כיצד החליט לפרסם מכרז לספינות המגן, בעוד החלטת הקבינט הייתה שהנושא נתון להחלטה משותפת שלו, של נתניהו ושל שר האוצר. יעלון השיב, כי לא היה ער לסעיף זה בהחלטה וחשד שיש ניסיון להטות את העסקה לעבר טיסנקרופ. בסיום עדותו ביקש יעלון שהוועדה תבדוק גם מדוע החליט היועץ המשפטי דאז, אביחי מנדלבליט, שלא לחקור את נתניהו כחשוד בתיק 3000. חברי הוועדה השיבו, כי הנושא אינו מצוי במנדט שלה.