יוסי כהן, שהיה ראש המטה לביטחון לאומי (המל"ל) ולאחר מכן ראש המוסד, אומר שבתפקידו הראשון המליץ על צי של שש צוללות, וזאת על בסיס המלצות חיל-הים. כהן העיד בוועדת גרוניס החוקרת את פרשת הצוללות, כי המליץ ששלוש הצוללות הבאות יחליפו את שלוש הצוללות הוותיקות ביותר, כך שהצי יהיה בן שש צוללות פעילות ולא תשע. "אני קיבלתי את עמדת משרד הביטחון, אם אני זוכר נכון, מתוקפת היטב על-ידי כל הגורמים במשרד הביטחון, שכמו שאמרתי הם אחראים על בניין הכוח הצה"לי, באמת שלא צריך יותר משש. זה מה שהחלטתי, זה מה שהצעתי לראש הממשלה [בנימין נתניהו]", אמר כהן. לדבריו, המסקנה בדיונים ב-2015 הייתה שיש לקלוט את הצוללת השישית ובכך לעצור את גודל הצי הפעיל. בתחילת עדותו אישר כהן, כי במקרים רבים אין תיעוד של פגישות ביטחוניות חשובות. אפילו בפגישות של ראש הממשלה עם נשיא ארה"ב לא נערכות תרשומות בזמן אמת: "בדרך כלל אין תיעוד שאני מכיר שיוצא איזשהו מסמך בהכרח שמסכם את כל הפגישה. אני נהגתי לרשום לעצמי נקודות ואותן הייתי מדווח, גם ראיתי את זה אחר כך במסמכים, על הקורות אותנו באותו מפגש, אולי המזכיר הצבאי או מישהו מוציא דברים שעניינם המזכירות הצבאית". בנוגע לרכש ביטחוני אמר כהן, כי "המל"ל חייב לדעת מכל דבר מאחר שרכש של פלטפורמות גדולות, מטוסים, טנקים והנושא המדובר וכן הלאה, כלי שיט, צריך להגיע בסיכומו של דבר להחלטה של ועדת השרים להצטיידות או לפחות להחלטתו של ראש הממשלה. ולכן מאחר שאנחנו צריכים להכין את הדיונים האלה אנחנו אמורים להכיר, את כל הנתונים העולים מן הדיונים המבוצעים בנושא, ולכן המל"ל מעורב". כהן תיאר בהרחבה את התהליך שהביא לרכישת ספינות המגן (עבור אסדות הגז) ללא מכרז מחברת טיסנקרופ הגרמנית. לדבריו, המטרה המקורית הייתה להגיע להסכמה בין ממשלות ישראל וגרמניה, והתהליך נוהל בידיעת כל השרים הנוגעים בדבר (כולל משה יעלון, שהיה שר הביטחון). רק לאחר שלא התקדמו המגעים מול גרמניה, פורסם מכרז שגם חברות גרמניות יכלו להשתתף בו - אם כי המגעים מול ממשלת גרמניה נמשכו בהסכמה כללית של הבכירים בישראל. המכרז בוטל באוגוסט 2014, לאחר שהקנצלר אנגלה מרקל החליטה לאשר את מכירת הספינות בהנחה של 27.5%. כהן נשאל כיצד אירע שערב פגישת נתניהו-מרקל בפברואר 2016, הוא הוציא מסמך המדבר על רכישת ספינות נגד צוללות בלא ידיעת משרד הביטחון. כהן השיב, כי ייתכן שהמשרד כן ידע - באמצעות תא"ל ירון לוי, שהיה נציג חיל-הים במל"ל. הוא הוסיף, כי זכותו הייתה להעלות נושאים גם ללא הסכמת משרד הביטחון.