המשרד לשיתוף פעולה איזורי - כיום בראשות השר דודי אמסלם - עוסק בעיקר במתן משרות אמון לשר ולמנכ"ל, וכמעט שאינו מבצע את מעט משימותיו הייעודיות. כך עולה (5.11.24) מדוח מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, המתפרסם במקביל לביקורת הפוליטית והציבורית על המשך קיומם של משרדי הממשלה המיותרים. המשרד אמור לקדם את שיתוף הפעולה הכלכלי עם מדינות האזור ועם הרשות הפלשתינית ומימוש פרויקטים כלכליים משותפים באזור, במטרה ליצור תנאים לקידום הרווחה הכלכלית והיציבות. הוא פועל בכמה דרכים: פרסום קולות קוראים לרשויות המזמינים רשויות מקומיות ומוסדות להשכלה גבוהה לבצע פעילויות הקשורות בשת"פ אזורי, מתן תמיכות למוסדות ציבוריים (כגון מוסדות ללא כוונת רווח), התקשרויות במכרזים ושיתופי פעולה בין-משרדיים. בהחלטת הממשלה מיוני 2009 על הקמת המשרד הוגדר תפקידו אך לא הוגדרו סמכויותיו, ולכן כדי לקדם ולהוציא לפועל את הפרויקטים המרכזיים שבידיו - הוא תלוי ברצונם הטוב של המשרדים והגופים הממשלתיים האחרים. כתוצאה מכך רוב הפרויקטים של המשרד התעכבו במשך שנים רבות וטרם הבשילו. פרויקט שער הירדן הוא הקמת פארק תעשייתי משותף לישראל ולירדן. בצידו הירדני היו אמורים לקום מפעלים ישראלים וירדניים, וצידו הישראלי אמור לשמש עורף לוגיסטי ובסיס להעברת הסחורות לנמלי ישראל. אף על-פי שהושקעו בו 60 מיליון שקל, ואף שחלפו 26 שנים מיום חתימת ההסכם להקמתו ו-12 שנים ממועד החלטת הממשלה הראשונה אשר עסקה בפרויקט זה באופן מעשי, הקמתו נעצרה ולא נעשה דבר מאז 2019. המשך העיכוב עלול לגרום לאובדן התועלות הכלכליות אשר היו טמונות בו ולאובדן ההשקעה בו, והוא עלול לפגוע ביחסי האמון שבין ירדן לישראל. בשנים שנבדקו, מצבת כוח האדם של המשרד עמדה בממוצע על 84% מהתקן (29 משרות מאוישות מתוך תקן של 34.5 משרות בממוצע). מתוך אלו, כ-20 תקנים יועדו לעובדים במשרות אמון בלשכות השר והמנכ"ל, ואילו איוש התפקידים המקצועיים במשרד היה חסר. עקב כך נוצרה תלות רבה של המשרד בבעל תפקיד אחד: מנהל אגף הכלכלה, אשר מכהן בתפקידו מיולי 2017, שכן הוא, בין העובדים בדרג המקצועי, היחיד שנשארו במשרד לאורך זמן. בשנים 2023-2018 אושר למשרד תקציב בסך 73.7-39.3 מיליון שקל; מתוכו ביצע המשרד עד 49% מתקציבו המאושר הכולל ו-12%-41% מהתקציב המיועד לייזום פרויקטים ולמימוש תוכניותיו. באותן שנים הוציא המשרד לצורך תפעולו סכומים הגבוהים ב-40% מהסכומים שהוציא למימוש ייעודו. בשנים 2019-2018 הוציא המשרד 85% ממשאביו הכספיים לצורך תשלום שכר והוצאות תפעול. 45% ממדדי ההצלחה ו-40% מהמדדים המרכזיים של המשרד בשנים 2019 ו-2022 במצטבר לא הושגו באופן מלא. כך לדוגמה, המשרד לא השיג באופן מלא 80% מהמדדים המרכזיים שנקבעו בשנת 2022 למטרות "קידום שיתופי פעולה כלכליים ואזרחיים בין ישראלים ופלשתינים לתועלת ההדדית של שתי החברות והכלכלות" ו"ביסוס המשרד כמוקד ידע בתחום שיתוף הפעולה האזורי". הדבר מעיד על תכנון לקוי ועל שימוש בלתי יעיל במשאבי המשרד.